143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0296 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3056  TonB dependent-iron siderophore receptor  57.1 
 
 		 644 aa  694    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0296  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 652 aa  1306    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3784  TonB-dependent receptor  56.95 
 
 		 644 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.60396 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4268  GntR domain-containing protein  58.84 
 
 		 644 aa  714    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4401  TonB-dependent receptor  41.05 
 
 		 756 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78723  normal  0.0995472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2622  TonB-dependent receptor plug  37.44 
 
 		 743 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00560047  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2296  TonB-dependent receptor  37.36 
 
 		 752 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2610  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 665 aa  251  4e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.846582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  30.54 
 
 		 661 aa  248  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  30.21 
 
 		 654 aa  244  5e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.51 
 
 		 657 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 649 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 668 aa  187  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  30.34 
 
 		 652 aa  181  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 681 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.23 
 
 		 646 aa  153  8.999999999999999e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  28.97 
 
 		 490 aa  151  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  25.18 
 
 		 668 aa  150  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.59 
 
 		 697 aa  139  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  26.78 
 
 		 659 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 667 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  25.37 
 
 		 668 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 687 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.25 
 
 		 677 aa  133  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1906  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 693 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1945  TonB-dependent receptor, plug  35.53 
 
 		 300 aa  123  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583164  normal  0.445387 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  24.54 
 
 		 693 aa  121  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 654 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1306  iron-regulated outer membrane protein  21.68 
 
 		 692 aa  115  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000656516  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0387  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 683 aa  109  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.84983  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  25.45 
 
 		 693 aa  93.2  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  24.59 
 
 		 676 aa  90.9  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.33 
 
 		 690 aa  90.5  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.04 
 
 		 704 aa  88.6  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  27.94 
 
 		 698 aa  88.2  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  28.41 
 
 		 712 aa  87.8  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 684 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.43 
 
 		 696 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.88 
 
 		 681 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.9 
 
 		 696 aa  79  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  30.25 
 
 		 859 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1943  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 374 aa  76.3  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330013  normal  0.348823 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.18 
 
 		 688 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  29.95 
 
 		 867 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  27.42 
 
 		 857 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  27.59 
 
 		 861 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.71 
 
 		 696 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  26.5 
 
 		 683 aa  73.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  29.47 
 
 		 764 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.38 
 
 		 849 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  28.99 
 
 		 764 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.49 
 
 		 696 aa  72  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.62 
 
 		 694 aa  71.2  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.49 
 
 		 695 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.49 
 
 		 696 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.1 
 
 		 759 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.31 
 
 		 862 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 641 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.31 
 
 		 862 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.14 
 
 		 862 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  29.96 
 
 		 778 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3271  outer membrane heme receptor  23.78 
 
 		 728 aa  66.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403034  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.55 
 
 		 734 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2813  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.17 
 
 		 752 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409295  normal  0.033455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3079  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.95 
 
 		 749 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.578184  normal  0.640721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.74 
 
 		 744 aa  63.5  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  28.47 
 
 		 778 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.26 
 
 		 717 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  22.3 
 
 		 730 aa  62.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  23.23 
 
 		 697 aa  61.6  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 635 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 653 aa  60.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  25.89 
 
 		 771 aa  60.8  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.82 
 
 		 783 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 614 aa  58.9  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.38 
 
 		 669 aa  57.8  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2303  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 982 aa  57.4  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243733  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  23.19 
 
 		 631 aa  56.6  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  22.61 
 
 		 647 aa  57  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  24.78 
 
 		 891 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  24.6 
 
 		 627 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  23.88 
 
 		 628 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  21.67 
 
 		 670 aa  54.7  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  22.32 
 
 		 737 aa  54.7  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  25.12 
 
 		 800 aa  54.3  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  28.83 
 
 		 689 aa  53.9  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.47 
 
 		 686 aa  53.9  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25 
 
 		 779 aa  53.9  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  26.73 
 
 		 751 aa  53.5  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.36 
 
 		 737 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.5 
 
 		 716 aa  53.5  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  24.04 
 
 		 314 aa  52.8  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.35 
 
 		 739 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.36 
 
 		 739 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1523  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 1045 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  31.33 
 
 		 1186 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  22.95 
 
 		 623 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  23 
 
 		 775 aa  52  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.36 
 
 		 739 aa  51.6  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  32.69 
 
 		 676 aa  51.6  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>