More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3257 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3257  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 		 148 aa  308  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146193  normal  0.0594926 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  83.87 
 
 		 124 aa  216  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4519  carboxymuconolactone decarboxylase  61.4 
 
 		 125 aa  155  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.591188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.57 
 
 		 134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  47.9 
 
 		 124 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.86 
 
 		 127 aa  124  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.9 
 
 		 127 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  47.01 
 
 		 127 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 		 132 aa  122  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  47.83 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  45.45 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  47.11 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  46.96 
 
 		 128 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.09 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.74 
 
 		 123 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 		 126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  45.22 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.18 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 		 128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 		 128 aa  115  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.02 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4526  carboxymuconolactone decarboxylase  45 
 
 		 128 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.02 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  44.14 
 
 		 126 aa  113  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.18 
 
 		 134 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.18 
 
 		 134 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.37 
 
 		 127 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  45.7 
 
 		 154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  40.65 
 
 		 129 aa  110  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  38.52 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1458  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.7 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 		 129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 		 132 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 		 132 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4700  carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 		 155 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3662  carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 		 155 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2446  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 		 132 aa  106  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 		 126 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1368  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.02 
 
 		 132 aa  105  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0538  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 185 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1291  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1029  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2542  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0234299  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1289  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.880163  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0268  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.61 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.578525  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  36.75 
 
 		 129 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  36.75 
 
 		 129 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3859  carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.604596 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.2 
 
 		 137 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 		 126 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3404  carboxymuconolactone decarboxylase  39.67 
 
 		 134 aa  103  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.29 
 
 		 129 aa  103  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.73 
 
 		 134 aa  103  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.17 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5508  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.59 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000984625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  37.72 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  40.17 
 
 		 152 aa  101  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6125  carboxymuconolactone decarboxylase  39.67 
 
 		 129 aa  101  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.957093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0976  putative gamma carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 		 131 aa  100  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.602862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.61 
 
 		 127 aa  100  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 		 129 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  41.03 
 
 		 131 aa  99.4  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.33 
 
 		 129 aa  99.4  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2527  carboxymuconolactone decarboxylase  37.1 
 
 		 132 aa  98.6  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5797  carboxymuconolactone decarboxylase  36.44 
 
 		 131 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10545  normal  0.0382532 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0448  carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 		 131 aa  97.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4316  carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 		 129 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.218972  normal  0.148336 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1216  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  38.98 
 
 		 132 aa  97.4  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0658576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.29 
 
 		 132 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0381  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  38.46 
 
 		 131 aa  97.1  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.07667  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  35.2 
 
 		 373 aa  97.1  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.44 
 
 		 130 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.44 
 
 		 130 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.44 
 
 		 130 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 		 122 aa  95.5  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  37.93 
 
 		 157 aa  95.1  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.97 
 
 		 132 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  36.97 
 
 		 132 aa  94  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.5 
 
 		 132 aa  94  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2687  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.44 
 
 		 140 aa  93.6  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.22317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0521  carboxymuconolactone decarboxylase  41.53 
 
 		 136 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00445095  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0750  putative carboxymuconolactone decarboxylase  36.57 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.061099  normal  0.343107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  38.79 
 
 		 396 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.19 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.29 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 		 126 aa  93.2  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.02 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 		 131 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  37.59 
 
 		 393 aa  92  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  34.71 
 
 		 137 aa  91.7  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.07 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.07 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.83 
 
 		 128 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.83 
 
 		 128 aa  88.6  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.07 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.93 
 
 		 135 aa  88.6  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  34.71 
 
 		 130 aa  88.6  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.153527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>