More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_1549 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009712  Mboo_1549  putative transcriptional regulator  100 
 
 
282 aa  580  1.0000000000000001e-165  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.493713  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.05 
 
 
768 aa  149  4e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0064  putative transcriptional regulator  60 
 
 
192 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.348632  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1012  putative transcriptional regulator  53.78 
 
 
205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.27626  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  42.96 
 
 
794 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 
557 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
716 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
962 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
810 aa  106  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  34.04 
 
 
2361 aa  105  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 
1692 aa  105  8e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 
1028 aa  99.8  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  unclonable  0.0000177894 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
568 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
1049 aa  99.4  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.664054  normal  0.108682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3608  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.87 
 
 
430 aa  99.4  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 
718 aa  95.9  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1512  regulatory protein, ArsR  38.6 
 
 
215 aa  90.9  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395049  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1616  putative PAS/PAC sensor protein  36.17 
 
 
559 aa  90.9  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.477909  normal  0.117342 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1266  regulatory protein, ArsR  45.26 
 
 
198 aa  89  9e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.234884 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0040  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 
224 aa  71.2  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.533704 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1381  hypothetical protein  37.89 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.192324 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  30.88 
 
 
886 aa  65.9  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  32.24 
 
 
951 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
652 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.97 
 
 
617 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1776  signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
535 aa  63.2  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
591 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
1111 aa  61.6  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1210  putative PAS/PAC sensor protein  24.46 
 
 
540 aa  60.5  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0526078  normal  0.0174457 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1148  ArsR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
503 aa  60.5  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.591964  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
911 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1622  putative PAS/PAC sensor protein  23.81 
 
 
565 aa  59.3  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0238251 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0186  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.56 
 
 
740 aa  59.3  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.789311  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1244  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
813 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1230  putative transcriptional regulator, ArsR family  29.29 
 
 
330 aa  57.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.21 
 
 
693 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  30.09 
 
 
509 aa  57.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.08 
 
 
849 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
796 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2667  sensory box histidine kinase  32.52 
 
 
498 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2656  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 
759 aa  57  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 
1406 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.14 
 
 
983 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  25.33 
 
 
1154 aa  57  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2435  PAS/PAC domain-containing protein  25.69 
 
 
322 aa  56.6  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000625428  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  29.82 
 
 
1404 aa  56.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.03 
 
 
568 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.19 
 
 
1040 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0819  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.88 
 
 
844 aa  55.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0848  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.88 
 
 
844 aa  55.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  26.57 
 
 
490 aa  55.8  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
602 aa  55.8  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.57 
 
 
1471 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.08 
 
 
1044 aa  55.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
796 aa  55.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.13 
 
 
965 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  28.83 
 
 
746 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  30.16 
 
 
830 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3257  putative transcriptional regulator, ArsR family  28.28 
 
 
269 aa  54.7  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
1016 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  32.26 
 
 
917 aa  54.3  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3142  transcriptional regulator, ArsR family  32.58 
 
 
219 aa  54.3  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
338 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2876  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
930 aa  54.3  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  27.19 
 
 
1041 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
651 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3781  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 
592 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.233259  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  27.34 
 
 
1626 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
936 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1333  ArsR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
305 aa  53.9  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  23.49 
 
 
1113 aa  53.9  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.68 
 
 
761 aa  53.9  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 
1002 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  29.41 
 
 
926 aa  53.5  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.96 
 
 
637 aa  53.5  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1292  sensory box histidine kinase  27.97 
 
 
384 aa  53.1  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 
1325 aa  53.1  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.23 
 
 
651 aa  53.1  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 
592 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
705 aa  52.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
582 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.73 
 
 
592 aa  52.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.130733  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.7 
 
 
1439 aa  52.8  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1008  methyl-accepting chemotaxis protein  25.85 
 
 
466 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.703746  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4075  transcriptional regulator, ArsR family  32 
 
 
151 aa  52.4  0.000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0843494  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0006  putative PAS/PAC sensor protein  28.32 
 
 
412 aa  52.4  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.533638  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 
1122 aa  51.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 
1002 aa  52  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.32 
 
 
1348 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
1088 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1755  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 
781 aa  51.6  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 
538 aa  52.4  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
653 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  21.51 
 
 
850 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  27.41 
 
 
653 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  30.84 
 
 
653 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3312  ArsR family transcriptional regulator  25 
 
 
110 aa  50.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1716  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.79 
 
 
628 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805197  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1158 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.18 
 
 
1127 aa  51.2  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>