More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2565 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
390 aa  775    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  88.42 
 
 
395 aa  642    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  77.92 
 
 
385 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  77.57 
 
 
385 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  79.89 
 
 
388 aa  554  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  75.81 
 
 
386 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  74.66 
 
 
382 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  53.89 
 
 
392 aa  343  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  53.42 
 
 
379 aa  340  4e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.57 
 
 
371 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.01 
 
 
379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.84 
 
 
378 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.33 
 
 
387 aa  276  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.92 
 
 
392 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.53 
 
 
387 aa  271  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.53 
 
 
387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.84 
 
 
380 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.88 
 
 
376 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.31 
 
 
376 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.31 
 
 
376 aa  224  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.4 
 
 
373 aa  222  9e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.58 
 
 
377 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.11 
 
 
372 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.05 
 
 
373 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.14 
 
 
373 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.17 
 
 
380 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.96 
 
 
365 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.43 
 
 
360 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.09 
 
 
363 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.6 
 
 
369 aa  132  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.51 
 
 
360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.08 
 
 
517 aa  125  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
368 aa  123  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  30.35 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  31.13 
 
 
484 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  30.03 
 
 
466 aa  113  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  31.9 
 
 
479 aa  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  24.72 
 
 
418 aa  97.1  5e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  26.59 
 
 
418 aa  94.7  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  28.29 
 
 
431 aa  94.4  3e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  28.13 
 
 
418 aa  94  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  25.92 
 
 
421 aa  93.2  8e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  28.46 
 
 
427 aa  92.4  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  26.4 
 
 
417 aa  91.3  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  27.17 
 
 
409 aa  90.5  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.4 
 
 
418 aa  90.1  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  27.88 
 
 
448 aa  89.4  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  29.82 
 
 
449 aa  89.4  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  27.3 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  26.91 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  25.08 
 
 
426 aa  88.2  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  26.94 
 
 
439 aa  87.8  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  27.36 
 
 
418 aa  87.4  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  29.97 
 
 
436 aa  87  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  27.61 
 
 
430 aa  87  5e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  25.2 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  23.9 
 
 
409 aa  85.5  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  27.22 
 
 
421 aa  85.5  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  32.67 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  25.89 
 
 
370 aa  83.2  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2280  histidyl-tRNA synthetase  25.77 
 
 
419 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  unclonable  0.000000000414505 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  27.3 
 
 
409 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.2 
 
 
420 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  28.07 
 
 
454 aa  80.5  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  27.12 
 
 
538 aa  79.3  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  29.29 
 
 
457 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.94 
 
 
420 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  27.99 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.28 
 
 
420 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.76 
 
 
438 aa  77  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.07 
 
 
420 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.02 
 
 
420 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.44 
 
 
420 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.02 
 
 
420 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  23.16 
 
 
536 aa  75.9  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2219  histidyl-tRNA synthetase  28.29 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.911192  normal  0.722289 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  35.61 
 
 
419 aa  75.5  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl366  histidyl-tRNA synthetase  24.78 
 
 
457 aa  75.5  0.000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113949  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 
408 aa  74.7  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.56 
 
 
434 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  30.05 
 
 
439 aa  72.8  0.000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  25.49 
 
 
412 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  34.01 
 
 
377 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  28.82 
 
 
434 aa  72.8  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  33.76 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1453  histidyl-tRNA synthetase  30.11 
 
 
421 aa  71.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0598  histidyl-tRNA synthetase  27.6 
 
 
506 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.569659 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  30.18 
 
 
418 aa  70.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.22 
 
 
420 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2108  histidyl-tRNA synthetase  33.1 
 
 
426 aa  70.5  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0236  histidyl-tRNA synthetase  25.45 
 
 
427 aa  70.1  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1585  histidyl-tRNA synthetase  33.57 
 
 
410 aa  70.1  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.76 
 
 
438 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4250  histidyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 
423 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000611517  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.27 
 
 
445 aa  69.7  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0713  histidyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 
423 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00404453  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4486  histidyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 
423 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.451544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.22 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4146  histidyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 
423 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0483726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4633  histidyl-tRNA synthetase  29.9 
 
 
423 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>