179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3952 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
360 aa  691    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  91.67 
 
 
365 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  57.89 
 
 
363 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  61.06 
 
 
368 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  57.06 
 
 
369 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  56.16 
 
 
360 aa  346  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.59 
 
 
385 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.15 
 
 
390 aa  143  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.24 
 
 
385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.33 
 
 
392 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.94 
 
 
395 aa  133  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.98 
 
 
388 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.36 
 
 
382 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.71 
 
 
379 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.36 
 
 
379 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.67 
 
 
380 aa  123  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.64 
 
 
378 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.14 
 
 
371 aa  122  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.52 
 
 
392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.57 
 
 
376 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.61 
 
 
386 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.65 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.65 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.96 
 
 
387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.71 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.58 
 
 
387 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.8 
 
 
387 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.19 
 
 
373 aa  105  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.08 
 
 
372 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.48 
 
 
377 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.97 
 
 
373 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.16 
 
 
373 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  29.67 
 
 
484 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  27.7 
 
 
466 aa  86.3  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  29.26 
 
 
484 aa  80.9  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.78 
 
 
517 aa  74.3  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  24.76 
 
 
418 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  29.61 
 
 
479 aa  69.7  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  24.34 
 
 
444 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  25.24 
 
 
418 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.24 
 
 
394 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  26.75 
 
 
426 aa  64.3  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  24.44 
 
 
418 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  25.85 
 
 
448 aa  63.9  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  27.37 
 
 
431 aa  63.9  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  24.13 
 
 
418 aa  63.2  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  23.82 
 
 
418 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  28.41 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  22.86 
 
 
418 aa  58.9  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  29.26 
 
 
401 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  27.94 
 
 
417 aa  58.5  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  25.15 
 
 
439 aa  57.8  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  25.78 
 
 
430 aa  57.4  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.8 
 
 
418 aa  57  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  26.84 
 
 
409 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  28.68 
 
 
419 aa  55.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  28.89 
 
 
421 aa  55.5  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  26.21 
 
 
538 aa  55.8  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  23.71 
 
 
421 aa  54.7  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  25.98 
 
 
470 aa  53.9  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  25.71 
 
 
427 aa  53.9  0.000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.33 
 
 
420 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.33 
 
 
392 aa  52.8  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1510  histidyl-tRNA synthetase  30.54 
 
 
426 aa  53.1  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.707902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1619  histidyl-tRNA synthetase  24.62 
 
 
419 aa  52.8  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000977083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.02 
 
 
395 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  28.25 
 
 
554 aa  52.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  22.09 
 
 
456 aa  51.6  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2445  histidyl-tRNA synthetase  30.54 
 
 
414 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.228667  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.9 
 
 
318 aa  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
410 aa  51.6  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2313  histidyl-tRNA synthetase  33.09 
 
 
415 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.335262 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  51.2  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0393  histidyl-tRNA synthetase  25.46 
 
 
429 aa  50.8  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  24.53 
 
 
423 aa  50.8  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4483  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6071e-17 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0886  histidyl-tRNA synthetase 2  27.21 
 
 
404 aa  50.8  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.151754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4486  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.451544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4298  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.408041  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4136  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4146  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0483726  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2357  histidyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 
414 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4633  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4414  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.47 
 
 
395 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4250  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000611517  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4523  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.845471  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0713  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00404453  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4536  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
423 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000118978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.38 
 
 
395 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  23.86 
 
 
380 aa  50.1  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  50.1  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  50.1  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.2 
 
 
420 aa  50.1  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2602  histidyl-tRNA synthetase  22.78 
 
 
462 aa  49.7  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2054  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
430 aa  49.7  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.526684  normal  0.664001 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1585  histidyl-tRNA synthetase  31.53 
 
 
410 aa  49.3  0.00009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  28.97 
 
 
423 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000231867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>