More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1846 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
385 aa  761    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  91.95 
 
 
385 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  85.9 
 
 
382 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  82.43 
 
 
388 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  77.57 
 
 
390 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  80.32 
 
 
395 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  77.99 
 
 
386 aa  566  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  54.75 
 
 
392 aa  348  7e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  53.69 
 
 
379 aa  336  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.55 
 
 
371 aa  325  6e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.68 
 
 
378 aa  288  8e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.77 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  42.89 
 
 
379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.78 
 
 
392 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.6 
 
 
387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.86 
 
 
387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.9 
 
 
380 aa  272  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.58 
 
 
376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.58 
 
 
376 aa  233  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.39 
 
 
373 aa  233  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.95 
 
 
376 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.98 
 
 
377 aa  226  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.06 
 
 
372 aa  205  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.28 
 
 
373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.28 
 
 
373 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.67 
 
 
380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.38 
 
 
363 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34 
 
 
365 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.17 
 
 
360 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.43 
 
 
360 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.38 
 
 
369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  30.66 
 
 
484 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  30.4 
 
 
466 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.79 
 
 
517 aa  110  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  29.81 
 
 
484 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  29.65 
 
 
431 aa  95.9  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  29.21 
 
 
479 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  28.61 
 
 
538 aa  89.7  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  27.45 
 
 
419 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.42 
 
 
418 aa  86.3  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  27.13 
 
 
418 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  24.39 
 
 
418 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  25.79 
 
 
409 aa  84  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  27 
 
 
370 aa  82.8  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  25.07 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  27.19 
 
 
383 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  23.62 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  26.22 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  24.85 
 
 
418 aa  80.1  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  28.48 
 
 
389 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  29.46 
 
 
449 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  24.93 
 
 
417 aa  79.3  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  25.91 
 
 
418 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  26.69 
 
 
427 aa  77.8  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.38 
 
 
445 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  24.62 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  23.27 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  23.64 
 
 
419 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  31.68 
 
 
419 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  26.65 
 
 
401 aa  73.9  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.22 
 
 
438 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  24.73 
 
 
448 aa  73.2  0.000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2505  histidine--tRNA ligase  36.97 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000404758 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_16944  predicted protein  25.56 
 
 
438 aa  73.2  0.000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.994947  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.74 
 
 
420 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.19 
 
 
420 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0985  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.67 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0965259  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.19 
 
 
420 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.19 
 
 
420 aa  72  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  24.36 
 
 
421 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1804  histidyl-tRNA synthetase  22.4 
 
 
421 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000951278  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  21.94 
 
 
420 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  21.94 
 
 
420 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.73 
 
 
420 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  24.04 
 
 
456 aa  70.1  0.00000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.8 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.24 
 
 
420 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  32.05 
 
 
410 aa  69.3  0.00000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  21.29 
 
 
442 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  21.74 
 
 
536 aa  68.9  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  27.93 
 
 
387 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.12 
 
 
429 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  26.14 
 
 
436 aa  68.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  24.72 
 
 
439 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  24.2 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2655  histidyl-tRNA synthetase  25.86 
 
 
437 aa  67  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234034  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  30.43 
 
 
393 aa  67  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0944  histidyl-tRNA synthetase  24.79 
 
 
426 aa  67  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.55 
 
 
438 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0905  histidyl-tRNA synthetase  34.07 
 
 
420 aa  66.6  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.3 
 
 
440 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  31.13 
 
 
421 aa  66.2  0.0000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.91 
 
 
434 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  26.83 
 
 
439 aa  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2765  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  26.23 
 
 
393 aa  66.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.466804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  35.57 
 
 
346 aa  65.1  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  27.98 
 
 
432 aa  65.5  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  25.57 
 
 
409 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  28.39 
 
 
430 aa  64.3  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>