More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3307 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
438 aa  881    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  78.8 
 
 
434 aa  707    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  75.47 
 
 
438 aa  662    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  67.67 
 
 
440 aa  607  1e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0553  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  66.98 
 
 
440 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264933  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.87 
 
 
445 aa  560  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  55.95 
 
 
429 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  54.57 
 
 
428 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.29 
 
 
418 aa  256  5e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  34.58 
 
 
419 aa  242  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 
418 aa  239  5.999999999999999e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  36.91 
 
 
389 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  35.62 
 
 
380 aa  238  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  39.61 
 
 
401 aa  236  6e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  33.98 
 
 
409 aa  236  8e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  37.69 
 
 
449 aa  229  6e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07590  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.46 
 
 
395 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.44 
 
 
401 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  34.08 
 
 
383 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.66 
 
 
389 aa  209  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1502  Histidine--tRNA ligase  32 
 
 
415 aa  207  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.44 
 
 
395 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.99 
 
 
420 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.58 
 
 
420 aa  204  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  31.53 
 
 
418 aa  204  3e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.99 
 
 
420 aa  203  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.58 
 
 
420 aa  204  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.73 
 
 
420 aa  202  9e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.12 
 
 
395 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.73 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.73 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.73 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  30.59 
 
 
418 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.47 
 
 
420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.12 
 
 
395 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.81 
 
 
395 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.12 
 
 
395 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  34.86 
 
 
387 aa  200  5e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.99 
 
 
420 aa  199  6e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5668  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.97 
 
 
394 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0863885  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  30.59 
 
 
418 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2787  histidine--tRNA ligase  29.93 
 
 
418 aa  197  3e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65250  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.17 
 
 
394 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  37.74 
 
 
395 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.42 
 
 
395 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2586  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.81 
 
 
397 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.368474  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0606  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.05 
 
 
321 aa  192  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.400178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.16 
 
 
395 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1281  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.4 
 
 
393 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.679748  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  30.1 
 
 
418 aa  188  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2505  histidine--tRNA ligase  36.88 
 
 
343 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000404758 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.59 
 
 
392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1264  histidyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 
349 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0508371  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2627  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.43 
 
 
392 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000799306 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2599  Histidine--tRNA ligase  38.01 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0456239  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2692  histidyl-tRNA synthetase 2  37.69 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.62 
 
 
418 aa  183  6e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2765  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  34.26 
 
 
393 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.466804  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2077  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.88 
 
 
383 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1563  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.51 
 
 
400 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000171199 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1888  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.51 
 
 
400 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2662  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  32.59 
 
 
394 aa  181  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  29.43 
 
 
409 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.2 
 
 
413 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0902  histidyl-tRNA synthetase 2  31.93 
 
 
395 aa  173  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.188473  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1161  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.35 
 
 
387 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.365246 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1093  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30 
 
 
389 aa  172  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  32.03 
 
 
387 aa  172  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2097  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.13 
 
 
383 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0834258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1069  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.04 
 
 
387 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1605  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.95 
 
 
383 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344405  normal  0.350031 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  31.19 
 
 
434 aa  169  9e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1225  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.29 
 
 
386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00306433  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1940  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.84 
 
 
394 aa  167  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2531  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.33 
 
 
383 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.020462  hitchhiker  0.00000966794 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  30.58 
 
 
432 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.92 
 
 
394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  27.48 
 
 
377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  34.27 
 
 
346 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.94 
 
 
392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  35.58 
 
 
554 aa  162  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  30.6 
 
 
434 aa  162  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  30.35 
 
 
421 aa  161  2e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  33.43 
 
 
368 aa  161  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  31.23 
 
 
431 aa  160  4e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3380  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.71 
 
 
385 aa  160  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5103  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
382 aa  160  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.480937  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2244  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.84 
 
 
382 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.682852  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.91 
 
 
393 aa  159  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1472  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
382 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.573457  normal  0.256348 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1713  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.72 
 
 
382 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740694  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1740  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.72 
 
 
382 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  31.95 
 
 
457 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0783  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.01 
 
 
395 aa  157  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6277  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
382 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1826  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
382 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.551052 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1802  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
382 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184149  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1410  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.02 
 
 
383 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526629  hitchhiker  0.00000255449 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0675  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.62 
 
 
387 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  29.08 
 
 
436 aa  156  6e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>