More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1498 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  93.28 
 
 
387 aa  696    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
387 aa  765    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  99.48 
 
 
387 aa  762    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  76.32 
 
 
380 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.23 
 
 
379 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  68.68 
 
 
378 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.86 
 
 
385 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  47.41 
 
 
379 aa  300  3e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.86 
 
 
385 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.53 
 
 
390 aa  295  7e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  46.65 
 
 
371 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.7 
 
 
386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.99 
 
 
382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.27 
 
 
395 aa  281  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  47.92 
 
 
392 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  46.26 
 
 
388 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.6 
 
 
392 aa  223  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.96 
 
 
376 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.62 
 
 
373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.36 
 
 
376 aa  193  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.74 
 
 
373 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.36 
 
 
376 aa  192  7e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.86 
 
 
373 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.24 
 
 
377 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.47 
 
 
372 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.18 
 
 
380 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  34.16 
 
 
484 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.32 
 
 
363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.87 
 
 
369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.36 
 
 
517 aa  131  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.76 
 
 
365 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.05 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  32.09 
 
 
466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  32.97 
 
 
484 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.78 
 
 
360 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  30.91 
 
 
479 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.61 
 
 
368 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25.41 
 
 
418 aa  95.5  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  24.59 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  24.87 
 
 
426 aa  90.5  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  25.21 
 
 
418 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  24.18 
 
 
418 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  27.82 
 
 
432 aa  82  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  25.54 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  28.46 
 
 
538 aa  78.6  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  27.66 
 
 
370 aa  74.7  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
448 aa  72.8  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  26.2 
 
 
427 aa  72.8  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  25.47 
 
 
466 aa  72.4  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  28.02 
 
 
439 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  29.16 
 
 
368 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.69 
 
 
413 aa  72.8  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  24.46 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0747  Histidine--tRNA ligase  26.81 
 
 
386 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000807665  hitchhiker  0.00573832 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  27.6 
 
 
457 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  36.24 
 
 
383 aa  70.5  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.23 
 
 
420 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  30.57 
 
 
418 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  24.86 
 
 
430 aa  69.7  0.00000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  28.19 
 
 
470 aa  69.3  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  34.39 
 
 
389 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 
466 aa  68.6  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.77 
 
 
392 aa  68.6  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  29.26 
 
 
409 aa  66.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2219  histidyl-tRNA synthetase  26.14 
 
 
442 aa  65.9  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.911192  normal  0.722289 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0236  histidyl-tRNA synthetase  23.91 
 
 
427 aa  65.5  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  24.59 
 
 
439 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  34.78 
 
 
423 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  23.7 
 
 
393 aa  65.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  31.58 
 
 
410 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  31.48 
 
 
421 aa  65.5  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4486  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.451544  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4298  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.408041  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4136  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4146  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0483726  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  32.21 
 
 
421 aa  64.7  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4536  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000118978  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4633  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4414  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0944  histidyl-tRNA synthetase  34.67 
 
 
426 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0713  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00404453  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4523  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.845471  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4483  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6071e-17 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2507  histidyl-tRNA synthetase  31.85 
 
 
423 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000231867  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  18.21 
 
 
370 aa  64.3  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4250  histidyl-tRNA synthetase  35.26 
 
 
423 aa  64.7  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000611517  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.87 
 
 
418 aa  64.7  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  19.67 
 
 
442 aa  63.5  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00827  histidyl-tRNA synthetase  25.13 
 
 
470 aa  62.8  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00186389  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  26.46 
 
 
434 aa  62.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.88 
 
 
428 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  30.92 
 
 
417 aa  62.4  0.00000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  25.07 
 
 
436 aa  62.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  30.86 
 
 
419 aa  62.4  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  27.06 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  26.65 
 
 
454 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  30.57 
 
 
408 aa  61.2  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.87 
 
 
438 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.67 
 
 
440 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.06 
 
 
389 aa  60.8  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>