More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4996 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4996  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 232 aa  471  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 228 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 230 aa  198  7e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0240  GntR family transcriptional regulator  48 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 245 aa  191  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 243 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0235  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 239 aa  109  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3552  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 236 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1921  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 219 aa  92.4  6e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1549  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 256 aa  89.4  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 227 aa  88.6  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 229 aa  88.6  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  33.02 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  32.9 
 
 		 237 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  31.82 
 
 		 237 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 255 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 255 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.38 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  26.7 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  32.05 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00490  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.15 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  26.13 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2161  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.131694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  31.05 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  26.2 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  32.55 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  28.78 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 242 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 216 aa  72  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 230 aa  72  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 222 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>