More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2392 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2392  major facilitator family transporter  100 
 
 		 400 aa  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3303  major facilitator transporter  98.88 
 
 		 396 aa  661    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1998  major facilitator transporter  91.9 
 
 		 396 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.580365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17740  MFS transporter  62.5 
 
 		 412 aa  344  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2926  major facilitator transporter  58.6 
 
 		 401 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0235269  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3068  major facilitator family transporter  59.55 
 
 		 375 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.547079  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4445  major facilitator transporter  53.06 
 
 		 417 aa  329  6e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3749  major facilitator superfamily MFS_1  53.33 
 
 		 394 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.630877  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3035  major facilitator transporter  55.16 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1816  major facilitator transporter  55.81 
 
 		 405 aa  292  7e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3563  major facilitator superfamily MFS_1  52.22 
 
 		 394 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35870  major facilitator family transporter  54.98 
 
 		 408 aa  289  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0848172  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3692  general substrate transporter  51.61 
 
 		 430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1044  major facilitator family transporter  50.97 
 
 		 403 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0882  major facilitator family transporter  52.9 
 
 		 403 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158047  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0341  major facilitator family transporter  50.7 
 
 		 403 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0088  major facilitator family transporter  50.7 
 
 		 403 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0885  major facilitator family transporter  50.7 
 
 		 403 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.106194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0640  major facilitator family transporter  50.7 
 
 		 403 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.286289  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2475  major facilitator family transporter  50.7 
 
 		 403 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3138  major facilitator transporter  47.46 
 
 		 400 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6824  major facilitator transporter  48.02 
 
 		 398 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1978  major facilitator transporter  47.74 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2588  major facilitator transporter  47.74 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2946  major facilitator family transporter  61.61 
 
 		 390 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2612  major facilitator transporter  47.74 
 
 		 407 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34710  major facilitator transporter  61.29 
 
 		 417 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00447265  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33690  arabinose efflux permease family protein  46.63 
 
 		 399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2027  major facilitator transporter  47.35 
 
 		 425 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.145333 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5919  major facilitator transporter  51.78 
 
 		 403 aa  252  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3751  major facilitator superfamily MFS_1  41.99 
 
 		 410 aa  251  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.690184  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0709  major facilitator transporter  49.86 
 
 		 399 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0373482  normal  0.416775 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2636  major facilitator transporter  50.84 
 
 		 408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20320  arabinose efflux permease family protein  39.45 
 
 		 397 aa  228  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.352301  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0403  major facilitator superfamily MFS_1  47.94 
 
 		 394 aa  225  9e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00475007  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23550  arabinose efflux permease family protein  41.1 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.655191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2719  major facilitator superfamily MFS_1  37.18 
 
 		 399 aa  202  7e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24090  arabinose efflux permease family protein  42.77 
 
 		 447 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  32.1 
 
 		 383 aa  177  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1113  major facilitator superfamily MFS_1  29.22 
 
 		 383 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000378306  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1024  major facilitator superfamily MFS_1  35.31 
 
 		 410 aa  126  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.204165  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  31.04 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2353  major facilitator transporter  27.93 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4025  ribonucleoside transporter  26.93 
 
 		 394 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84574 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0041  major facilitator superfamily MFS_1  26.93 
 
 		 412 aa  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2254  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 390 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.364288  normal  0.844618 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3560  major facilitator transporter  31.96 
 
 		 411 aa  112  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03546  predicted transporter  26.65 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0037  ribonucleoside transporter  26.93 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3875  ribonucleoside transporter  26.93 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4170  ribonucleoside transporter  26.93 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0841  major facilitator superfamily MFS_1  30.1 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275018  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03488  hypothetical protein  26.65 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2119  major facilitator transporter  34.22 
 
 		 407 aa  110  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.590316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0388  major facilitator superfamily MFS_1  26.81 
 
 		 390 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.295618  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3286  major facilitator superfamily MFS_1  28.76 
 
 		 411 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  31.59 
 
 		 406 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1627  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1635  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.626484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1694  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0396225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1648  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1813  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4007  major facilitator superfamily MFS_1  33.14 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0872  putative transport transmembrane protein  32.94 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.661394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5288  major facilitator transporter  30.49 
 
 		 404 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3472  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2584  major facilitator superfamily MFS_1  31.8 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5294  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2453  major facilitator superfamily MFS_1  30.21 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.21371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2000  sugar efflux transporter  26.69 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0553  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2563  major facilitator transporter  28.99 
 
 		 403 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0038  major facilitator superfamily MFS_1  28.08 
 
 		 407 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0032  ribonucleoside transporter  25.56 
 
 		 396 aa  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2979  major facilitator transporter  26.74 
 
 		 402 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504162  normal  0.470483 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3841  sugar efflux transporter  27.35 
 
 		 398 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000820491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0451  major facilitator superfamily MFS_1  31.34 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00452122  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1371  major facilitator superfamily MFS_1  31.96 
 
 		 412 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.070689  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1406  major facilitator superfamily MFS_1  29.26 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.61061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1531  major facilitator transporter  30.19 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  26.1 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7038  sugar efflux transporter  25.58 
 
 		 394 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.626872 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  26.51 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5225  sugar efflux transporter  25.75 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000397206  normal  0.170795 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3560  major facilitator transporter  28.12 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6308  sugar efflux transporter  26 
 
 		 394 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.260956  normal  0.44314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0980  sugar efflux transporter  26.78 
 
 		 396 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3960  major facilitator transporter  28.12 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116559 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1932  sugar efflux transporter  25.94 
 
 		 388 aa  100  5e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.17258  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1448  major facilitator superfamily MFS_1  28.62 
 
 		 403 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.015793  normal  0.569498 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1569  major facilitator superfamily MFS_1  27.68 
 
 		 408 aa  99.8  7e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.405148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2601  major facilitator transporter  27.46 
 
 		 404 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2456  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 398 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.298076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0657  major facilitator superfamily MFS_1  33.14 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3714  major facilitator transporter  28.53 
 
 		 418 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310238 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19440  arabinose efflux permease family protein  31.07 
 
 		 421 aa  99  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.864683  normal  0.0256457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 397 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1840  major facilitator transporter  31.33 
 
 		 403 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01764  MFS transporter  31.19 
 
 		 403 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315697  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06496  hypothetical protein  27.32 
 
 		 395 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>