More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_24090 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_24090  arabinose efflux permease family protein  100 
 
 		 447 aa  830    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3035  major facilitator transporter  48.43 
 
 		 390 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3563  major facilitator superfamily MFS_1  48.76 
 
 		 394 aa  268  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35870  major facilitator family transporter  49.55 
 
 		 408 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0848172  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2612  major facilitator transporter  46.08 
 
 		 407 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1978  major facilitator transporter  45.84 
 
 		 407 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2588  major facilitator transporter  45.84 
 
 		 407 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1816  major facilitator transporter  50.3 
 
 		 405 aa  263  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3749  major facilitator superfamily MFS_1  46.85 
 
 		 394 aa  260  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.630877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3692  general substrate transporter  43.81 
 
 		 430 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2027  major facilitator transporter  44.15 
 
 		 425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.145333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23550  arabinose efflux permease family protein  43.29 
 
 		 416 aa  251  1e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.655191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4445  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 417 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2636  major facilitator transporter  45.84 
 
 		 408 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2926  major facilitator transporter  42.55 
 
 		 401 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0235269  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3068  major facilitator family transporter  44.17 
 
 		 375 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.547079  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5919  major facilitator transporter  44.76 
 
 		 403 aa  243  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0403  major facilitator superfamily MFS_1  47.4 
 
 		 394 aa  243  6e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00475007  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6824  major facilitator transporter  44.78 
 
 		 398 aa  242  9e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17740  MFS transporter  44.17 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0882  major facilitator family transporter  46.87 
 
 		 403 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158047  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1044  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0885  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.106194  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3138  major facilitator transporter  41.05 
 
 		 400 aa  237  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0341  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0088  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0640  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.286289  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2475  major facilitator family transporter  46.59 
 
 		 403 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3303  major facilitator transporter  44.61 
 
 		 396 aa  236  9e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0709  major facilitator transporter  46.41 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0373482  normal  0.416775 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33690  arabinose efflux permease family protein  43.78 
 
 		 399 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1998  major facilitator transporter  44.01 
 
 		 396 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.580365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2946  major facilitator family transporter  47.88 
 
 		 390 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34710  major facilitator transporter  47.88 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00447265  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3751  major facilitator superfamily MFS_1  39 
 
 		 410 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.690184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2392  major facilitator family transporter  42.77 
 
 		 400 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2719  major facilitator superfamily MFS_1  37.38 
 
 		 399 aa  203  6e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20320  arabinose efflux permease family protein  35.43 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.352301  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  33.61 
 
 		 383 aa  171  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  34.55 
 
 		 426 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1024  major facilitator superfamily MFS_1  38.57 
 
 		 410 aa  150  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.204165  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1023  major facilitator superfamily MFS_1  32.08 
 
 		 432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1932  sugar efflux transporter  29.12 
 
 		 388 aa  136  7.000000000000001e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.17258  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0451  major facilitator superfamily MFS_1  35.82 
 
 		 405 aa  130  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00452122  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4003  major facilitator superfamily transporter  33.71 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.709384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0980  sugar efflux transporter  29.57 
 
 		 396 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  36.31 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0048  major facilitator transporter  31.79 
 
 		 400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2584  major facilitator superfamily MFS_1  34.55 
 
 		 402 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4007  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01764  MFS transporter  33.23 
 
 		 403 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315697  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3712  major facilitator superfamily MFS_1  37.29 
 
 		 391 aa  119  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0196377 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06496  hypothetical protein  30.48 
 
 		 395 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2535  major facilitator superfamily MFS_1  33.24 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216008  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0839  sugar efflux transporter  27.32 
 
 		 399 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.359878 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1499  sugar efflux transporter  27.57 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000671324  normal  0.520287 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0668  MFS transporter  31.09 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1133  major facilitator superfamily MFS_1  35.25 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.144767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3403  major facilitator transporter  36.74 
 
 		 391 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2000  sugar efflux transporter  29.17 
 
 		 398 aa  116  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3182  major facilitator transporter  33.24 
 
 		 391 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.372943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3791  sugar efflux transporter  28.37 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0663735  decreased coverage  0.000000695018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1153  putative transmembrane efflux transmembrane protein  33.53 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.239859  normal  0.351745 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0872  putative transport transmembrane protein  33.85 
 
 		 425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.661394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  33.82 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3472  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0868  sugar efflux transporter  26.43 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.202356  normal  0.905992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1201  major facilitator transporter  32.37 
 
 		 383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.915784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4250  major facilitator transporter  34.54 
 
 		 405 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2201  sugar efflux transporter  30 
 
 		 407 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.480922  normal  0.315945 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03546  predicted transporter  31.02 
 
 		 451 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03488  hypothetical protein  31.02 
 
 		 451 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  27.13 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0707  sugar efflux transporter  27.65 
 
 		 394 aa  114  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0037  ribonucleoside transporter  30.51 
 
 		 451 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4170  ribonucleoside transporter  30.51 
 
 		 451 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3875  ribonucleoside transporter  30.51 
 
 		 451 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10750  sugar efflux transporter  27.83 
 
 		 396 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3097  major facilitator transporter  31.15 
 
 		 408 aa  113  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326066  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0032  ribonucleoside transporter  30 
 
 		 396 aa  113  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2563  major facilitator transporter  33.63 
 
 		 403 aa  113  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3960  major facilitator transporter  32.83 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116559 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1406  major facilitator superfamily MFS_1  32.73 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.61061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4861  major facilitator transporter  33.42 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1113  major facilitator superfamily MFS_1  26.25 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000378306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3560  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0041  major facilitator superfamily MFS_1  30.24 
 
 		 412 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05030  arabinose efflux permease family protein  32.28 
 
 		 430 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.307147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5294  major facilitator transporter  33.94 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4025  ribonucleoside transporter  30.24 
 
 		 394 aa  111  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84574 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5276  major facilitator transporter  33.92 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2020  major facilitator transporter  32.65 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3560  major facilitator transporter  33.24 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1448  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.015793  normal  0.569498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5034  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0580159 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2502  major facilitator transporter  36.73 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405786  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4993  major facilitator transporter  31.45 
 
 		 406 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400801  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2540  major facilitator superfamily protein MFS_1  30.34 
 
 		 388 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3841  sugar efflux transporter  27.53 
 
 		 398 aa  110  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000820491 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5453  major facilitator transporter  33.42 
 
 		 400 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>