More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0404 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 		 377 aa  748    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.38 
 
 		 373 aa  498  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.38 
 
 		 373 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  67.73 
 
 		 372 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  55.14 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  51.08 
 
 		 376 aa  352  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  51.5 
 
 		 376 aa  342  5.999999999999999e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  51.5 
 
 		 376 aa  341  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.98 
 
 		 385 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.98 
 
 		 385 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.51 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.33 
 
 		 386 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35 
 
 		 395 aa  208  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.58 
 
 		 390 aa  206  5e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.33 
 
 		 392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.25 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.46 
 
 		 379 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.59 
 
 		 378 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.22 
 
 		 392 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.96 
 
 		 379 aa  182  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.52 
 
 		 387 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.67 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.69 
 
 		 387 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  33.99 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.97 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.84 
 
 		 380 aa  126  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.52 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.64 
 
 		 363 aa  106  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.77 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.95 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.85 
 
 		 368 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.7 
 
 		 360 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  29.63 
 
 		 466 aa  90.1  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.51 
 
 		 517 aa  89  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  26.24 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  28.93 
 
 		 479 aa  84  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  26.59 
 
 		 484 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  26.18 
 
 		 417 aa  78.6  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  25.83 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  28.77 
 
 		 484 aa  77  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  27.62 
 
 		 419 aa  76.3  0.0000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25.75 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  27.2 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  23.1 
 
 		 536 aa  74.3  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 		 427 aa  73.6  0.000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  23.96 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  27.12 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  26.97 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.79 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  26.18 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  21.76 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  30.23 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  28.64 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.13 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  26.22 
 
 		 426 aa  60.8  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  33.58 
 
 		 383 aa  59.7  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  24.27 
 
 		 466 aa  58.9  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  29.7 
 
 		 408 aa  59.3  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  22.22 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1453  histidyl-tRNA synthetase  33.06 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  24.27 
 
 		 466 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1804  histidyl-tRNA synthetase  30.37 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000951278  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2889  histidyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5012  histidyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0324448 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1585  histidyl-tRNA synthetase  24.66 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2715  histidyl-tRNA synthetase  25.67 
 
 		 431 aa  56.2  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0979277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1726  histidyl-tRNA synthetase  31.78 
 
 		 420 aa  56.2  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  53.57 
 
 		 538 aa  55.8  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1009  histidine--tRNA ligase  29.85 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1811  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.97 
 
 		 431 aa  54.7  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.307219  normal  0.24135 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  30 
 
 		 419 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  25.82 
 
 		 432 aa  54.7  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  51.79 
 
 		 370 aa  54.3  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  20.62 
 
 		 442 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0006  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 418 aa  53.5  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.91 
 
 		 418 aa  53.5  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.6 
 
 		 420 aa  53.5  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  40.98 
 
 		 380 aa  53.1  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0006  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 418 aa  53.1  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.14648  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1653  histidyl-tRNA synthetase  30.84 
 
 		 420 aa  53.1  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.52822  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0744  histidyl-tRNA synthetase  41.94 
 
 		 419 aa  53.1  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.100604  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  31.32 
 
 		 449 aa  53.1  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0886  histidyl-tRNA synthetase 2  31.08 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.151754  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  23.69 
 
 		 439 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  29.49 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0813  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.12 
 
 		 420 aa  52.4  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.493486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  36.17 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_6  histidyl-tRNA synthetase  32.41 
 
 		 418 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0846  histidyl-tRNA synthetase, putative  44.64 
 
 		 412 aa  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  30.25 
 
 		 423 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000231867  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1482  histidyl-tRNA synthetase  30.81 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0712  histidyl-tRNA synthetase  29.41 
 
 		 413 aa  51.6  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.666191  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  33.33 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_750  histidyl-tRNA synthetase  44.64 
 
 		 412 aa  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.878399  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  29.8 
 
 		 419 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.57 
 
 		 318 aa  51.6  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  30.5 
 
 		 431 aa  51.6  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0676  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.57 
 
 		 434 aa  50.8  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  50 
 
 		 389 aa  50.8  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_88696  predicted protein  47.27 
 
 		 525 aa  50.8  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>