236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4680 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
380 aa  721    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.83 
 
 
392 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.67 
 
 
385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.29 
 
 
385 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.72 
 
 
382 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.17 
 
 
390 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  41.67 
 
 
388 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.55 
 
 
395 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.33 
 
 
386 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.96 
 
 
387 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.29 
 
 
392 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.92 
 
 
387 aa  170  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.66 
 
 
387 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  34.89 
 
 
371 aa  169  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  34.54 
 
 
379 aa  166  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.68 
 
 
380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.77 
 
 
379 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.96 
 
 
363 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.33 
 
 
376 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.52 
 
 
378 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.36 
 
 
373 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.89 
 
 
365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.45 
 
 
376 aa  152  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.45 
 
 
376 aa  152  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.75 
 
 
360 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.13 
 
 
377 aa  146  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.33 
 
 
368 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.32 
 
 
369 aa  136  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.39 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.51 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.39 
 
 
373 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.44 
 
 
517 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.75 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  27.93 
 
 
479 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  28.9 
 
 
484 aa  94  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
484 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  28.97 
 
 
466 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  24.04 
 
 
448 aa  72  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  23.39 
 
 
418 aa  63.5  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  24.24 
 
 
418 aa  63.2  0.000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  27.78 
 
 
401 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  21.35 
 
 
418 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  22.22 
 
 
418 aa  61.2  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  21.9 
 
 
418 aa  60.5  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  25.47 
 
 
426 aa  60.1  0.00000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2655  histidyl-tRNA synthetase  26.32 
 
 
437 aa  60.1  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234034  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0442  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.71 
 
 
393 aa  59.7  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  30.56 
 
 
421 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  23.01 
 
 
430 aa  58.2  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  19.88 
 
 
418 aa  58.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  31.21 
 
 
419 aa  57.8  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6102  Histidine--tRNA ligase  28.86 
 
 
421 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.998614 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.01 
 
 
418 aa  58.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.24 
 
 
445 aa  57  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06821  histidyl-tRNA synthetase  32.39 
 
 
423 aa  56.6  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.254744  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1340  histidyl-tRNA synthetase  29.17 
 
 
424 aa  56.2  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  28.4 
 
 
370 aa  55.8  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  28.47 
 
 
419 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  40.34 
 
 
449 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07281  histidyl-tRNA synthetase  31.76 
 
 
423 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.141798  normal  0.118541 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25401  histidyl-tRNA synthetase  31.01 
 
 
436 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  23.81 
 
 
383 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  26.79 
 
 
409 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.85 
 
 
395 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1136  histidyl-tRNA synthetase  25.55 
 
 
414 aa  54.7  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.850642  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.85 
 
 
395 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.85 
 
 
395 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.85 
 
 
395 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0985  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.34 
 
 
404 aa  53.9  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0965259  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  36.57 
 
 
389 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0220  histidyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 
430 aa  53.5  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  25.44 
 
 
417 aa  53.5  0.000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2313  histidyl-tRNA synthetase  31.33 
 
 
415 aa  53.1  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.335262 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06491  histidyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 
426 aa  53.1  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0061  histidyl-tRNA synthetase  30.28 
 
 
426 aa  52.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.352385  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  24.38 
 
 
442 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2627  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.12 
 
 
392 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000799306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  27.45 
 
 
432 aa  51.6  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06791  histidyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 
426 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06881  histidyl-tRNA synthetase  29.66 
 
 
429 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0006  histidyl-tRNA synthetase  28.36 
 
 
418 aa  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0006  histidyl-tRNA synthetase  28.36 
 
 
418 aa  51.2  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.14648  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5012  histidyl-tRNA synthetase  26.57 
 
 
423 aa  51.2  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0324448 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_6  histidyl-tRNA synthetase  28.36 
 
 
418 aa  51.2  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.33 
 
 
392 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0854  histidyl-tRNA synthetase  30.77 
 
 
429 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  23.68 
 
 
395 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0884  histidyl-tRNA synthetase  30.77 
 
 
429 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265271  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1826  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.62 
 
 
382 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.551052 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  28.17 
 
 
427 aa  50.8  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4324  histidyl-tRNA synthetase  30.77 
 
 
429 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.439284  hitchhiker  0.0000000761597 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0897  histidyl-tRNA synthetase  30.77 
 
 
429 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475429  hitchhiker  0.000000578873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.98 
 
 
395 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5103  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.62 
 
 
382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.480937  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6277  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.62 
 
 
382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1802  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.62 
 
 
382 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184149  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.98 
 
 
395 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1688  histidyl-tRNA synthetase  27.43 
 
 
420 aa  50.1  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0106909  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1721  histidyl-tRNA synthetase  27.43 
 
 
420 aa  50.1  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000299078  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  26.87 
 
 
409 aa  50.1  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>