More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0917 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0917  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
592 aa  1226    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.340529 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1251  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 
580 aa  371  1e-101  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147859 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  32.59 
 
 
551 aa  298  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4014  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 
569 aa  277  4e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3805  extracellular solute-binding protein family 5  32.05 
 
 
590 aa  266  1e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  29.53 
 
 
567 aa  210  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3275  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 
570 aa  208  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0712739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7096  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  27.93 
 
 
578 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2258  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 
558 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.152339  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4433  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
550 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.766057  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11306  periplasmic oligopeptide-binding lipoprotein oppA  26.5 
 
 
591 aa  184  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3931  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
555 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0539387  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4005  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
555 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.326685  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2402  extracellular solute-binding protein family 5  24.87 
 
 
566 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.951994 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3946  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
554 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.436412  normal  0.0739925 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0818  peptide/nickel transport system substrate-binding protein  25.14 
 
 
568 aa  158  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.75 
 
 
579 aa  150  6e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5593  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 
567 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.38037 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 
565 aa  130  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8314  extracellular solute-binding protein family 5  25.38 
 
 
576 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31140  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.5 
 
 
586 aa  104  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.37 
 
 
532 aa  99  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4535  extracellular solute-binding protein family 5  23.73 
 
 
567 aa  97.1  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.494788 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1633  putative solute-binding dependent transport lipoprotein  22.52 
 
 
585 aa  92.4  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  23.26 
 
 
544 aa  92  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1116  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
581 aa  91.3  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.749385  normal  0.0404913 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0761  extracellular solute-binding protein family 5  24.19 
 
 
604 aa  90.1  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.952848  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.15 
 
 
524 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26210  extracellular solute-binding protein, family 5  24.53 
 
 
606 aa  85.1  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.825095  normal  0.282654 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
525 aa  84  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  22.65 
 
 
526 aa  83.6  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1835  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
563 aa  83.6  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00561184  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.65 
 
 
526 aa  83.6  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.84 
 
 
525 aa  82  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  21.68 
 
 
565 aa  80.5  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  24.66 
 
 
547 aa  80.1  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  23.33 
 
 
524 aa  80.1  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  22.85 
 
 
526 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.46 
 
 
543 aa  79.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  22.51 
 
 
535 aa  79  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.23 
 
 
525 aa  77.8  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 
508 aa  77.4  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7203  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.03 
 
 
581 aa  77.4  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120174  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.09 
 
 
525 aa  77.4  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
532 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  21.89 
 
 
526 aa  76.6  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 
517 aa  76.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 
526 aa  76.3  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.82 
 
 
524 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.82 
 
 
524 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
549 aa  75.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.32 
 
 
532 aa  75.9  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  22.82 
 
 
524 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  24.56 
 
 
532 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  22.82 
 
 
524 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 
528 aa  75.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1596  extracellular solute-binding protein family 5  21.55 
 
 
572 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0368881  unclonable  7.93881e-23 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.32 
 
 
532 aa  75.9  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  21.98 
 
 
488 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  22.82 
 
 
524 aa  74.7  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  22.82 
 
 
524 aa  74.7  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  22.2 
 
 
524 aa  74.7  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  22.2 
 
 
523 aa  75.1  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  22.6 
 
 
524 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  23.8 
 
 
537 aa  74.7  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
529 aa  74.7  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  22.86 
 
 
593 aa  74.3  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 
538 aa  73.9  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
541 aa  73.9  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2541  extracellular solute-binding protein family 5  24.78 
 
 
592 aa  73.9  0.000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236938 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2827  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 
592 aa  73.9  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320124  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  22.26 
 
 
549 aa  72.8  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  22.6 
 
 
524 aa  72.8  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 
556 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  23.86 
 
 
539 aa  72  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15570  extracellular solute-binding protein, family 5  22.35 
 
 
619 aa  72  0.00000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0497629  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0785  extracellular solute-binding protein family 5  22.14 
 
 
600 aa  72  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  24.3 
 
 
532 aa  71.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1590  extracellular solute-binding protein family 5  23.52 
 
 
530 aa  71.2  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 
525 aa  71.2  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
545 aa  71.2  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  21.88 
 
 
524 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 
556 aa  70.9  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  21.91 
 
 
567 aa  69.7  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0337  extracellular solute-binding protein family 5  23.51 
 
 
521 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  23.37 
 
 
511 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 
549 aa  69.7  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 
528 aa  69.7  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  23.31 
 
 
600 aa  70.1  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  23.33 
 
 
538 aa  70.1  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
550 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  22.09 
 
 
510 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  22.48 
 
 
553 aa  69.3  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  24.63 
 
 
531 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  23.94 
 
 
541 aa  68.9  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
565 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 
545 aa  69.7  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1500  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
541 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  24.76 
 
 
544 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  22.9 
 
 
552 aa  68.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>