More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mvan_4780 on replicon NC_008726
Organism: Mycobacterium vanbaalenii PYR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008726  Mvan_4780  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
432 aa  850    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  65.47 
 
 
417 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  65.47 
 
 
417 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  65.47 
 
 
417 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  63.13 
 
 
424 aa  486  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  61.67 
 
 
420 aa  481  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  58.98 
 
 
415 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  59.33 
 
 
416 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  55.1 
 
 
419 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  55.81 
 
 
419 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  53.51 
 
 
419 aa  369  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  47.2 
 
 
452 aa  335  7.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  48.1 
 
 
416 aa  330  4e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  49.04 
 
 
425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  48.07 
 
 
482 aa  325  8.000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  46.9 
 
 
458 aa  323  4e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  46.81 
 
 
408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  32.34 
 
 
416 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.03 
 
 
428 aa  166  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  32.14 
 
 
415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  27.16 
 
 
418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  32.29 
 
 
440 aa  150  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  26.61 
 
 
462 aa  150  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.36 
 
 
427 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  28.99 
 
 
441 aa  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 
420 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  29.43 
 
 
415 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  30.94 
 
 
415 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  28.43 
 
 
420 aa  140  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  30.15 
 
 
432 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  27.44 
 
 
415 aa  136  6.0000000000000005e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  28.82 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  29.58 
 
 
446 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  30.28 
 
 
428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  32.24 
 
 
420 aa  130  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  30.05 
 
 
422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 
419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  29.93 
 
 
413 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  29.63 
 
 
446 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 
415 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  31.44 
 
 
435 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  30.21 
 
 
440 aa  124  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  29.77 
 
 
454 aa  123  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  29.47 
 
 
417 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  29.02 
 
 
416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  30.48 
 
 
412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  31.77 
 
 
414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.91 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  29.23 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.78 
 
 
416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.12 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  28.64 
 
 
444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.56 
 
 
433 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.64 
 
 
432 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  29.01 
 
 
448 aa  116  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  30.98 
 
 
420 aa  116  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 
413 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  30.27 
 
 
422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0148  D-amino-acid dehydrogenase  29.84 
 
 
445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.739629  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  29.65 
 
 
427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.66 
 
 
420 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  29.4 
 
 
418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  29.46 
 
 
413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.47 
 
 
417 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  26.09 
 
 
437 aa  114  3e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  28.88 
 
 
430 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  29.46 
 
 
413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  29.19 
 
 
433 aa  113  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.76 
 
 
416 aa  113  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.67 
 
 
439 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  29.05 
 
 
434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  31.18 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.84 
 
 
428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  28.06 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  27.53 
 
 
424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  30.86 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.74 
 
 
441 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  26.68 
 
 
430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  28.68 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  32.11 
 
 
413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 
411 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.79 
 
 
418 aa  111  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  27.45 
 
 
416 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  29.47 
 
 
436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.61 
 
 
436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  26.54 
 
 
416 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  28.28 
 
 
443 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.86 
 
 
436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  27.05 
 
 
417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 
414 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  28.75 
 
 
416 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  32.93 
 
 
416 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  29.21 
 
 
425 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  28.4 
 
 
417 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.88 
 
 
428 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  29.64 
 
 
444 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 
440 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.64 
 
 
434 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.71 
 
 
421 aa  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>