More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1341 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  85.9 
 
 
385 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
382 aa  755    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  86.17 
 
 
385 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  82.35 
 
 
388 aa  567  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  77.9 
 
 
386 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  76.33 
 
 
395 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  73.02 
 
 
390 aa  546  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  53.87 
 
 
379 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  54.19 
 
 
392 aa  342  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.56 
 
 
371 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.59 
 
 
387 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.07 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  46.17 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.68 
 
 
378 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.07 
 
 
387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.3 
 
 
379 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  45.29 
 
 
380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.82 
 
 
376 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.82 
 
 
376 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.23 
 
 
376 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.06 
 
 
373 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.73 
 
 
377 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  41.71 
 
 
372 aa  223  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.99 
 
 
373 aa  212  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.99 
 
 
373 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.72 
 
 
380 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.88 
 
 
363 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.25 
 
 
360 aa  144  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.83 
 
 
369 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.59 
 
 
365 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.9 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.07 
 
 
368 aa  122  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  30.98 
 
 
484 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.53 
 
 
517 aa  121  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  33.15 
 
 
479 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  28.35 
 
 
466 aa  103  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  27.86 
 
 
484 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  30.16 
 
 
431 aa  94  4e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  24.32 
 
 
426 aa  91.3  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25.78 
 
 
418 aa  92  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  24.37 
 
 
418 aa  90.9  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  27.95 
 
 
419 aa  91.3  3e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  26.18 
 
 
380 aa  89  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  28.61 
 
 
389 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  25.21 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1804  histidyl-tRNA synthetase  24.17 
 
 
421 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000951278  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  28.18 
 
 
370 aa  87.4  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  26.17 
 
 
421 aa  87  4e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.91 
 
 
420 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.91 
 
 
420 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.91 
 
 
420 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  30.08 
 
 
449 aa  85.1  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 
427 aa  85.1  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.65 
 
 
420 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.07 
 
 
418 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  26.56 
 
 
430 aa  84.7  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.65 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.65 
 
 
420 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  27.64 
 
 
410 aa  82.8  0.000000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.91 
 
 
420 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.91 
 
 
420 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 
417 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.68 
 
 
420 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.68 
 
 
420 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  26.65 
 
 
421 aa  81.3  0.00000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  24.93 
 
 
419 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 
448 aa  80.1  0.00000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  24.02 
 
 
418 aa  80.1  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  25.75 
 
 
439 aa  79.7  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  27.46 
 
 
432 aa  79  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  25.75 
 
 
383 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  26.82 
 
 
538 aa  77.4  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2280  histidyl-tRNA synthetase  31.43 
 
 
419 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  unclonable  0.000000000414505 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0944  histidyl-tRNA synthetase  26.24 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  27.75 
 
 
434 aa  76.3  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  23.06 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_16944  predicted protein  25.56 
 
 
438 aa  75.9  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.994947  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.3 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  26.35 
 
 
434 aa  75.1  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  23.73 
 
 
456 aa  75.1  0.000000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.9 
 
 
428 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  27.04 
 
 
436 aa  74.7  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.46 
 
 
445 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  23.02 
 
 
536 aa  73.2  0.000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0905  histidyl-tRNA synthetase  37.59 
 
 
420 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  26.78 
 
 
409 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  25.57 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  35.61 
 
 
419 aa  70.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  32.47 
 
 
423 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000231867  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  25.69 
 
 
423 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0969  histidyl-tRNA synthetase  30 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0491418  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.07 
 
 
392 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.04 
 
 
438 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0756  histidyl-tRNA synthetase  32.12 
 
 
419 aa  70.1  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000330653  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1677  histidyl-tRNA synthetase  32.6 
 
 
423 aa  69.7  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038851 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.4 
 
 
434 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2765  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  27.47 
 
 
393 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.466804  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  33.59 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1100  histidyl-tRNA synthetase 2  27.57 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>