More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0347 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
670 aa  1372    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  32.59 
 
 
704 aa  319  1e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.85 
 
 
686 aa  239  9e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  31.66 
 
 
689 aa  235  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.54 
 
 
677 aa  126  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  24.96 
 
 
660 aa  125  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  24.96 
 
 
660 aa  124  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.47 
 
 
739 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  23.38 
 
 
737 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.6 
 
 
739 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.2 
 
 
737 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.19 
 
 
681 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.13 
 
 
737 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.27 
 
 
717 aa  119  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.34 
 
 
739 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.34 
 
 
739 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.16 
 
 
661 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.55 
 
 
688 aa  114  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 
649 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.6 
 
 
646 aa  109  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.03 
 
 
734 aa  106  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  24.21 
 
 
730 aa  106  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  24.01 
 
 
652 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.91 
 
 
676 aa  104  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.83 
 
 
669 aa  104  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.44 
 
 
685 aa  103  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.19 
 
 
849 aa  103  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.26 
 
 
744 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.39 
 
 
697 aa  103  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.67 
 
 
694 aa  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.88 
 
 
695 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  29.24 
 
 
800 aa  95.9  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.75 
 
 
696 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  23.03 
 
 
676 aa  94.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.25 
 
 
696 aa  93.2  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.11 
 
 
696 aa  92.4  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 
681 aa  91.3  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.72 
 
 
676 aa  90.5  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  22.72 
 
 
676 aa  90.5  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  24.33 
 
 
698 aa  89.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.85 
 
 
690 aa  89  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.44 
 
 
657 aa  87.8  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.72 
 
 
696 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  22.94 
 
 
697 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  24.88 
 
 
771 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  22.58 
 
 
851 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  27.45 
 
 
668 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  22.74 
 
 
693 aa  82.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.3 
 
 
696 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  22.31 
 
 
851 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  22.22 
 
 
683 aa  81.6  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  23.11 
 
 
712 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.57 
 
 
743 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  28.23 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 
698 aa  75.9  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  23.51 
 
 
723 aa  75.5  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  24.28 
 
 
668 aa  74.7  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  29.86 
 
 
783 aa  74.3  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.78 
 
 
762 aa  72.8  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  22.75 
 
 
693 aa  72.8  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  22.66 
 
 
716 aa  72.4  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  29.02 
 
 
778 aa  71.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.94 
 
 
722 aa  69.3  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  25.65 
 
 
680 aa  67.4  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.83 
 
 
779 aa  67.4  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  22.33 
 
 
659 aa  67  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3784  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 
644 aa  66.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.60396 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  29.91 
 
 
778 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 
654 aa  66.2  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 
687 aa  65.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0847  ferric receptor CfrA  25.1 
 
 
696 aa  65.1  0.000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 
687 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1261  ferric receptor CfrA  25.53 
 
 
702 aa  65.5  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3056  TonB dependent-iron siderophore receptor  24.5 
 
 
644 aa  64.7  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.25 
 
 
862 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 
679 aa  64.3  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  29.05 
 
 
862 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  23.98 
 
 
764 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.35 
 
 
867 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  24.26 
 
 
696 aa  63.2  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.4 
 
 
861 aa  62  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  24.38 
 
 
764 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  22.43 
 
 
655 aa  62.4  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  33.73 
 
 
616 aa  62  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.8 
 
 
759 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  22.41 
 
 
620 aa  60.8  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
634 aa  60.1  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.47 
 
 
859 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  25.21 
 
 
697 aa  59.3  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.38 
 
 
750 aa  59.3  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  21.46 
 
 
739 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  30.12 
 
 
695 aa  59.3  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.56 
 
 
862 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0469  iron-regulated outer membrane virulence protein, TonB receptor CfrA  25.05 
 
 
698 aa  58.9  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.442515  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 
792 aa  58.9  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.05 
 
 
755 aa  58.5  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  23.01 
 
 
720 aa  58.5  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
668 aa  57.8  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  28.16 
 
 
618 aa  57.8  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.73 
 
 
616 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>