More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_12470 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_12470  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 
614 aa  1252    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.185176  normal  0.110435 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7148  extracellular solute-binding protein family 5  34.08 
 
 
586 aa  267  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4557  extracellular solute-binding protein family 5  34.58 
 
 
570 aa  244  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5507  extracellular solute-binding protein family 5  32.12 
 
 
582 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.553842  normal  0.243799 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.9 
 
 
573 aa  224  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.81 
 
 
560 aa  223  7e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3512  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  31.2 
 
 
568 aa  217  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321069  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2457  extracellular solute-binding protein family 5  30.42 
 
 
562 aa  202  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2586  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 
603 aa  201  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.653336  decreased coverage  0.00337365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4719  4-phytase  30 
 
 
564 aa  199  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0883166  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2400  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
599 aa  198  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.317377  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1850  extracellular solute-binding protein family 5  29.91 
 
 
584 aa  192  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2296  extracellular solute-binding protein family 5  31.05 
 
 
584 aa  188  3e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000797709  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5913  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  29.37 
 
 
593 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0808698  normal  0.0457082 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2982  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 
573 aa  184  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270832  normal  0.0254721 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0438  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
569 aa  180  4.999999999999999e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302418 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2049  extracellular solute-binding protein family 5  42.19 
 
 
595 aa  179  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.352532  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33430  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.55 
 
 
562 aa  170  6e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.175667 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1821  putative peptide transport system substrate-binding protein  29.49 
 
 
587 aa  168  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1553  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 
587 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.525667  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33360  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.2 
 
 
549 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.722475  normal  0.940695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1286  extracellular solute-binding protein family 5  24.58 
 
 
594 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1289  extracellular solute-binding protein family 5  33.18 
 
 
610 aa  117  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.172232  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3425  extracellular solute-binding protein family 5  23.36 
 
 
563 aa  108  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2171  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
580 aa  106  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.596914  normal  0.0132313 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5889  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 
595 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  25.27 
 
 
622 aa  99.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.16 
 
 
566 aa  99  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
538 aa  98.6  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
540 aa  98.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19540  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.93 
 
 
567 aa  98.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.394832  normal  0.058637 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.28 
 
 
540 aa  97.8  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
538 aa  97.1  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2178  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
561 aa  94.4  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
531 aa  93.6  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2038  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
557 aa  93.2  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000868803 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  25.46 
 
 
531 aa  93.6  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 
505 aa  91.7  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
528 aa  91.7  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  25.61 
 
 
540 aa  90.9  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.17 
 
 
565 aa  89.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.71 
 
 
520 aa  88.6  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
558 aa  87.8  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  28.34 
 
 
535 aa  86.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2124  hypothetical protein  21.76 
 
 
566 aa  86.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.415891  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.32 
 
 
532 aa  85.9  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  24.06 
 
 
525 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  24.11 
 
 
544 aa  86.3  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.75 
 
 
543 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 
545 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.06 
 
 
545 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.75 
 
 
543 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.75 
 
 
543 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  24.25 
 
 
545 aa  85.9  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  24 
 
 
543 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.75 
 
 
543 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 
528 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
533 aa  85.1  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  28.71 
 
 
530 aa  84.3  0.000000000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3843  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 
530 aa  84.3  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0512301  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.27 
 
 
504 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5634  hypothetical protein  22.64 
 
 
568 aa  83.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00869862  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  25.36 
 
 
555 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  23.94 
 
 
556 aa  82.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
545 aa  81.6  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 
552 aa  81.3  0.00000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  34.51 
 
 
533 aa  81.3  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 
523 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.85 
 
 
558 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 
522 aa  80.9  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  27.64 
 
 
529 aa  80.9  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 
558 aa  80.9  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.85 
 
 
558 aa  80.9  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11050  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  26.28 
 
 
552 aa  80.5  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.273822  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
555 aa  80.5  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
561 aa  80.5  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  22.85 
 
 
543 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  22.85 
 
 
543 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.85 
 
 
543 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.85 
 
 
543 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.18 
 
 
509 aa  80.5  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  22.66 
 
 
558 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  29.25 
 
 
534 aa  79.7  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4381  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 
543 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000255213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0480  extracellular solute-binding protein family 5  23.89 
 
 
569 aa  79.7  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105843  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  31.96 
 
 
532 aa  80.1  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  24.04 
 
 
544 aa  80.1  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  24.94 
 
 
558 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 
544 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
595 aa  79.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0623  4-phytase  27.6 
 
 
552 aa  79  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000146122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0546  4-phytase  27.6 
 
 
552 aa  79  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.633185  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  31.01 
 
 
532 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0603  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 
534 aa  79  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  23.4 
 
 
545 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  23.54 
 
 
544 aa  79.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  32.79 
 
 
544 aa  79.3  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  24.82 
 
 
554 aa  78.6  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
524 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  22.94 
 
 
556 aa  79  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>