More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1073 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  534  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  32.84 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  34.44 
 
 		 371 aa  92.4  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  33.17 
 
 		 365 aa  90.5  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  36.73 
 
 		 332 aa  89.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  32.84 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  32.35 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  37.74 
 
 		 298 aa  86.3  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  39.44 
 
 		 554 aa  86.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  35 
 
 		 541 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  32.26 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  39.72 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  32.43 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.74 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  34.21 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 547 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  36.13 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0462  Rhomboid family protein  34.92 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.846794  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  27.17 
 
 		 569 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0479  Rhomboid family protein  33.86 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000451425 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 541 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.95 
 
 		 223 aa  72  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  31.82 
 
 		 523 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  35.71 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  33.55 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  28.74 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  33.55 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  28.74 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  34.87 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  36.77 
 
 		 389 aa  69.3  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  34.87 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  34.87 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  32.47 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  29.13 
 
 		 513 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  33.89 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  31.03 
 
 		 556 aa  67.8  0.0000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  30.85 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2186  rhomboid family protein  32.35 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  30.82 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.78 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  30.54 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  30.35 
 
 		 359 aa  65.5  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  34.21 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  31.25 
 
 		 342 aa  65.5  0.0000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  30.15 
 
 		 511 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  25.45 
 
 		 486 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  36.62 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  35.97 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  35.04 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  31.49 
 
 		 348 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  32.12 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  30.94 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  36.15 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  27.27 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2385  rhomboid-like protein  33.1 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  36.13 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  36.61 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  31.88 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  35.04 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  29.67 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.06 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  28.5 
 
 		 520 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  28.48 
 
 		 396 aa  62.4  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  30.33 
 
 		 360 aa  62  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  30.22 
 
 		 430 aa  62  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  29.83 
 
 		 201 aa  62  0.000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  28.5 
 
 		 520 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.67 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  39.33 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  29.51 
 
 		 525 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.37 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  28.67 
 
 		 528 aa  61.2  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  31.69 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  30 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  27.2 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  28.57 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  27.03 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  41.77 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  30.18 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.47 
 
 		 362 aa  59.3  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  31.75 
 
 		 579 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  30.99 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  30.33 
 
 		 360 aa  58.9  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  29.65 
 
 		 570 aa  58.9  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 487 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1637  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  31.11 
 
 		 669 aa  58.5  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1188  rhomboid family protein  34.45 
 
 		 181 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0257893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  29.21 
 
 		 519 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  36.47 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  32.28 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  37.21 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  32.89 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  38.37 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  39.09 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>