More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1251 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1251  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
580 aa  1191    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147859 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  39.12 
 
 
551 aa  376  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0917  extracellular solute-binding protein family 5  38.57 
 
 
592 aa  355  1e-96  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.340529 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  34.91 
 
 
567 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4014  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
569 aa  256  9e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3275  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 
570 aa  250  6e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0712739  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2402  extracellular solute-binding protein family 5  30.49 
 
 
566 aa  248  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.951994 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3805  extracellular solute-binding protein family 5  30.67 
 
 
590 aa  233  5e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7096  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  31.34 
 
 
578 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2258  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
558 aa  202  9e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.152339  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11306  periplasmic oligopeptide-binding lipoprotein oppA  27.58 
 
 
591 aa  194  4e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4433  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
550 aa  193  6e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.766057  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3931  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
555 aa  184  6e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0539387  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4005  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
555 aa  184  6e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.326685  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3946  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
554 aa  181  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.436412  normal  0.0739925 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0818  peptide/nickel transport system substrate-binding protein  25.62 
 
 
568 aa  169  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 
565 aa  166  8e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5593  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 
567 aa  161  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.38037 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8314  extracellular solute-binding protein family 5  29.58 
 
 
576 aa  162  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.54 
 
 
579 aa  157  7e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1116  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
581 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.749385  normal  0.0404913 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1835  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
563 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00561184  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31140  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.24 
 
 
586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7779  extracellular solute-binding protein family 5  25.36 
 
 
597 aa  120  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31150  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.57 
 
 
622 aa  106  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4535  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 
567 aa  104  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.494788 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1633  putative solute-binding dependent transport lipoprotein  22.06 
 
 
585 aa  104  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  23.68 
 
 
524 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7203  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.51 
 
 
581 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120174  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3330  extracellular solute-binding protein family 5  23.31 
 
 
614 aa  100  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424693  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
531 aa  97.1  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0761  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
604 aa  96.3  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.952848  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.32 
 
 
544 aa  95.1  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 
512 aa  91.7  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.35 
 
 
511 aa  90.9  5e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  30.94 
 
 
538 aa  90.1  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  23.09 
 
 
526 aa  89.7  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  23.09 
 
 
526 aa  90.1  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0760  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
566 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.010503  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.12 
 
 
532 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.12 
 
 
532 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.67 
 
 
538 aa  87.8  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
544 aa  88.2  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.71 
 
 
511 aa  87.4  6e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.31 
 
 
513 aa  87  9e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.67 
 
 
532 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.08 
 
 
539 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  24.73 
 
 
495 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.81 
 
 
511 aa  86.3  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 
517 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.18 
 
 
511 aa  84  0.000000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
528 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4039  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
624 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.668084  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4114  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
624 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 
544 aa  83.2  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4268  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
624 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  24.66 
 
 
552 aa  83.2  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.77 
 
 
523 aa  82.8  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2164  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
599 aa  82.4  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.10806 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
522 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  23.59 
 
 
519 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  25.45 
 
 
541 aa  81.6  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  24.6 
 
 
535 aa  81.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1145  extracellular solute-binding protein family 5  24.93 
 
 
622 aa  81.3  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0845067  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  24.06 
 
 
526 aa  80.9  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.06 
 
 
526 aa  80.9  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  26.24 
 
 
509 aa  80.5  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  23.77 
 
 
553 aa  80.5  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4314  extracellular solute-binding protein family 5  22.67 
 
 
606 aa  80.5  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.986199  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
546 aa  80.1  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  25.34 
 
 
524 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.34 
 
 
524 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.34 
 
 
524 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  25.34 
 
 
524 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  22.3 
 
 
556 aa  79.3  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.34 
 
 
524 aa  79  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.34 
 
 
524 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1188  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
499 aa  79.3  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000019193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
535 aa  79  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.34 
 
 
524 aa  78.6  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.34 
 
 
524 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.34 
 
 
524 aa  78.6  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
555 aa  77.8  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  23.41 
 
 
526 aa  77.4  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.83 
 
 
530 aa  77.4  0.0000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11191  lipoprotein lpqW  22.28 
 
 
635 aa  77.4  0.0000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 
542 aa  77  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2370  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  24.24 
 
 
615 aa  76.6  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  38.39 
 
 
524 aa  76.6  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  25.94 
 
 
555 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.71 
 
 
524 aa  76.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.67 
 
 
532 aa  75.9  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.34 
 
 
505 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
508 aa  75.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  24.39 
 
 
510 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.3 
 
 
524 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 
544 aa  75.5  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 
547 aa  74.3  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 
535 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
531 aa  74.3  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>