294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1000 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  100 
 
 		 528 aa  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  79.32 
 
 		 520 aa  785    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  79.12 
 
 		 520 aa  782    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  79.66 
 
 		 525 aa  797    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  57.43 
 
 		 541 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  56.34 
 
 		 547 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  56.57 
 
 		 541 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  54.79 
 
 		 523 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  36.55 
 
 		 356 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  39.6 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.41 
 
 		 358 aa  107  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  37.5 
 
 		 569 aa  107  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  31.22 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  35.68 
 
 		 235 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  35.68 
 
 		 235 aa  104  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  34.31 
 
 		 513 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.94 
 
 		 554 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  33.51 
 
 		 389 aa  94.7  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  37.16 
 
 		 327 aa  95.1  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  30.41 
 
 		 376 aa  94.4  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  32.98 
 
 		 348 aa  93.6  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  29.06 
 
 		 487 aa  93.2  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  29.06 
 
 		 487 aa  93.2  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  33.7 
 
 		 486 aa  92.8  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  31.75 
 
 		 342 aa  92.4  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  35.26 
 
 		 223 aa  92.4  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  33.19 
 
 		 360 aa  92  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  36.93 
 
 		 228 aa  90.1  9e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.44 
 
 		 226 aa  88.6  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  31.41 
 
 		 519 aa  89  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 342 aa  89  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  35.87 
 
 		 219 aa  87.8  4e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  36.6 
 
 		 332 aa  87  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  30.3 
 
 		 224 aa  85.9  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  37.01 
 
 		 511 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  37.16 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  33.92 
 
 		 360 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  33.92 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  33.72 
 
 		 489 aa  84  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  36.49 
 
 		 625 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  36.49 
 
 		 625 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  33.67 
 
 		 362 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.49 
 
 		 625 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.41 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  34.46 
 
 		 625 aa  77.4  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  36.02 
 
 		 579 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  30.27 
 
 		 268 aa  76.6  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 283 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.69 
 
 		 396 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  33.56 
 
 		 556 aa  75.9  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  33.93 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  33.5 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  30.65 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3651  Rhomboid family protein  38.15 
 
 		 747 aa  74.7  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.015996 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  33.51 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  31.98 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10929  rhomboid family membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_2G16490)  33.97 
 
 		 503 aa  73.2  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  32.2 
 
 		 292 aa  73.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  36.71 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.02 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  33.98 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  38.58 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3159  Rhomboid family protein  27.04 
 
 		 228 aa  68.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000000555456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  31.43 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  34.59 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  33.8 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  36.23 
 
 		 141 aa  68.2  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  41 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  38.85 
 
 		 279 aa  67  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  28.4 
 
 		 570 aa  67  0.0000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  43.21 
 
 		 279 aa  67  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.56 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  41.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  31.29 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  42.86 
 
 		 515 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  41.76 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  38.21 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  31.98 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  42.55 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  42.55 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2679  Rhomboid family protein  35.23 
 
 		 150 aa  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  30 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.41 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  30.06 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  29.94 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1514  rhomboid family protein  33.17 
 
 		 639 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  31.3 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  29.49 
 
 		 277 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  29.72 
 
 		 289 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  29.72 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  38.04 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  28.57 
 
 		 277 aa  62  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  29.72 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  37.13 
 
 		 303 aa  62  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  29.76 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  39.24 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>