More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5795 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
372 aa  733    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  71.97 
 
 
373 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  72.51 
 
 
373 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  67.73 
 
 
377 aa  488  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  56.04 
 
 
373 aa  392  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  54.04 
 
 
376 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  54.04 
 
 
376 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  53.85 
 
 
376 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  41.71 
 
 
382 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.89 
 
 
385 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.06 
 
 
385 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.39 
 
 
392 aa  209  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.34 
 
 
395 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.11 
 
 
390 aa  207  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.17 
 
 
378 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.16 
 
 
386 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.84 
 
 
388 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.7 
 
 
379 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.84 
 
 
392 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  35.95 
 
 
379 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.06 
 
 
387 aa  190  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.31 
 
 
380 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.19 
 
 
387 aa  182  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.91 
 
 
387 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  34.56 
 
 
371 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.24 
 
 
369 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.2 
 
 
380 aa  124  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.44 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.66 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.37 
 
 
368 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  31.27 
 
 
484 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.62 
 
 
360 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.14 
 
 
363 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.7 
 
 
517 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  29.89 
 
 
479 aa  92.8  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  28.93 
 
 
466 aa  92.4  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  30 
 
 
484 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  25.28 
 
 
426 aa  89.4  9e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  26.54 
 
 
418 aa  89  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  26.52 
 
 
421 aa  84  0.000000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  26.4 
 
 
427 aa  82  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  26.58 
 
 
418 aa  80.9  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25.21 
 
 
418 aa  80.9  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  26.55 
 
 
421 aa  80.1  0.00000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  26.4 
 
 
417 aa  80.1  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  26.3 
 
 
418 aa  79.3  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  27.64 
 
 
419 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  24.71 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  26.32 
 
 
419 aa  67  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1363  histidyl-tRNA synthetase  22.86 
 
 
428 aa  65.5  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000622801  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.51 
 
 
420 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.19 
 
 
418 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  21.64 
 
 
536 aa  64.7  0.000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.31 
 
 
420 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  63.9  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.82 
 
 
420 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00046  histidyl-tRNA synthetase, mitochondrial precursor (AFU_orthologue; AFUA_4G12920)  22.66 
 
 
549 aa  62.8  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.361819  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.23 
 
 
420 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0846  histidyl-tRNA synthetase, putative  27.44 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  25.14 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1502  Histidine--tRNA ligase  20.85 
 
 
415 aa  62  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  25.08 
 
 
370 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  24 
 
 
409 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  23.25 
 
 
444 aa  60.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  32.48 
 
 
383 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1300  histidyl-tRNA synthetase  26.46 
 
 
425 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_750  histidyl-tRNA synthetase  27.13 
 
 
412 aa  60.1  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.878399  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  29.83 
 
 
410 aa  60.1  0.00000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3311  histidyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 
425 aa  59.7  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.31 
 
 
418 aa  60.1  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1229  histidyl-tRNA synthetase  26.46 
 
 
425 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.322745  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1453  histidyl-tRNA synthetase  34.19 
 
 
421 aa  58.9  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0744  histidyl-tRNA synthetase  36.04 
 
 
419 aa  59.3  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.100604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1041  histidyl-tRNA synthetase  24.52 
 
 
419 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000286548  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3147  histidyl-tRNA synthetase  26.43 
 
 
426 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00958807 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1230  histidyl-tRNA synthetase  26.59 
 
 
425 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1374  histidyl-tRNA synthetase  26.43 
 
 
426 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0595731  normal  0.400844 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2651  histidyl-tRNA synthetase  26.16 
 
 
425 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2989  histidyl-tRNA synthetase  26.43 
 
 
426 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.212301  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3004  histidyl-tRNA synthetase  26.43 
 
 
426 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0149184  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  27.84 
 
 
387 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1369  histidyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 
509 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0999423  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3234  histidyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 
543 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0011  histidyl-tRNA synthetase  24.59 
 
 
417 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3154  histidyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 
526 aa  58.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.447073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  29.21 
 
 
380 aa  57.8  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2655  histidyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 
437 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234034  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  26.81 
 
 
412 aa  57.4  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1726  histidyl-tRNA synthetase  31.53 
 
 
420 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2716  histidyl-tRNA synthetase  24.18 
 
 
424 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0054  histidyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 
415 aa  57  0.0000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2890  histidyl-tRNA synthetase  24.18 
 
 
424 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.112536  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0599  histidyl-tRNA synthetase  25.57 
 
 
492 aa  56.6  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0139702 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.84 
 
 
434 aa  56.6  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0006  histidyl-tRNA synthetase  33.87 
 
 
418 aa  55.8  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>