136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_48028 on replicon NC_011683
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011683  PHATRDRAFT_48028  predicted protein  100 
 
 		 522 aa  1085    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  43.97 
 
 		 141 aa  98.2  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  29.9 
 
 		 669 aa  87.4  5e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  33.77 
 
 		 386 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  30.77 
 
 		 569 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  31.07 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  25.74 
 
 		 570 aa  79  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  28.06 
 
 		 513 aa  77.4  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  28.43 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  28.1 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  28.65 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  26.59 
 
 		 579 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  27.67 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.04 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  29.95 
 
 		 554 aa  69.3  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  27.04 
 
 		 342 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  35.66 
 
 		 523 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  23.11 
 
 		 556 aa  67.4  0.0000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  26.45 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  26.29 
 
 		 261 aa  66.2  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  25.79 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  30.87 
 
 		 267 aa  65.5  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  35.71 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  21.98 
 
 		 486 aa  64.7  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  24.85 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  24.85 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  28.86 
 
 		 541 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  26.6 
 
 		 327 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  24.76 
 
 		 236 aa  62  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  28.9 
 
 		 253 aa  62  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  32.19 
 
 		 625 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  32.19 
 
 		 625 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  32.19 
 
 		 625 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.19 
 
 		 625 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  32.88 
 
 		 625 aa  62  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  25.93 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  31.63 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  34.27 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  25.71 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF03630  conserved hypothetical protein  27.34 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 360 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  26.67 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  27.5 
 
 		 275 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.95 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  30.13 
 
 		 198 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  24.38 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  30.13 
 
 		 198 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  29.71 
 
 		 515 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  27.92 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  24.38 
 
 		 519 aa  57  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  29.17 
 
 		 230 aa  56.6  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  26.95 
 
 		 235 aa  56.2  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  26.95 
 
 		 235 aa  56.2  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  24.31 
 
 		 281 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  26.44 
 
 		 284 aa  55.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  25.38 
 
 		 226 aa  55.1  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  29.08 
 
 		 302 aa  54.7  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  31.03 
 
 		 303 aa  54.7  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 547 aa  54.3  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  31.96 
 
 		 186 aa  54.3  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  27.14 
 
 		 224 aa  53.9  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  26.47 
 
 		 226 aa  54.3  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 541 aa  54.3  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  32.33 
 
 		 303 aa  54.3  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 528 aa  53.9  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  26.56 
 
 		 190 aa  53.9  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  26.56 
 
 		 190 aa  53.9  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  26.56 
 
 		 190 aa  53.9  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  26.56 
 
 		 190 aa  53.9  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 381 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  30.77 
 
 		 293 aa  53.5  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  26.56 
 
 		 190 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  33.1 
 
 		 315 aa  53.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  26.35 
 
 		 287 aa  52.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  25.87 
 
 		 284 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  25.32 
 
 		 396 aa  53.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  30.21 
 
 		 190 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  29.73 
 
 		 291 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  36.05 
 
 		 292 aa  52.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  34 
 
 		 520 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  34.41 
 
 		 525 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5280  hypothetical protein  28.15 
 
 		 372 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.274903  normal  0.237691 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  28.06 
 
 		 271 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  30.53 
 
 		 190 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  32.32 
 
 		 298 aa  51.6  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  33.98 
 
 		 520 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  26.56 
 
 		 489 aa  51.2  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  22.47 
 
 		 511 aa  51.2  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  28.42 
 
 		 182 aa  51.2  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  24.79 
 
 		 306 aa  50.8  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  36.56 
 
 		 224 aa  50.4  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  25.84 
 
 		 291 aa  50.4  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 430 aa  49.7  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  23.08 
 
 		 223 aa  49.7  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  40 
 
 		 220 aa  49.7  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  38.75 
 
 		 220 aa  49.3  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  36.62 
 
 		 336 aa  48.9  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>