More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0240 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0240  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  60.85 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 228 aa  188  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4996  transcriptional regulator, GntR family  48 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0235  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  37.68 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  39.32 
 
 		 243 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3552  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1921  transcriptional regulator, GntR family  40.59 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  35.75 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1435  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 220 aa  90.1  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 238 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 234 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 238 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1549  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 221 aa  88.6  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 238 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 240 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 225 aa  88.6  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 253 aa  88.2  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 256 aa  88.2  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 220 aa  87  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  35.44 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  38.35 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  26.83 
 
 		 229 aa  85.5  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 232 aa  85.9  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 220 aa  85.9  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 255 aa  85.1  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  31.53 
 
 		 231 aa  85.1  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  36.36 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  34.58 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00490  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  36.79 
 
 		 220 aa  81.6  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  31.49 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.06 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>