More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2020 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2535  major facilitator superfamily MFS_1  96.93 
 
 
391 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216008  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2020  major facilitator transporter  100 
 
 
391 aa  733    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286294  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3182  major facilitator transporter  96.16 
 
 
391 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.372943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1505  major facilitator transporter  84.16 
 
 
395 aa  617  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.484367  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0553  major facilitator transporter  70.77 
 
 
390 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125845  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2432  major facilitator transporter  68.16 
 
 
389 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.984047  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0138  major facilitator transporter  62.02 
 
 
391 aa  425  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412913  normal  0.0151016 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5366  transporter, major facilitator superfamily (MFS)  57.73 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0480063  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3328  major facilitator transporter  58.21 
 
 
395 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2367  major facilitator family transporter  57.95 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01627  putative transport protein (MFS family)  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1983  major facilitator superfamily MFS_1  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.128161  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2369  transporter, major facilitator family  59.1 
 
 
389 aa  395  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000585363  normal  0.236969 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1972  major facilitator transporter  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116324 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01617  hypothetical protein  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1541  major facilitator transporter  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.188499  normal  0.114044 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1870  major facilitator transporter  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1736  major facilitator transporter  59.1 
 
 
389 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000269291  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1854  transporter, major facilitator family  58.84 
 
 
389 aa  391  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000789042  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2928  major facilitator transporter  61.41 
 
 
400 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1790  major facilitator transporter  60.93 
 
 
388 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0297909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1879  major facilitator transporter  57.89 
 
 
393 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.985188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3051  major facilitator transporter  57.99 
 
 
404 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4398  major facilitator transporter  59.68 
 
 
401 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2696  major facilitator superfamily MFS_1  59.67 
 
 
400 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793708  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2307  major facilitator superfamily MFS_1  58.86 
 
 
400 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.17268  hitchhiker  0.00000016872 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1227  major facilitator transporter  60.87 
 
 
401 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.309225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0774  major facilitator transporter  60.87 
 
 
401 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1255  major facilitator transporter  60.87 
 
 
401 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2061  major facilitator transporter  58.93 
 
 
401 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1134  major facilitator transporter  60.25 
 
 
408 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1146  major facilitator transporter  60.25 
 
 
401 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.668538  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0657  major facilitator superfamily MFS_1  56.73 
 
 
386 aa  357  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901526  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2206  major facilitator superfamily MFS_1  54.04 
 
 
391 aa  348  1e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  53.26 
 
 
392 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3403  major facilitator transporter  54.74 
 
 
391 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  55.01 
 
 
388 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3712  major facilitator superfamily MFS_1  54.2 
 
 
391 aa  334  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0196377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0607  major facilitator transporter  52.97 
 
 
391 aa  332  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3326  major facilitator superfamily MFS_1  54.44 
 
 
388 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139767 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  52.97 
 
 
391 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2719  major facilitator transporter  52.97 
 
 
391 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2744  major facilitator transporter  52.69 
 
 
391 aa  328  7e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6019  major facilitator transporter  54.3 
 
 
391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2079  major facilitator transporter  52.41 
 
 
416 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2691  major facilitator transporter  52.41 
 
 
391 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0892  major facilitator family transporter  52.01 
 
 
390 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0593  major facilitator family transporter  52.57 
 
 
390 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2009  major facilitator transporter  47.29 
 
 
408 aa  316  4e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.40621 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0727  major facilitator transporter  51.72 
 
 
390 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2718  major facilitator family transporter  51.72 
 
 
390 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2360  major facilitator family transporter  51.72 
 
 
390 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0228  major facilitator family transporter  51.72 
 
 
390 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2440  major facilitator family transporter  51.72 
 
 
390 aa  316  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0713  major facilitator transporter  51.72 
 
 
390 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2254  major facilitator transporter  47.2 
 
 
390 aa  311  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.364288  normal  0.844618 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3596  major facilitator superfamily MFS_1  53.41 
 
 
391 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.357847 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4250  major facilitator transporter  51.69 
 
 
405 aa  308  8e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3905  major facilitator superfamily MFS_1  47.8 
 
 
392 aa  305  9.000000000000001e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0803065  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5276  major facilitator transporter  45.74 
 
 
389 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0793  major facilitator transporter  49.86 
 
 
389 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0340  major facilitator transporter  49.86 
 
 
389 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0823  major facilitator transporter  49.86 
 
 
389 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414709  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3916  major facilitator transporter  49.59 
 
 
389 aa  298  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0076  major facilitator transporter  48.01 
 
 
391 aa  298  8e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2432  major facilitator transporter  49.41 
 
 
385 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122726  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2910  major facilitator superfamily MFS_1  49.58 
 
 
397 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333909  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2560  major facilitator transporter  51.44 
 
 
389 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1917  major facilitator family transporter  52.01 
 
 
389 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.214346  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2052  major facilitator family transporter  52.01 
 
 
389 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00152251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0861  major facilitator family transporter  52.01 
 
 
389 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0136838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1283  general substrate transporter  48.85 
 
 
387 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2693  major facilitator family transporter  52.01 
 
 
389 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2985  major facilitator superfamily MFS_1  48.88 
 
 
388 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0895325 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3209  major facilitator family transporter  51.72 
 
 
389 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3223  major facilitator transporter  51.72 
 
 
389 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0914412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3170  inner membrane transport protein YdhP  51.72 
 
 
389 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0159821  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0635  major facilitator superfamily MFS_1  46.67 
 
 
385 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.294822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1817  major facilitator transporter  48.78 
 
 
406 aa  290  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000443507  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2724  major facilitator superfamily MFS_1  48.31 
 
 
388 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233297  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0829  major facilitator transporter  47.98 
 
 
407 aa  287  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.260896  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2308  major facilitator transporter  48.06 
 
 
412 aa  285  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209482 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1400  major facilitator family transporter  50.29 
 
 
389 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0801718  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1201  major facilitator transporter  47.29 
 
 
383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.915784  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3838  major facilitator transporter  47.37 
 
 
384 aa  283  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4993  major facilitator transporter  46.76 
 
 
406 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400801  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4890  major facilitator superfamily transporter  46.88 
 
 
403 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1022  major facilitator transporter  48.83 
 
 
386 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3250  major facilitator transporter  48.83 
 
 
386 aa  280  4e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000228404 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0971  major facilitator transporter  48.83 
 
 
386 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5612  major facilitator family transporter  49.29 
 
 
393 aa  279  7e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111142  normal  0.11347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4357  major facilitator family transporter  50.29 
 
 
388 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2502  major facilitator transporter  51.34 
 
 
382 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405786  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4052  major facilitator transporter  50 
 
 
388 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0787542  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0784  major facilitator superfamily MFS_1  47.5 
 
 
388 aa  276  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.524508  normal  0.485682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3897  major facilitator transporter  49.11 
 
 
388 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0946  major facilitator superfamily MFS_1  47.91 
 
 
407 aa  275  7e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2540  major facilitator superfamily protein MFS_1  45.12 
 
 
388 aa  275  9e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0143  major facilitator superfamily MFS_1  48.86 
 
 
406 aa  275  9e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56640  putative MFS transporter  47.99 
 
 
388 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>