220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0631 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0631  hypothetical protein  100 
 
 
242 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  44.19 
 
 
239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  42.74 
 
 
265 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  39.82 
 
 
262 aa  168  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
265 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  38.94 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  38.94 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  39.25 
 
 
259 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  40.95 
 
 
256 aa  159  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.97 
 
 
398 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  39.52 
 
 
396 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  36.61 
 
 
264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  40.19 
 
 
108 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4713  carboxymuconolactone decarboxylase  31.22 
 
 
300 aa  85.1  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.269504 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  41.12 
 
 
238 aa  85.1  9e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  39.18 
 
 
108 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  39.58 
 
 
268 aa  77.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4219  carboxymuconolactone decarboxylase  28.51 
 
 
252 aa  75.5  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2806  carboxymuconolactone decarboxylase  42.05 
 
 
112 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0161  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.24 
 
 
105 aa  73.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  38.3 
 
 
276 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.3 
 
 
138 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.05 
 
 
107 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.79 
 
 
107 aa  71.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1438  carboxymuconolactone decarboxylase  27.31 
 
 
308 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3396  carboxymuconolactone decarboxylase  30.43 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.346548  normal  0.629357 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1459  carboxymuconolactone decarboxylase  41.76 
 
 
105 aa  69.3  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.917437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  37.23 
 
 
140 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.23 
 
 
140 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.23 
 
 
140 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  34.31 
 
 
298 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5713  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.98 
 
 
107 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1515  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.07 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688858  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0333  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
269 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1910  carboxymuconolactone decarboxylase  36.05 
 
 
106 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1806  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 
255 aa  65.1  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0201167 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1906  carboxymuconolactone decarboxylase  30.66 
 
 
267 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.528731  normal  0.189609 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0343  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
269 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  0.441011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0322  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
269 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.7 
 
 
99 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.58 
 
 
299 aa  62  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1752  carboxymuconolactone decarboxylase  29.21 
 
 
102 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00315461  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2039  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.62 
 
 
107 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1800  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.62 
 
 
103 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  21.63 
 
 
248 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1940  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.62 
 
 
103 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  31.91 
 
 
106 aa  59.7  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1975  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.62 
 
 
107 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05823e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1757  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.62 
 
 
107 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5463  carboxymuconolactone decarboxylase  30.34 
 
 
110 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245296  normal  0.0559461 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.28 
 
 
138 aa  57  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.28 
 
 
138 aa  57  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  29.52 
 
 
275 aa  57  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2018  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.72 
 
 
107 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0370669  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0425  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.94 
 
 
105 aa  56.6  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.28 
 
 
135 aa  57  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  35.48 
 
 
124 aa  57  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  25.1 
 
 
261 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2660  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.91 
 
 
244 aa  56.2  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  30.85 
 
 
139 aa  56.2  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  24.88 
 
 
295 aa  55.8  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  27.87 
 
 
123 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.8 
 
 
135 aa  55.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
132 aa  55.5  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.15 
 
 
129 aa  55.5  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  36.84 
 
 
108 aa  55.5  0.0000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0224766  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.1 
 
 
134 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001032  hypothetical protein  32.21 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.28 
 
 
134 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0521  carboxymuconolactone decarboxylase  35.06 
 
 
136 aa  53.9  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00445095  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1085  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  29.03 
 
 
105 aa  53.9  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0564788  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  24.88 
 
 
387 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  33.65 
 
 
150 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  35.29 
 
 
125 aa  54.3  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  36.05 
 
 
391 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.62 
 
 
131 aa  53.9  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01020  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  33.72 
 
 
108 aa  53.1  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.141102 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.05 
 
 
125 aa  52.4  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
136 aa  52.4  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1002  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.86 
 
 
428 aa  52  0.000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.593653 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4793  carboxymuconolactone decarboxylase  29.11 
 
 
123 aa  52  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.575162  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4879  carboxymuconolactone decarboxylase  29.11 
 
 
123 aa  52  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0552117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.76 
 
 
129 aa  52  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  40.91 
 
 
129 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  34.62 
 
 
393 aa  51.6  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.42 
 
 
134 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.42 
 
 
134 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.57 
 
 
132 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.42 
 
 
134 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  32.93 
 
 
133 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.72 
 
 
128 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10786  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
143 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.898844 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.21 
 
 
133 aa  49.7  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  40.68 
 
 
397 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
130 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
130 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
130 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.6 
 
 
134 aa  48.9  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.33 
 
 
402 aa  48.5  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.51 
 
 
127 aa  48.5  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>