More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3845 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  99.24 
 
 		 524 aa  1074    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  99.24 
 
 		 524 aa  1074    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  82.18 
 
 		 523 aa  905    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  98.09 
 
 		 524 aa  1066    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  99.43 
 
 		 524 aa  1076    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  63.17 
 
 		 526 aa  692    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  63.17 
 
 		 526 aa  692    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  98.85 
 
 		 524 aa  1072    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  99.24 
 
 		 524 aa  1074    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  100 
 
 		 524 aa  1084    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  99.24 
 
 		 524 aa  1075    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  63.3 
 
 		 526 aa  689    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  99.43 
 
 		 524 aa  1076    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  59.5 
 
 		 553 aa  627  1e-178  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  51.1 
 
 		 524 aa  534  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  51 
 
 		 538 aa  519  1e-146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  48.63 
 
 		 513 aa  515  1.0000000000000001e-145  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.3 
 
 		 524 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.31 
 
 		 488 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  48.99 
 
 		 532 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46.02 
 
 		 544 aa  478  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  42.75 
 
 		 524 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  41.85 
 
 		 530 aa  421  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  44.15 
 
 		 525 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  40.84 
 
 		 539 aa  414  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  40.3 
 
 		 538 aa  410  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  35.23 
 
 		 532 aa  334  3e-90  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.07 
 
 		 532 aa  333  5e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.07 
 
 		 532 aa  333  5e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  32.64 
 
 		 538 aa  233  7.000000000000001e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  30.94 
 
 		 537 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  31.17 
 
 		 544 aa  218  2e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  31.17 
 
 		 547 aa  218  2e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  28.15 
 
 		 549 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.86 
 
 		 516 aa  195  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  27.94 
 
 		 511 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 526 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 512 aa  184  3e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.44 
 
 		 520 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 519 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.42 
 
 		 509 aa  171  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 517 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.94 
 
 		 524 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49168  predicted protein  30.06 
 
 		 597 aa  165  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  29.35 
 
 		 532 aa  164  4.0000000000000004e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.77 
 
 		 511 aa  158  2e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.13 
 
 		 534 aa  157  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.04 
 
 		 511 aa  155  1e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  26.78 
 
 		 531 aa  156  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 535 aa  155  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.91 
 
 		 526 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.03 
 
 		 545 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 528 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.91 
 
 		 526 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.91 
 
 		 526 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.06 
 
 		 535 aa  154  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.91 
 
 		 526 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.06 
 
 		 535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.85 
 
 		 535 aa  153  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.72 
 
 		 526 aa  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 506 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 535 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  26.75 
 
 		 523 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 531 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.44 
 
 		 521 aa  150  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.44 
 
 		 521 aa  150  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.44 
 
 		 521 aa  150  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.44 
 
 		 521 aa  150  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 521 aa  150  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.6 
 
 		 524 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.77 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.31 
 
 		 544 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 		 535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.27 
 
 		 511 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  29.78 
 
 		 522 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.18 
 
 		 511 aa  147  5e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.15 
 
 		 565 aa  147  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 		 535 aa  147  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 535 aa  147  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 		 494 aa  146  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 		 544 aa  146  9e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  26.92 
 
 		 502 aa  146  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 534 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 492 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  28.71 
 
 		 546 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  33.22 
 
 		 517 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 519 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 546 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 546 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  27.76 
 
 		 518 aa  144  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.08 
 
 		 531 aa  143  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>