More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_5235 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
417 aa  821    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  99.52 
 
 
417 aa  816    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
417 aa  821    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  68.77 
 
 
424 aa  544  1e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  65.48 
 
 
420 aa  527  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  64.48 
 
 
415 aa  511  1e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4780  D-amino-acid dehydrogenase  65.36 
 
 
432 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  63.94 
 
 
416 aa  506  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  59.95 
 
 
419 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  58.19 
 
 
419 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  52.07 
 
 
419 aa  366  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  47.33 
 
 
452 aa  335  7.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  48.61 
 
 
416 aa  333  2e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  48.53 
 
 
408 aa  330  2e-89  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  47.85 
 
 
458 aa  325  9e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  47.07 
 
 
425 aa  321  1.9999999999999998e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  47.67 
 
 
482 aa  313  4.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.61 
 
 
428 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  34.12 
 
 
415 aa  162  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  31.86 
 
 
416 aa  157  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  27.25 
 
 
418 aa  155  9e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  27.11 
 
 
462 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.5 
 
 
427 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  29.16 
 
 
441 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  28.79 
 
 
437 aa  143  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  30.94 
 
 
415 aa  142  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 
440 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  29.8 
 
 
420 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.24 
 
 
418 aa  140  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.39 
 
 
416 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 
415 aa  137  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  32.49 
 
 
448 aa  136  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.75 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.22 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  28.57 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
421 aa  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.51 
 
 
417 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.54 
 
 
434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  27.43 
 
 
446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.44 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 
420 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  29.1 
 
 
415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  32.04 
 
 
428 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.44 
 
 
415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.82 
 
 
434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.82 
 
 
434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.82 
 
 
434 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  28.29 
 
 
411 aa  130  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  30.61 
 
 
423 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 
414 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.52 
 
 
418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.32 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  28.43 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.92 
 
 
433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  32.01 
 
 
423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 
427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  30.02 
 
 
435 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  31.18 
 
 
454 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  30.02 
 
 
422 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 
420 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  30.56 
 
 
446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  33.75 
 
 
414 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  33.91 
 
 
414 aa  126  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  29.73 
 
 
434 aa  126  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  28.97 
 
 
413 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  29.44 
 
 
427 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.23 
 
 
434 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.43 
 
 
434 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  31.3 
 
 
415 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  26.93 
 
 
411 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  29.85 
 
 
417 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  29.47 
 
 
440 aa  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.64 
 
 
432 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  34 
 
 
414 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.23 
 
 
434 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.23 
 
 
434 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.83 
 
 
432 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.83 
 
 
432 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
434 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.83 
 
 
432 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
432 aa  124  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.83 
 
 
432 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  30.91 
 
 
444 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
434 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.83 
 
 
432 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.71 
 
 
433 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.36 
 
 
429 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  30.22 
 
 
419 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  34.65 
 
 
414 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.01 
 
 
432 aa  123  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  34.65 
 
 
414 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.33 
 
 
429 aa  123  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.85 
 
 
428 aa  123  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  31.7 
 
 
413 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>