More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3194 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  78.01 
 
 		 528 aa  756    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  98.08 
 
 		 520 aa  1032    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  100 
 
 		 520 aa  1047    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  93.3 
 
 		 525 aa  929    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  56.02 
 
 		 541 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  56.25 
 
 		 541 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  55.62 
 
 		 547 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  54.04 
 
 		 523 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  38.1 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  39.23 
 
 		 371 aa  103  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  33.05 
 
 		 513 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.41 
 
 		 358 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  32.09 
 
 		 365 aa  101  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  35.52 
 
 		 235 aa  100  8e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  35.52 
 
 		 235 aa  100  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  37.19 
 
 		 569 aa  98.6  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  34.11 
 
 		 327 aa  99  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  36.96 
 
 		 554 aa  96.7  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.97 
 
 		 389 aa  91.7  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 519 aa  88.6  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  31.51 
 
 		 332 aa  88.6  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 223 aa  87.4  5e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  33.66 
 
 		 360 aa  87.4  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 342 aa  87.4  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  32.2 
 
 		 486 aa  87  7e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.57 
 
 		 487 aa  87  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.57 
 
 		 487 aa  87  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.94 
 
 		 386 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  33.51 
 
 		 226 aa  85.5  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  33.78 
 
 		 511 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  33.83 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  35.44 
 
 		 348 aa  84.7  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  32.28 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.02 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  38.37 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  38.62 
 
 		 625 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  31.98 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  37.93 
 
 		 625 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  37.93 
 
 		 625 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.93 
 
 		 625 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.51 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  37.35 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.86 
 
 		 625 aa  76.6  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 271 aa  75.5  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  35.29 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1514  rhomboid family protein  34.63 
 
 		 639 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  28.44 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3651  Rhomboid family protein  39.26 
 
 		 747 aa  72  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.015996 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.67 
 
 		 267 aa  71.6  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  32.21 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 303 aa  70.1  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 315 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  34.69 
 
 		 236 aa  69.7  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  34.57 
 
 		 234 aa  69.7  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.32 
 
 		 227 aa  68.9  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  32.63 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 340 aa  67  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  29.95 
 
 		 275 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  35.66 
 
 		 279 aa  66.6  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3705  rhomboid family protein  33.09 
 
 		 364 aa  66.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  37.8 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 248 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  29.08 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  36.23 
 
 		 141 aa  65.5  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.06 
 
 		 224 aa  65.5  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  28.64 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  29.96 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  32.69 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2679  Rhomboid family protein  36.05 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3159  Rhomboid family protein  25.74 
 
 		 228 aa  63.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000000555456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  32.32 
 
 		 207 aa  63.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  30 
 
 		 570 aa  62.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  33.6 
 
 		 172 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  32.04 
 
 		 360 aa  63.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  30.41 
 
 		 291 aa  62.8  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  41.49 
 
 		 198 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  36.22 
 
 		 258 aa  62.4  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  41.11 
 
 		 209 aa  62.4  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  41.49 
 
 		 198 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  27.08 
 
 		 556 aa  61.6  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  32.99 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10929  rhomboid family membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_2G16490)  29.86 
 
 		 503 aa  60.5  0.00000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  35.16 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  40.24 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  33.75 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  43.9 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  39.05 
 
 		 515 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  29.15 
 
 		 277 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  38.82 
 
 		 279 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  35.47 
 
 		 226 aa  59.7  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  40.86 
 
 		 293 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  35.64 
 
 		 274 aa  60.1  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  27.69 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>