221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5280 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5280  hypothetical protein  100 
 
 
372 aa  741    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.274903  normal  0.237691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32.42 
 
 
579 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  25.93 
 
 
519 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  31.98 
 
 
486 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  35.52 
 
 
554 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2805  hypothetical protein  26.58 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.404247  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  29.95 
 
 
487 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  29.95 
 
 
487 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  30.58 
 
 
289 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  30.58 
 
 
289 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  30.58 
 
 
289 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  32.67 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  27.76 
 
 
356 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31 
 
 
303 aa  69.3  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  30.32 
 
 
430 aa  67  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  32.93 
 
 
342 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  27.46 
 
 
228 aa  67  0.0000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  36.99 
 
 
569 aa  66.6  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  32.32 
 
 
342 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  33.1 
 
 
389 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  32.64 
 
 
327 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  33.97 
 
 
287 aa  65.5  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  34.44 
 
 
541 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  36.36 
 
 
511 aa  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  32.92 
 
 
223 aa  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  25.64 
 
 
365 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  33.55 
 
 
236 aa  64.7  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  32.24 
 
 
286 aa  64.3  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  33.18 
 
 
284 aa  64.3  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0235  rhomboid family protein  29.8 
 
 
186 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  31.34 
 
 
315 aa  63.5  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  35.14 
 
 
290 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  34.59 
 
 
279 aa  63.2  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  34.03 
 
 
303 aa  63.2  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  30.49 
 
 
291 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.77 
 
 
226 aa  62.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  34.88 
 
 
523 aa  62.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  34.67 
 
 
371 aa  61.6  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  33.33 
 
 
302 aa  62  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  27.59 
 
 
396 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  33.78 
 
 
358 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  32.77 
 
 
235 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  32.77 
 
 
235 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  31.45 
 
 
286 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.14 
 
 
303 aa  60.8  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  32.02 
 
 
381 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  32.26 
 
 
219 aa  59.7  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  34.78 
 
 
254 aa  59.7  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  28.99 
 
 
275 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  31.88 
 
 
230 aa  59.3  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.15 
 
 
386 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  35.29 
 
 
306 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.58 
 
 
228 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  30.85 
 
 
298 aa  58.5  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  33.16 
 
 
356 aa  58.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  30.92 
 
 
515 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.06 
 
 
291 aa  58.5  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  31.52 
 
 
182 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  36.64 
 
 
541 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  35.22 
 
 
283 aa  57.4  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  36.64 
 
 
547 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.54 
 
 
279 aa  57  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  36.09 
 
 
281 aa  57  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  32.94 
 
 
268 aa  57  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  33.33 
 
 
669 aa  57  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  31.52 
 
 
190 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  31.52 
 
 
190 aa  56.6  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  31.52 
 
 
190 aa  56.6  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  31.52 
 
 
190 aa  56.6  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  30.6 
 
 
528 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  28.37 
 
 
293 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  32.23 
 
 
246 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  32.61 
 
 
229 aa  55.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  32.2 
 
 
252 aa  54.7  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  29.73 
 
 
359 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  31.36 
 
 
306 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  34.94 
 
 
190 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.86 
 
 
239 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  35.35 
 
 
224 aa  54.3  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  32.23 
 
 
332 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  35.58 
 
 
489 aa  54.3  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  33.73 
 
 
190 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  30.43 
 
 
190 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  28.83 
 
 
513 aa  53.9  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  26.27 
 
 
222 aa  53.9  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  29.3 
 
 
292 aa  53.5  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  35.97 
 
 
200 aa  53.5  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  32.03 
 
 
324 aa  53.1  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  28.04 
 
 
218 aa  53.1  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  28.63 
 
 
248 aa  53.1  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  30.37 
 
 
286 aa  52.8  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  35.92 
 
 
259 aa  52.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  30.73 
 
 
238 aa  52.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  33.57 
 
 
313 aa  52.4  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  31.54 
 
 
292 aa  52.8  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  30.95 
 
 
234 aa  52.4  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  30.72 
 
 
271 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  30.51 
 
 
496 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  31.01 
 
 
520 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  29.46 
 
 
525 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>