138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1188 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1188  rhomboid family protein  100 
 
 		 181 aa  357  7e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0257893  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2385  rhomboid-like protein  79.56 
 
 		 283 aa  271  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  59.52 
 
 		 284 aa  219  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1637  rhomboid family protein  72.56 
 
 		 277 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000280354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0462  Rhomboid family protein  60.34 
 
 		 238 aa  193  9e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.846794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0479  Rhomboid family protein  58.89 
 
 		 254 aa  189  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000451425 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2186  rhomboid family protein  62.07 
 
 		 270 aa  187  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  37.64 
 
 		 386 aa  87.4  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  39.71 
 
 		 389 aa  87  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  37.25 
 
 		 271 aa  86.7  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  36.81 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  35.51 
 
 		 268 aa  80.9  0.000000000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  36.91 
 
 		 358 aa  77.4  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  34.75 
 
 		 283 aa  70.9  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1073  hypothetical protein  33.53 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.44354e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  36.31 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  30 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  34.46 
 
 		 303 aa  67.8  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.9 
 
 		 281 aa  68.2  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  34.46 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  27.03 
 
 		 356 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  29.05 
 
 		 519 aa  65.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  34.72 
 
 		 569 aa  65.1  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  32.03 
 
 		 486 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  31.25 
 
 		 365 aa  63.2  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.23 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  34.87 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  27.4 
 
 		 556 aa  63.2  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  33.99 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  35.1 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  30.95 
 
 		 511 aa  62.4  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  28.47 
 
 		 327 aa  61.6  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  32.41 
 
 		 332 aa  60.8  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.46 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.72 
 
 		 487 aa  58.5  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.72 
 
 		 487 aa  58.5  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  32.39 
 
 		 342 aa  57.8  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  33.1 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  33.8 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  30.92 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  27.52 
 
 		 541 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  27.85 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  27.22 
 
 		 376 aa  55.5  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  35.94 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.03 
 
 		 554 aa  55.1  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  28.12 
 
 		 669 aa  55.1  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  26 
 
 		 236 aa  54.7  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  30.26 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  31.39 
 
 		 360 aa  54.7  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  35.46 
 
 		 306 aa  53.5  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  30.26 
 
 		 223 aa  53.9  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  30.66 
 
 		 360 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  28.67 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  29.46 
 
 		 625 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  28.67 
 
 		 356 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  36.47 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 211 aa  51.6  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  29.79 
 
 		 267 aa  52  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  29.46 
 
 		 625 aa  51.2  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  29.46 
 
 		 625 aa  51.2  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  28.78 
 
 		 280 aa  51.6  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  31.3 
 
 		 360 aa  51.2  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  31.65 
 
 		 292 aa  51.2  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  31.94 
 
 		 315 aa  50.8  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  30.58 
 
 		 209 aa  50.8  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.46 
 
 		 625 aa  51.2  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  37.65 
 
 		 306 aa  50.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  36.56 
 
 		 172 aa  49.7  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  28.03 
 
 		 284 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  36.05 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 292 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  27.46 
 
 		 224 aa  49.3  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  29.67 
 
 		 292 aa  48.9  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  36.05 
 
 		 172 aa  48.9  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  28.95 
 
 		 248 aa  48.9  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  42.62 
 
 		 291 aa  48.9  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  32.19 
 
 		 198 aa  48.5  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03630  conserved hypothetical protein  30.07 
 
 		 422 aa  48.1  0.00006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  28.1 
 
 		 197 aa  48.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  40 
 
 		 198 aa  48.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  30.5 
 
 		 235 aa  47.8  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  30.5 
 
 		 235 aa  47.8  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  37.8 
 
 		 303 aa  47.8  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  32.39 
 
 		 287 aa  47.4  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  27.91 
 
 		 541 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  29.32 
 
 		 279 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  27.91 
 
 		 547 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  25.17 
 
 		 396 aa  47.4  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  29.8 
 
 		 286 aa  46.2  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  32.61 
 
 		 293 aa  45.8  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  30.29 
 
 		 290 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  33.11 
 
 		 228 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1083  rhomboid family protein  34.88 
 
 		 172 aa  45.4  0.0004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.400512  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  30.83 
 
 		 298 aa  45.4  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  26.87 
 
 		 523 aa  45.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  30.43 
 
 		 176 aa  45.4  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>