290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0732 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  100 
 
 		 176 aa  342  2e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1083  rhomboid family protein  63.48 
 
 		 172 aa  216  2e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.400512  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  62.92 
 
 		 172 aa  215  2e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  62.92 
 
 		 172 aa  216  2e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  57.06 
 
 		 184 aa  177  8e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  52.3 
 
 		 172 aa  172  2.9999999999999996e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0917  rhomboid family protein  57.66 
 
 		 177 aa  154  8e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1263  peptidase E  42.94 
 
 		 191 aa  129  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  34.08 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  35.95 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 342 aa  72  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  34.42 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  31.94 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  33.33 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 396 aa  68.2  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.73 
 
 		 252 aa  68.2  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  38.03 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  30.92 
 
 		 224 aa  67.8  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  35.67 
 
 		 486 aa  66.2  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  31.54 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  30.15 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  36.81 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  34.16 
 
 		 237 aa  65.1  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  32.28 
 
 		 625 aa  64.7  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  32.28 
 
 		 625 aa  64.7  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  36.3 
 
 		 487 aa  64.7  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  36.3 
 
 		 487 aa  64.7  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.28 
 
 		 625 aa  64.7  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  33.07 
 
 		 625 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  28.86 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  34.03 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  36 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  31.79 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  28.8 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  30.61 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  28.26 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  27.08 
 
 		 243 aa  62  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 248 aa  62  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  38.24 
 
 		 251 aa  62  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 231 aa  62  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  30.56 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  32.17 
 
 		 569 aa  61.6  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  37.6 
 
 		 246 aa  61.6  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  32.03 
 
 		 205 aa  61.2  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  35.61 
 
 		 234 aa  60.8  0.000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  34.01 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  41.46 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  29.26 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  33.11 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  32.28 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  29.93 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  29.58 
 
 		 554 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  31.08 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30.38 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  27.88 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  31.82 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  39.29 
 
 		 444 aa  59.3  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  37.89 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  31.65 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  32.17 
 
 		 519 aa  58.9  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  27.78 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  37.3 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  34.84 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.64 
 
 		 362 aa  58.5  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  28.97 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 249 aa  58.2  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  27.75 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  30.66 
 
 		 248 aa  57.8  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  30.14 
 
 		 221 aa  57.8  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.89 
 
 		 360 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.89 
 
 		 360 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  37.3 
 
 		 246 aa  57.8  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  42.05 
 
 		 263 aa  57  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  31.5 
 
 		 625 aa  57.4  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  31.47 
 
 		 249 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  30.92 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  29.73 
 
 		 228 aa  57  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  34.97 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  32.78 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  33.59 
 
 		 523 aa  56.6  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  33.55 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  33.1 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  30.1 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.24 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1218  rhomboid family protein  27.72 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  40.66 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1256  rhomboid family protein  27.72 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391814  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  33.59 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  30.59 
 
 		 290 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 279 aa  54.7  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  34.92 
 
 		 541 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  38.38 
 
 		 273 aa  54.7  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  42.86 
 
 		 541 aa  54.7  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  32.68 
 
 		 246 aa  54.3  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  28.97 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  29.52 
 
 		 240 aa  54.3  0.0000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>