More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4535 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4535  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
567 aa  1162    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.494788 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1633  putative solute-binding dependent transport lipoprotein  50.55 
 
 
585 aa  548  1e-155  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1116  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 
581 aa  226  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.749385  normal  0.0404913 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7779  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
597 aa  202  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1835  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
563 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00561184  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31140  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.12 
 
 
586 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0761  extracellular solute-binding protein family 5  27.52 
 
 
604 aa  129  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.952848  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3931  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
555 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0539387  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4005  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
555 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.326685  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3946  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.436412  normal  0.0739925 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3275  extracellular solute-binding protein family 5  26.05 
 
 
570 aa  120  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0712739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25 
 
 
567 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7096  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.8 
 
 
578 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2258  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
558 aa  117  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.152339  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4433  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
550 aa  114  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.766057  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1251  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
580 aa  113  9e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147859 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11306  periplasmic oligopeptide-binding lipoprotein oppA  26.81 
 
 
591 aa  111  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8314  extracellular solute-binding protein family 5  24.58 
 
 
576 aa  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26210  extracellular solute-binding protein, family 5  25.93 
 
 
606 aa  109  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.825095  normal  0.282654 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0981  extracellular solute-binding protein family 5  22.44 
 
 
618 aa  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0454363 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2402  extracellular solute-binding protein family 5  23.25 
 
 
566 aa  104  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.951994 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.07 
 
 
527 aa  102  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1116  extracellular solute-binding protein family 5  23.16 
 
 
635 aa  99  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.709816  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0917  extracellular solute-binding protein family 5  23.68 
 
 
592 aa  99  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.340529 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15570  extracellular solute-binding protein, family 5  25.5 
 
 
619 aa  97.1  8e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0497629  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  24.05 
 
 
565 aa  96.3  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7203  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  22.58 
 
 
581 aa  94.7  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120174  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0785  extracellular solute-binding protein family 5  24.46 
 
 
600 aa  94.4  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0818  peptide/nickel transport system substrate-binding protein  24.81 
 
 
568 aa  94.4  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 
551 aa  93.6  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4014  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
569 aa  92.8  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.62 
 
 
579 aa  92  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4314  extracellular solute-binding protein family 5  22.44 
 
 
606 aa  89.7  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.986199  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 
619 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5593  extracellular solute-binding protein family 5  24.4 
 
 
567 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.38037 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3805  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 
590 aa  85.9  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 
538 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.18 
 
 
542 aa  84  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.32 
 
 
538 aa  83.6  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 
551 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0957  extracellular solute-binding protein family 5  24.93 
 
 
611 aa  83.2  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 
539 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2827  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 
592 aa  82.4  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320124  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  23.39 
 
 
540 aa  79.7  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 
533 aa  79  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 
567 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  22.83 
 
 
528 aa  78.6  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2541  extracellular solute-binding protein family 5  23.11 
 
 
592 aa  78.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236938 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
617 aa  77.4  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  23 
 
 
566 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  23.94 
 
 
532 aa  75.5  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23 
 
 
567 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2170  extracellular solute-binding protein family 5  20.93 
 
 
535 aa  75.5  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  23.52 
 
 
622 aa  75.1  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.02 
 
 
511 aa  75.1  0.000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  22.7 
 
 
534 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5265  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.01 
 
 
515 aa  75.1  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.154423  normal  0.0706788 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
501 aa  74.7  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  23.28 
 
 
581 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 
575 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1093  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
629 aa  74.3  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0361636  hitchhiker  0.00886374 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.2 
 
 
511 aa  73.9  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  22.04 
 
 
534 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 
639 aa  72.8  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 
556 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  20.72 
 
 
586 aa  73.2  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  21.85 
 
 
530 aa  73.2  0.00000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2023  extracellular solute-binding protein family 5  22.69 
 
 
531 aa  72.8  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0292401  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  22.37 
 
 
533 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  22.92 
 
 
546 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
508 aa  71.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 
565 aa  71.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2800  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 
544 aa  71.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  22.92 
 
 
600 aa  71.6  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.74 
 
 
534 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 
516 aa  71.2  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0546  4-phytase  21.52 
 
 
552 aa  70.9  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.633185  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0623  4-phytase  21.52 
 
 
552 aa  70.9  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000146122  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 
512 aa  70.5  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  22.91 
 
 
501 aa  70.5  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 
544 aa  70.5  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3034  ABC peptide/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.73 
 
 
519 aa  70.1  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
501 aa  70.1  0.00000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  24.04 
 
 
533 aa  69.7  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
588 aa  70.1  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  20.8 
 
 
498 aa  70.1  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  24.11 
 
 
534 aa  70.1  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
510 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  23.19 
 
 
544 aa  69.3  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  23.81 
 
 
533 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
517 aa  68.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
526 aa  68.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3761  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
519 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.97 
 
 
524 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 
559 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.47 
 
 
542 aa  68.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
545 aa  68.2  0.0000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  22.09 
 
 
587 aa  68.2  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  24.18 
 
 
526 aa  68.2  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>