More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1329 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  100 
 
 
532 aa  1092    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  54.44 
 
 
547 aa  588  1e-166  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  48.11 
 
 
534 aa  509  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  44.1 
 
 
525 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
525 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  46 
 
 
544 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  46 
 
 
544 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  45.8 
 
 
544 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46 
 
 
544 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  43.91 
 
 
515 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  46.2 
 
 
552 aa  448  1e-125  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  45.8 
 
 
544 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  46.63 
 
 
544 aa  443  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  42.31 
 
 
510 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  41.84 
 
 
512 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  43.84 
 
 
569 aa  414  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  44.91 
 
 
533 aa  412  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  41.21 
 
 
549 aa  409  1e-113  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 
546 aa  372  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  39 
 
 
541 aa  360  3e-98  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.97 
 
 
542 aa  353  4e-96  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2550  extracellular solute-binding protein family 5  38.27 
 
 
523 aa  318  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00133049  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  33.09 
 
 
542 aa  302  8.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  35.51 
 
 
509 aa  253  8.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  33.77 
 
 
518 aa  237  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  31.91 
 
 
528 aa  200  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
532 aa  196  9e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  31.18 
 
 
525 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 
526 aa  194  3e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  33.49 
 
 
519 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.45 
 
 
548 aa  168  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.85 
 
 
511 aa  164  3e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 
511 aa  162  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  31.46 
 
 
540 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.28 
 
 
511 aa  153  8e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
551 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.59 
 
 
511 aa  152  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 
508 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.79 
 
 
511 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.01 
 
 
546 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.64 
 
 
538 aa  144  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.59 
 
 
505 aa  143  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.05 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 
576 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  26.33 
 
 
510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
557 aa  141  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  27.53 
 
 
575 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
539 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
528 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 
575 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 
559 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 
575 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 
555 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
564 aa  133  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
531 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30.07 
 
 
545 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  30.75 
 
 
562 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
559 aa  130  7.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  26.41 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.39 
 
 
520 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  28.37 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
565 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
575 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 
549 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.15 
 
 
524 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  28.37 
 
 
575 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  28.94 
 
 
528 aa  128  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
575 aa  127  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.78 
 
 
524 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.61 
 
 
527 aa  125  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 
532 aa  124  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 
529 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.57 
 
 
575 aa  123  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 
534 aa  123  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.86 
 
 
529 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 
532 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.06 
 
 
524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  26.84 
 
 
524 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  25.18 
 
 
580 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  25.18 
 
 
579 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.06 
 
 
524 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.86 
 
 
533 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.06 
 
 
524 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.27 
 
 
538 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.06 
 
 
524 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  26.08 
 
 
563 aa  120  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.06 
 
 
524 aa  120  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  26.82 
 
 
518 aa  120  9e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
512 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  27.06 
 
 
524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  27.06 
 
 
524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
591 aa  118  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
522 aa  117  6.9999999999999995e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.1 
 
 
524 aa  116  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
555 aa  116  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2945  extracellular solute-binding protein family 5  29.55 
 
 
565 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.472455  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 
537 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>