More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2428 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2428  sugar efflux transporter  100 
 
 
408 aa  792    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595849  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3267  sugar efflux transporter  98.28 
 
 
413 aa  780    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2073  sugar efflux transporter  95.74 
 
 
399 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3070  sugar efflux transporter  91.48 
 
 
399 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.225819  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0980  sugar efflux transporter  73.64 
 
 
396 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10750  sugar efflux transporter  72.73 
 
 
396 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0999  major facilitator family transporter  68.83 
 
 
407 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0865  sugar efflux transporter  66.93 
 
 
402 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27130  sugar efflux transporter  65.63 
 
 
405 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2201  sugar efflux transporter  62.47 
 
 
407 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.480922  normal  0.315945 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3194  sugar efflux transporter  57.55 
 
 
419 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2000  sugar efflux transporter  57.44 
 
 
398 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1635  sugar efflux transporter  57.7 
 
 
396 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.626484  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1694  sugar efflux transporter  57.7 
 
 
396 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0396225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1648  sugar efflux transporter  57.7 
 
 
396 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1627  sugar efflux transporter  57.7 
 
 
396 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1813  sugar efflux transporter  57.7 
 
 
396 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2417  sugar efflux transporter  59.31 
 
 
395 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0136  sugar efflux transporter  58.22 
 
 
395 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0138  sugar efflux transporter  58.03 
 
 
395 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.789478  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5225  sugar efflux transporter  52.34 
 
 
397 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000397206  normal  0.170795 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2142  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01485  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.709181  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2118  major facilitator superfamily MFS_1  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00060856  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1730  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.828812  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2130  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17784  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2322  sugar efflux transporter  56.52 
 
 
393 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01496  hypothetical protein  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.679855  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1677  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1932  sugar efflux transporter  51.05 
 
 
388 aa  368  1e-100  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.17258  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1642  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1610  sugar efflux transporter  58.09 
 
 
396 aa  368  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7038  sugar efflux transporter  53.37 
 
 
394 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.626872 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6308  sugar efflux transporter  53.07 
 
 
394 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.260956  normal  0.44314 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5955  sugar efflux transporter  52.86 
 
 
417 aa  360  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0541401 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5582  sugar efflux transporter  50.51 
 
 
410 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0388  major facilitator superfamily MFS_1  52.76 
 
 
390 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.295618  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1499  sugar efflux transporter  49.19 
 
 
376 aa  351  1e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000671324  normal  0.520287 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6513  sugar efflux transporter  48.79 
 
 
451 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1316  sugar efflux transporter  51.31 
 
 
400 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6103  sugar efflux transporter  51.05 
 
 
400 aa  348  8e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.542417  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3841  sugar efflux transporter  49.49 
 
 
398 aa  341  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000820491 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0868  sugar efflux transporter  48.81 
 
 
399 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.202356  normal  0.905992 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0839  sugar efflux transporter  48.02 
 
 
399 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.359878 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3791  sugar efflux transporter  48.03 
 
 
389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0663735  decreased coverage  0.000000695018 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0707  sugar efflux transporter  47.47 
 
 
394 aa  306  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  39.04 
 
 
396 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0138  major facilitator transporter  31.86 
 
 
391 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412913  normal  0.0151016 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0451  major facilitator superfamily MFS_1  31.98 
 
 
405 aa  160  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00452122  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  29.84 
 
 
397 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2584  major facilitator superfamily MFS_1  31.75 
 
 
402 aa  160  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3182  major facilitator transporter  35.17 
 
 
391 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.372943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3594  major facilitator transporter  33.25 
 
 
393 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.273434  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2535  major facilitator superfamily MFS_1  34.59 
 
 
391 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216008  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3102  major facilitator transporter  29.83 
 
 
415 aa  157  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3194  major facilitator family transporter  30.35 
 
 
415 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3447  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
404 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3898  major facilitator superfamily MFS_1  30.54 
 
 
404 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.82159  normal  0.735977 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3182  major facilitator transporter  29.69 
 
 
404 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3714  major facilitator transporter  30.59 
 
 
418 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.310238 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5451  major facilitator transporter  31.59 
 
 
407 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0131975  normal  0.150445 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  30.92 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3424  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
404 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3167  major facilitator transporter  30.42 
 
 
414 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.508842  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0892  major facilitator family transporter  32.18 
 
 
390 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1371  major facilitator superfamily MFS_1  28.88 
 
 
412 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.070689  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2020  major facilitator transporter  34.3 
 
 
391 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286294  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5698  major facilitator superfamily MFS_1  31.89 
 
 
415 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.574634 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0228  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
390 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2440  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
390 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2360  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
390 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2718  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
390 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0727  major facilitator transporter  32.58 
 
 
390 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0713  major facilitator transporter  32.29 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2009  major facilitator transporter  30.13 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.40621 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1021  major facilitator transporter  32.17 
 
 
415 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.122772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1277  major facilitator transporter  32.6 
 
 
407 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5211  major facilitator family transporter  29.58 
 
 
404 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0593  major facilitator family transporter  32.29 
 
 
390 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5612  major facilitator family transporter  33.33 
 
 
393 aa  146  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111142  normal  0.11347 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4932  major facilitator family transporter  28.17 
 
 
404 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4773  major facilitator transporter  28.17 
 
 
404 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5309  major facilitator family transporter  28.17 
 
 
404 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5175  major facilitator family transporter  28.17 
 
 
404 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541123 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0037  major facilitator family transporter  29.87 
 
 
404 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000189169 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4894  major facilitator transporter  29.73 
 
 
404 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  27.93 
 
 
406 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20840  multidrug/chloramphenicol efflux transporter, major facilitator superfamily MFS_1  32.2 
 
 
403 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.290056  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4793  major facilitator transporter  28.27 
 
 
404 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0553  major facilitator transporter  31.67 
 
 
390 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125845  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5224  major facilitator family transporter  28.17 
 
 
404 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3403  major facilitator transporter  32.89 
 
 
391 aa  143  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10192  integral membrane protein  31.65 
 
 
413 aa  142  7e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5288  major facilitator transporter  29.23 
 
 
404 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  30.66 
 
 
391 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2540  major facilitator superfamily protein MFS_1  31.62 
 
 
388 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1201  major facilitator transporter  30.97 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.915784  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0340  major facilitator transporter  30.23 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3712  major facilitator superfamily MFS_1  32.54 
 
 
391 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0196377 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0823  major facilitator transporter  30.23 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>