More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2359 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  100 
 
 
401 aa  815    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  51.91 
 
 
389 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  40.1 
 
 
383 aa  277  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.42 
 
 
418 aa  276  3e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.57 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  38.52 
 
 
380 aa  271  1e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  35.37 
 
 
418 aa  266  5e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  34.43 
 
 
419 aa  258  1e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.61 
 
 
438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  40.22 
 
 
387 aa  249  7e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.04 
 
 
434 aa  247  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.22 
 
 
440 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0553  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.22 
 
 
440 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264933  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.81 
 
 
445 aa  242  7.999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.23 
 
 
428 aa  242  9e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.22 
 
 
438 aa  239  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.29 
 
 
394 aa  237  3e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.16 
 
 
392 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  33.93 
 
 
409 aa  226  7e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.6 
 
 
429 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.13 
 
 
413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2787  histidine--tRNA ligase  33.7 
 
 
418 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.72 
 
 
420 aa  208  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.99 
 
 
420 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  36.34 
 
 
431 aa  208  2e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.72 
 
 
420 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.99 
 
 
420 aa  206  5e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.72 
 
 
420 aa  206  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.99 
 
 
420 aa  206  5e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.62 
 
 
420 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.71 
 
 
420 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.62 
 
 
420 aa  202  6e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  32.06 
 
 
418 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.62 
 
 
420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  39.37 
 
 
346 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  32.03 
 
 
418 aa  199  7e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  32.55 
 
 
418 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  35.33 
 
 
377 aa  189  7e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  29.82 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  32.86 
 
 
470 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  32.8 
 
 
421 aa  184  3e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  33.6 
 
 
421 aa  184  3e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  30.73 
 
 
418 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 
409 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  32.45 
 
 
417 aa  182  1e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.09 
 
 
393 aa  179  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  31.94 
 
 
427 aa  177  4e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.03 
 
 
395 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  32.44 
 
 
430 aa  175  9.999999999999999e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  34.03 
 
 
395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  32.27 
 
 
419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  34.33 
 
 
409 aa  171  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.99 
 
 
392 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  30.39 
 
 
426 aa  171  2e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.2 
 
 
395 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3900  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.93 
 
 
401 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.01 
 
 
395 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0985  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.24 
 
 
404 aa  170  5e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0965259  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07590  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.32 
 
 
395 aa  169  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.13 
 
 
395 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.67 
 
 
395 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65250  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.46 
 
 
394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5668  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.94 
 
 
394 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0863885  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0592  histidyl-tRNA synthetase  31.88 
 
 
421 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000556243  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  33.12 
 
 
538 aa  165  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.13 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  33.42 
 
 
454 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  35.57 
 
 
368 aa  165  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.13 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  33.06 
 
 
457 aa  163  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
554 aa  162  9e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  32.96 
 
 
410 aa  161  2e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  30.65 
 
 
439 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.76 
 
 
401 aa  160  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  34.69 
 
 
449 aa  159  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2662  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  32.97 
 
 
394 aa  159  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1354  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.89 
 
 
407 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  30.15 
 
 
434 aa  157  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1384  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.89 
 
 
407 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0886  histidyl-tRNA synthetase 2  32.55 
 
 
404 aa  154  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.151754  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1674  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
429 aa  155  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  31.16 
 
 
410 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  30.03 
 
 
436 aa  154  4e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0509  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.02 
 
 
408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  30.68 
 
 
432 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  31.45 
 
 
448 aa  152  7e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  30.09 
 
 
466 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  30.51 
 
 
423 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  29.66 
 
 
434 aa  150  4e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0747  Histidine--tRNA ligase  33.33 
 
 
386 aa  149  6e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000807665  hitchhiker  0.00573832 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  34.04 
 
 
439 aa  149  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  31.21 
 
 
484 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1332  histidyl-tRNA synthetase  30.77 
 
 
417 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1281  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.9 
 
 
393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.679748  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1804  histidyl-tRNA synthetase  28.16 
 
 
421 aa  147  3e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000951278  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  30.26 
 
 
423 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000231867  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  28.94 
 
 
420 aa  147  3e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  31.59 
 
 
387 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1264  histidyl-tRNA synthetase  34.47 
 
 
349 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0508371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>