190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0504 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
363 aa  716    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  58.74 
 
 
360 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  59.83 
 
 
368 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  57.88 
 
 
365 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  53.7 
 
 
369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  52.29 
 
 
360 aa  315  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.72 
 
 
385 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.38 
 
 
385 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.89 
 
 
392 aa  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.25 
 
 
395 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.6 
 
 
386 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.09 
 
 
390 aa  136  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.81 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.96 
 
 
380 aa  133  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.61 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.73 
 
 
376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.62 
 
 
392 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  30.77 
 
 
371 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.31 
 
 
387 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.08 
 
 
388 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.48 
 
 
380 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30 
 
 
376 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30 
 
 
376 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  30.36 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.68 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.4 
 
 
387 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.62 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.73 
 
 
373 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.75 
 
 
373 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.64 
 
 
377 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.92 
 
 
372 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  28.57 
 
 
466 aa  87.8  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  24.65 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  29.71 
 
 
484 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  26.86 
 
 
479 aa  73.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  27.75 
 
 
484 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  24.72 
 
 
418 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  24.29 
 
 
418 aa  69.7  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.1 
 
 
517 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
418 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
448 aa  66.6  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  25.08 
 
 
419 aa  62.4  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.33 
 
 
418 aa  62  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  26.17 
 
 
410 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  23.93 
 
 
418 aa  60.1  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  24.23 
 
 
427 aa  59.7  0.00000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  22.25 
 
 
456 aa  58.5  0.0000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  27.69 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0606  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.57 
 
 
321 aa  57.4  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.400178 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0675  tRNA synthetase class II (G H P and S)  25.38 
 
 
387 aa  57.4  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.3 
 
 
438 aa  57  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.97 
 
 
394 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.02 
 
 
418 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.91 
 
 
434 aa  56.6  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.92 
 
 
392 aa  56.6  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  25.8 
 
 
430 aa  55.8  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  26.89 
 
 
383 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 
409 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.55 
 
 
318 aa  54.7  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  22.67 
 
 
409 aa  53.9  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2077  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.05 
 
 
383 aa  53.9  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0442  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.73 
 
 
393 aa  53.5  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.03 
 
 
429 aa  53.1  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.09 
 
 
428 aa  53.1  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  24.16 
 
 
377 aa  52.8  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  31.71 
 
 
401 aa  52.8  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1826  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.06 
 
 
382 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.551052 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6277  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.06 
 
 
382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1802  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.06 
 
 
382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.45 
 
 
420 aa  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  30 
 
 
408 aa  51.6  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  25.57 
 
 
470 aa  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2662  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  31.17 
 
 
394 aa  51.2  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  23.3 
 
 
387 aa  51.2  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1605  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.55 
 
 
383 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344405  normal  0.350031 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2531  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.55 
 
 
383 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.020462  hitchhiker  0.00000966794 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0811  histidine--tRNA ligase  22.78 
 
 
422 aa  50.4  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000276292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1281  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.58 
 
 
393 aa  50.4  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.679748  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.56 
 
 
438 aa  50.1  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.13 
 
 
420 aa  50.1  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.07 
 
 
401 aa  50.1  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0236  histidyl-tRNA synthetase  21.97 
 
 
427 aa  50.1  0.00006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  26.02 
 
 
409 aa  50.1  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.89 
 
 
420 aa  49.7  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00046  histidyl-tRNA synthetase, mitochondrial precursor (AFU_orthologue; AFUA_4G12920)  21.48 
 
 
549 aa  49.7  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.361819  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2108  histidyl-tRNA synthetase  26.87 
 
 
426 aa  49.7  0.00008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.13 
 
 
420 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3590  histidyl-tRNA synthetase  26.39 
 
 
400 aa  49.7  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1472  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.61 
 
 
382 aa  49.7  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.573457  normal  0.256348 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.77 
 
 
420 aa  49.3  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.77 
 
 
420 aa  49.3  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  23.25 
 
 
420 aa  49.7  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4486  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.451544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4298  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.408041  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4136  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5103  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.77 
 
 
382 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.480937  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  27.92 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4250  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000611517  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4536  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
423 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000118978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>