77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3136 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3136  glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase  100 
 
 		 555 aa  1137    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.815174  hitchhiker  0.00720592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0563  Alpha-amylase  31.96 
 
 		 607 aa  160  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.611678  normal  0.295943 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35756  predicted protein  30.79 
 
 		 410 aa  153  1e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.558305 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_18258  predicted protein  28.26 
 
 		 517 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_46693  predicted protein  29.68 
 
 		 979 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.649333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36075  predicted protein  28.1 
 
 		 447 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00709127  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18730  cytoplasmic alpha-amylase  28.73 
 
 		 442 aa  113  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1800  alpha amylase, catalytic region  25.85 
 
 		 627 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847837  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0201  alpha amylase catalytic region  27.59 
 
 		 513 aa  100  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213687  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2938  ATPase  50 
 
 		 563 aa  95.1  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2478  alpha amylase catalytic region  47.47 
 
 		 612 aa  94  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194919  normal  0.119382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18240  cytoplasmic alpha-amylase  28.33 
 
 		 623 aa  90.9  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1139  cytoplasmic alpha-amylase  27.27 
 
 		 516 aa  87.4  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0314  hypothetical protein  44.21 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0822878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1948  cytoplasmic alpha-amylase  26.4 
 
 		 479 aa  85.9  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581984  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0631  cytoplasmic alpha-amylase  25 
 
 		 469 aa  84.3  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00080  alpha-amylase  25.5 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.52316  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02410  alpha amylase  24.21 
 
 		 364 aa  80.9  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0985  alpha amylase domain-containing protein  23.73 
 
 		 605 aa  71.6  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0694969  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1130  alpha amylase catalytic region  25.8 
 
 		 566 aa  69.7  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  24.15 
 
 		 836 aa  68.6  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4065  Alpha-amylase  39.33 
 
 		 596 aa  62.4  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.540437  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  24.41 
 
 		 524 aa  62  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2176  cytoplasmic alpha-amylase  23.17 
 
 		 488 aa  62  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2001  Alpha-amylase  24.5 
 
 		 589 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.357099  normal  0.053891 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2529  glycoside hydrolase family protein  34.45 
 
 		 1010 aa  61.2  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3337  Glycosidase-like protein  38.82 
 
 		 679 aa  61.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.543706  normal  0.14646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  34.74 
 
 		 703 aa  60.5  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  21.6 
 
 		 814 aa  57  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2686  alpha amylase, catalytic region  34.94 
 
 		 722 aa  55.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.288393 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1263  alpha amylase catalytic region  22.75 
 
 		 499 aa  55.1  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.796062 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2896  Alpha-amylase  36 
 
 		 722 aa  55.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.578872 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  23.08 
 
 		 623 aa  54.3  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  27.13 
 
 		 767 aa  52  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  22.3 
 
 		 838 aa  51.2  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000056  cytoplasmic alpha-amylase  22.76 
 
 		 507 aa  50.8  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0351894  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  37 
 
 		 742 aa  50.8  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05463  conserved hypothetical protein  36.9 
 
 		 385 aa  50.4  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  25.24 
 
 		 1021 aa  49.7  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2907  alpha amylase catalytic subunit  23.06 
 
 		 715 aa  50.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.245602 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2409  cytoplasmic alpha-amylase  24.07 
 
 		 494 aa  49.7  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3200  cytoplasmic alpha-amylase  23.47 
 
 		 513 aa  49.7  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.570134  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1387  cytoplasmic alpha-amylase  24.69 
 
 		 496 aa  49.3  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1414  alpha amylase catalytic region  22.37 
 
 		 703 aa  49.3  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0623392  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07402  glucoamylase (Eurofung)  38.38 
 
 		 661 aa  48.9  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4685  alpha amylase catalytic region  35.35 
 
 		 738 aa  49.3  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2394  cytoplasmic alpha-amylase  22.91 
 
 		 472 aa  48.5  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2110  alpha amylase catalytic region  24.04 
 
 		 439 aa  48.5  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  24.71 
 
 		 620 aa  48.5  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  22.41 
 
 		 462 aa  48.5  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1537  cytoplasmic alpha-amylase  32.41 
 
 		 483 aa  48.5  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0143259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0289  glycosy hydrolase family protein  40.32 
 
 		 882 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0200  putative glucan 1,4-alpha-glucosidase  40.32 
 
 		 882 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1658  putative amylase  40.32 
 
 		 881 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1812  cytoplasmic alpha-amylase  22.72 
 
 		 492 aa  47.8  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0328907  normal  0.0314505 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0708  cytoplasmic alpha-amylase  29.06 
 
 		 488 aa  47  0.0009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0434693  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05679  cytoplasmic alpha-amylase  22.25 
 
 		 507 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0213  glucan 1,4- a-glucosidase  36.14 
 
 		 881 aa  47  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  22.64 
 
 		 599 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3551  cytoplasmic alpha-amylase  23.7 
 
 		 513 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  23.55 
 
 		 885 aa  45.8  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3508  cytoplasmic alpha-amylase  24.15 
 
 		 513 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  25.74 
 
 		 700 aa  45.8  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3291  cytoplasmic alpha-amylase  23.7 
 
 		 513 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000922062  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3430  glycogen debranching enzyme GlgX  24.28 
 
 		 707 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6067  glycogen debranching enzyme GlgX  27.4 
 
 		 701 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0573704  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1074  glycogen debranching enzyme GlgX  29.09 
 
 		 711 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.652944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  32.38 
 
 		 658 aa  45.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1045  glycogen debranching enzyme GlgX  29.09 
 
 		 711 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  22.87 
 
 		 526 aa  44.3  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0930  alpha amylase catalytic region  40.74 
 
 		 614 aa  44.7  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2125  cytoplasmic alpha-amylase  24.16 
 
 		 494 aa  44.3  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.172028  hitchhiker  0.0000021601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2178  cytoplasmic alpha-amylase  24.16 
 
 		 494 aa  43.9  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.170616  normal  0.0297459 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1280  cytoplasmic alpha-amylase  24.16 
 
 		 494 aa  43.9  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0337681  normal  0.462612 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2728  alpha amylase catalytic region  25.96 
 
 		 453 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3352  glycogen debranching enzyme GlgX  31.43 
 
 		 659 aa  43.5  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1157  cytoplasmic alpha-amylase  24.87 
 
 		 494 aa  43.5  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00381479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>