More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4195 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  44.74 
 
 
851 aa  674    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  100 
 
 
849 aa  1751    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  44.97 
 
 
851 aa  680    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  35.09 
 
 
737 aa  432  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  35.09 
 
 
739 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  34.94 
 
 
739 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  35.09 
 
 
739 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  35.09 
 
 
739 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  34.99 
 
 
737 aa  425  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  34.81 
 
 
737 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  33.85 
 
 
744 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  31.78 
 
 
730 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  52.52 
 
 
314 aa  305  2.0000000000000002e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.57 
 
 
704 aa  209  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  26.27 
 
 
676 aa  174  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.29 
 
 
676 aa  171  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  25.29 
 
 
676 aa  171  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  25.14 
 
 
676 aa  170  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.1 
 
 
689 aa  167  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.71 
 
 
686 aa  164  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  27.7 
 
 
800 aa  160  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.25 
 
 
661 aa  155  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  24.29 
 
 
660 aa  151  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  23.86 
 
 
660 aa  151  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.13 
 
 
697 aa  145  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  24.8 
 
 
771 aa  144  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25 
 
 
677 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.27 
 
 
681 aa  142  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.76 
 
 
690 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.1 
 
 
685 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.66 
 
 
722 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.62 
 
 
688 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.47 
 
 
717 aa  132  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.97 
 
 
696 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  25.35 
 
 
697 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  25.25 
 
 
693 aa  127  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.98 
 
 
694 aa  127  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.78 
 
 
695 aa  127  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  21.7 
 
 
646 aa  127  9e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.68 
 
 
696 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.82 
 
 
716 aa  122  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  23.41 
 
 
712 aa  120  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.87 
 
 
696 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.87 
 
 
696 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  23.97 
 
 
778 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.87 
 
 
696 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1411  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.52 
 
 
892 aa  112  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.36 
 
 
862 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.3 
 
 
778 aa  111  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.98 
 
 
698 aa  109  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.27 
 
 
743 aa  109  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2389  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 
823 aa  109  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.687523  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.41 
 
 
694 aa  108  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.86 
 
 
862 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.23 
 
 
779 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5620  putative extracellular heme-binding protein  31.14 
 
 
930 aa  107  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.253718  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  25.85 
 
 
490 aa  106  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.94 
 
 
862 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  23.13 
 
 
652 aa  105  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
681 aa  104  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.1 
 
 
783 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  23.19 
 
 
670 aa  102  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64710  putative extracellular heme-binding protein  30.57 
 
 
989 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.572363  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.66 
 
 
657 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.71 
 
 
734 aa  101  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3314  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
973 aa  101  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  28.43 
 
 
861 aa  100  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.95 
 
 
1186 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.68 
 
 
867 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0115  tonB-dependent receptor  21.95 
 
 
753 aa  97.4  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1814  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.56 
 
 
892 aa  97.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  35.22 
 
 
687 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  25.11 
 
 
784 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
649 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4301  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
1018 aa  94.4  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.15211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  22.3 
 
 
683 aa  94  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
668 aa  92.4  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.79 
 
 
759 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  21.17 
 
 
668 aa  92  4e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2303  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
982 aa  90.1  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243733  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3271  outer membrane heme receptor  23.9 
 
 
728 aa  89  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403034  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2186  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
1040 aa  87.8  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.996858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  24.91 
 
 
777 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  22.6 
 
 
782 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.18 
 
 
859 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2610  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 
665 aa  86.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.846582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  24.16 
 
 
809 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  27.99 
 
 
654 aa  85.9  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  30.45 
 
 
661 aa  85.1  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  23.76 
 
 
764 aa  84.3  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 
807 aa  84.3  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  27.65 
 
 
857 aa  84.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  22.27 
 
 
782 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  22.42 
 
 
774 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  22.56 
 
 
764 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1111  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.52 
 
 
754 aa  82.8  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  22.27 
 
 
774 aa  82.4  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  22.27 
 
 
774 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  22.27 
 
 
774 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3894  TonB-dependent heme receptor HasR  22.84 
 
 
830 aa  81.6  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>