More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2646 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
378 aa  730    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  88.62 
 
 
379 aa  629  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.36 
 
 
387 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.68 
 
 
387 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.96 
 
 
387 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.78 
 
 
380 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  45 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  49.44 
 
 
379 aa  306  4.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.42 
 
 
371 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.21 
 
 
385 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.11 
 
 
390 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  46.32 
 
 
392 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.68 
 
 
386 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.96 
 
 
382 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.08 
 
 
395 aa  275  7e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.62 
 
 
388 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.62 
 
 
373 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.66 
 
 
392 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.07 
 
 
373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.67 
 
 
373 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.25 
 
 
376 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.13 
 
 
377 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.55 
 
 
376 aa  203  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.55 
 
 
376 aa  203  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.44 
 
 
372 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.08 
 
 
363 aa  140  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.44 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.59 
 
 
360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.47 
 
 
365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.61 
 
 
369 aa  130  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.82 
 
 
517 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  31.17 
 
 
466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  33.15 
 
 
479 aa  113  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  32.61 
 
 
484 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.52 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.51 
 
 
368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 
418 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 
418 aa  99.8  6e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  32.55 
 
 
484 aa  99  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  24.53 
 
 
418 aa  97.1  4e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  26.06 
 
 
448 aa  88.2  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  27.97 
 
 
432 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  27.51 
 
 
370 aa  84.7  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  28.18 
 
 
439 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  26.17 
 
 
417 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00827  histidyl-tRNA synthetase  27.04 
 
 
470 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00186389  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  23.12 
 
 
418 aa  82  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  26.1 
 
 
421 aa  82.8  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  22.83 
 
 
418 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  28.8 
 
 
538 aa  79.3  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  25.89 
 
 
393 aa  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  24.66 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  26.53 
 
 
444 aa  76.6  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  36.42 
 
 
383 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  24.38 
 
 
409 aa  76.6  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3551  histidyl-tRNA synthetase  28.86 
 
 
494 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.340591  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  28.57 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.05 
 
 
434 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  31.65 
 
 
419 aa  73.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  26.32 
 
 
418 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2219  histidyl-tRNA synthetase  26.86 
 
 
442 aa  73.9  0.000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.911192  normal  0.722289 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  25.71 
 
 
466 aa  73.2  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2715  histidyl-tRNA synthetase  29.08 
 
 
431 aa  73.2  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0979277  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0747  Histidine--tRNA ligase  29.41 
 
 
386 aa  73.2  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000807665  hitchhiker  0.00573832 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1340  histidyl-tRNA synthetase  27.12 
 
 
424 aa  73.2  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  26.6 
 
 
434 aa  72  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  21.29 
 
 
456 aa  72.4  0.00000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.18 
 
 
413 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  27.25 
 
 
457 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  22.35 
 
 
426 aa  71.6  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  25.91 
 
 
466 aa  72  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  34.03 
 
 
421 aa  72  0.00000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1753  histidyl-tRNA synthetase  24.42 
 
 
465 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.058114 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  27.81 
 
 
412 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.06 
 
 
418 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
419 aa  71.2  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  26.65 
 
 
434 aa  70.9  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  32.69 
 
 
427 aa  70.9  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  30.22 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1740  histidyl-tRNA synthetase  25.56 
 
 
544 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.965854  normal  0.114975 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0969  histidyl-tRNA synthetase  30.56 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0491418  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  23.55 
 
 
439 aa  70.5  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0503  histidyl-tRNA synthetase  26.82 
 
 
500 aa  70.1  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  26.45 
 
 
454 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  32.12 
 
 
420 aa  69.7  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  29.38 
 
 
419 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1369  histidyl-tRNA synthetase  25.95 
 
 
509 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0999423  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0422  histidyl-tRNA synthetase  28.19 
 
 
503 aa  69.3  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00502968  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3951  histidyl-tRNA synthetase  27.83 
 
 
494 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0501682 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.48 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  33.17 
 
 
368 aa  69.3  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1726  histidyl-tRNA synthetase  30.82 
 
 
420 aa  68.6  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  24.51 
 
 
430 aa  68.6  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0054  histidyl-tRNA synthetase  23.89 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  26.65 
 
 
470 aa  68.6  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  29.11 
 
 
431 aa  67.8  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0846  histidyl-tRNA synthetase, putative  26.49 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0598  histidyl-tRNA synthetase  25.83 
 
 
506 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.569659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1686  histidyl-tRNA synthetase  27.89 
 
 
503 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.685076  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  22.99 
 
 
442 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>