More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1998 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3303  major facilitator transporter  91.41 
 
 		 396 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1998  major facilitator transporter  100 
 
 		 396 aa  746    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.580365  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2392  major facilitator family transporter  91.9 
 
 		 400 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4445  major facilitator transporter  52.01 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17740  MFS transporter  63.53 
 
 		 412 aa  365  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3068  major facilitator family transporter  58.9 
 
 		 375 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.547079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2926  major facilitator transporter  57.67 
 
 		 401 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0235269  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3749  major facilitator superfamily MFS_1  52.67 
 
 		 394 aa  332  5e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.630877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35870  major facilitator family transporter  54.31 
 
 		 408 aa  326  4.0000000000000003e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0848172  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3563  major facilitator superfamily MFS_1  52.42 
 
 		 394 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3035  major facilitator transporter  53.66 
 
 		 390 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1816  major facilitator transporter  53.79 
 
 		 405 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0341  major facilitator family transporter  51.49 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3692  general substrate transporter  51.8 
 
 		 430 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0640  major facilitator family transporter  51.49 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.286289  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2475  major facilitator family transporter  51.49 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0885  major facilitator family transporter  51.49 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.106194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0088  major facilitator family transporter  51.49 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2946  major facilitator family transporter  60.52 
 
 		 390 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0882  major facilitator family transporter  51.22 
 
 		 403 aa  295  9e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158047  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1044  major facilitator family transporter  51.22 
 
 		 403 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34710  major facilitator transporter  63.36 
 
 		 417 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00447265  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3138  major facilitator transporter  46.09 
 
 		 400 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6824  major facilitator transporter  48.47 
 
 		 398 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5919  major facilitator transporter  50.53 
 
 		 403 aa  282  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1978  major facilitator transporter  49.87 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2588  major facilitator transporter  49.87 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2612  major facilitator transporter  49.87 
 
 		 407 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33690  arabinose efflux permease family protein  45.55 
 
 		 399 aa  277  2e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2027  major facilitator transporter  48.56 
 
 		 425 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.145333 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0709  major facilitator transporter  51.44 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0373482  normal  0.416775 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2636  major facilitator transporter  50.13 
 
 		 408 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3751  major facilitator superfamily MFS_1  42.9 
 
 		 410 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.690184  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20320  arabinose efflux permease family protein  39.84 
 
 		 397 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.352301  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0403  major facilitator superfamily MFS_1  49.27 
 
 		 394 aa  242  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00475007  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23550  arabinose efflux permease family protein  40.76 
 
 		 416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.655191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2719  major facilitator superfamily MFS_1  36.48 
 
 		 399 aa  226  6e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24090  arabinose efflux permease family protein  44.01 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  32.38 
 
 		 383 aa  182  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1113  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 		 383 aa  170  5e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000378306  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1024  major facilitator superfamily MFS_1  34.68 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.204165  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2254  major facilitator transporter  31.12 
 
 		 390 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.364288  normal  0.844618 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1023  major facilitator superfamily MFS_1  31.36 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3560  major facilitator transporter  32.01 
 
 		 411 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5288  major facilitator transporter  30.53 
 
 		 404 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2453  major facilitator superfamily MFS_1  31.4 
 
 		 414 aa  119  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.21371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2456  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.298076  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0841  major facilitator superfamily MFS_1  31.09 
 
 		 395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275018  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03488  hypothetical protein  28.61 
 
 		 451 aa  116  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03546  predicted transporter  28.61 
 
 		 451 aa  116  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0041  major facilitator superfamily MFS_1  28.23 
 
 		 412 aa  116  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4025  ribonucleoside transporter  28.61 
 
 		 394 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0037  ribonucleoside transporter  28.61 
 
 		 451 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4170  ribonucleoside transporter  28.61 
 
 		 451 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3875  ribonucleoside transporter  28.61 
 
 		 451 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1627  sugar efflux transporter  27.03 
 
 		 396 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2353  major facilitator transporter  30.77 
 
 		 413 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0038  major facilitator superfamily MFS_1  29.83 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1694  sugar efflux transporter  27.03 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0396225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1648  sugar efflux transporter  27.03 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1813  sugar efflux transporter  27.03 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  26.91 
 
 		 396 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0388  major facilitator superfamily MFS_1  27.74 
 
 		 390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.295618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3611  major facilitator superfamily MFS_1  29.03 
 
 		 410 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1635  sugar efflux transporter  26.74 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.626484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3286  major facilitator superfamily MFS_1  30.03 
 
 		 411 aa  113  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1531  major facilitator transporter  31.62 
 
 		 400 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2000  sugar efflux transporter  27.57 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  30.95 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0632  major facilitator transporter  27.76 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2584  major facilitator superfamily MFS_1  31.82 
 
 		 402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4007  major facilitator superfamily MFS_1  33.24 
 
 		 419 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1371  major facilitator superfamily MFS_1  31.22 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.070689  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5629  major facilitator transporter  31.12 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208414  normal  0.0407096 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6377  major facilitator transporter  31.12 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860251  normal  0.451181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3167  major facilitator transporter  29.56 
 
 		 414 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.508842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01764  MFS transporter  33.14 
 
 		 403 aa  110  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0553  major facilitator transporter  32.28 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3841  sugar efflux transporter  27.27 
 
 		 398 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000820491 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0980  sugar efflux transporter  26.8 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0865  sugar efflux transporter  30.38 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3070  membrane protein OpdE  29.65 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0048  major facilitator transporter  28.84 
 
 		 400 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0451  major facilitator superfamily MFS_1  31.86 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00452122  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0872  putative transport transmembrane protein  31.64 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.661394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2979  major facilitator transporter  28.35 
 
 		 402 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504162  normal  0.470483 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10192  integral membrane protein  29.33 
 
 		 413 aa  106  6e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  26.13 
 
 		 401 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06496  hypothetical protein  28 
 
 		 395 aa  106  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2119  major facilitator transporter  34.07 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.590316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4894  major facilitator transporter  28.03 
 
 		 404 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1362  major facilitator transporter  30.86 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726387  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6467  major facilitator transporter  30.86 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.070181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2428  sugar efflux transporter  30.63 
 
 		 408 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1932  sugar efflux transporter  26.87 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.17258  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5225  sugar efflux transporter  26.19 
 
 		 397 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000397206  normal  0.170795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2073  sugar efflux transporter  30.63 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3267  sugar efflux transporter  30.63 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>