More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_04010 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 
548 aa  1100    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  43.39 
 
 
532 aa  442  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  45.74 
 
 
528 aa  432  1e-120  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  46.14 
 
 
525 aa  419  1e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  39.45 
 
 
519 aa  322  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  37.85 
 
 
509 aa  297  3e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  37.43 
 
 
518 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
526 aa  210  6e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  30.14 
 
 
547 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 
541 aa  182  1e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  27.26 
 
 
544 aa  177  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 
549 aa  174  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.45 
 
 
532 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.11 
 
 
511 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.95 
 
 
511 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.9 
 
 
511 aa  162  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  26.23 
 
 
512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 
533 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  27.44 
 
 
518 aa  155  2e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
546 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
525 aa  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.98 
 
 
525 aa  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.98 
 
 
552 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.04 
 
 
542 aa  150  4e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  26.77 
 
 
515 aa  151  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  23.71 
 
 
510 aa  150  6e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 
542 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.34 
 
 
511 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.57 
 
 
511 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
510 aa  146  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  25.42 
 
 
544 aa  143  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  25.42 
 
 
544 aa  143  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  25.33 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.33 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
512 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04510  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.89 
 
 
551 aa  140  4.999999999999999e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 
522 aa  140  6e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  25.24 
 
 
544 aa  140  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.85 
 
 
538 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 
534 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
538 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.59 
 
 
532 aa  138  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.74 
 
 
556 aa  137  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.33 
 
 
510 aa  136  8e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.49 
 
 
521 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.15 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.15 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.59 
 
 
516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.28 
 
 
540 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.15 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 
519 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.18 
 
 
531 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 
557 aa  134  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 
533 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.9 
 
 
538 aa  133  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
505 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  27.76 
 
 
576 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0370  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
497 aa  131  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.735975  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.79 
 
 
520 aa  130  6e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 
534 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
540 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
551 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.57 
 
 
546 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.07 
 
 
541 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 
505 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
494 aa  124  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.15 
 
 
525 aa  124  5e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
565 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.51 
 
 
524 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.33 
 
 
524 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
544 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 
524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 
559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.43 
 
 
532 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 
548 aa  121  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.12 
 
 
527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 
502 aa  120  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.22 
 
 
566 aa  120  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
536 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 
517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  29.82 
 
 
526 aa  117  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.82 
 
 
526 aa  117  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25 
 
 
545 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.97 
 
 
558 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1344  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
506 aa  117  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.088373  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.19 
 
 
524 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  29.32 
 
 
551 aa  116  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
556 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
526 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  25.83 
 
 
520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  27.77 
 
 
524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0480  extracellular solute-binding protein family 5  27.97 
 
 
569 aa  115  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105843  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
544 aa  115  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>