More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1675 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  65.04 
 
 		 510 aa  697    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  100 
 
 		 512 aa  1055    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  41.84 
 
 		 532 aa  420  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  41.44 
 
 		 547 aa  422  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 525 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  38.46 
 
 		 525 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.73 
 
 		 515 aa  371  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.88 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.68 
 
 		 544 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  37.06 
 
 		 534 aa  365  1e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.76 
 
 		 544 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  38.57 
 
 		 544 aa  363  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.49 
 
 		 544 aa  363  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  37.45 
 
 		 549 aa  361  2e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  36.64 
 
 		 552 aa  325  8.000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  35.32 
 
 		 544 aa  318  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  35.58 
 
 		 533 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  34.93 
 
 		 541 aa  297  3e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.89 
 
 		 542 aa  293  3e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  34.27 
 
 		 546 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 		 569 aa  274  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2550  extracellular solute-binding protein family 5  32.6 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00133049  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 542 aa  252  1e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.51 
 
 		 509 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  29.06 
 
 		 518 aa  206  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 526 aa  205  2e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 528 aa  173  5.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 		 519 aa  169  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 525 aa  164  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 532 aa  157  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.04 
 
 		 548 aa  154  4e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.55 
 
 		 511 aa  150  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.04 
 
 		 511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  28.34 
 
 		 537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 538 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.63 
 
 		 511 aa  125  2e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.71 
 
 		 534 aa  123  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  26.34 
 
 		 518 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.89 
 
 		 534 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 528 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  24.53 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.21 
 
 		 511 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.58 
 
 		 511 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  23 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 544 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.63 
 
 		 542 aa  116  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 618 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.08 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  23.59 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.08 
 
 		 533 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.47 
 
 		 510 aa  114  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 508 aa  113  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 522 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.39 
 
 		 505 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 534 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.57 
 
 		 544 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 565 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  22.13 
 
 		 540 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 532 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 559 aa  110  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.11 
 
 		 538 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 540 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  22.08 
 
 		 563 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 595 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  22.92 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  23.76 
 
 		 520 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 529 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  23.86 
 
 		 545 aa  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  25.69 
 
 		 558 aa  107  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 534 aa  106  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  21.97 
 
 		 546 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  26.05 
 
 		 502 aa  106  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.3 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.3 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.19 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 524 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 		 529 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  23.79 
 
 		 515 aa  104  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 		 516 aa  104  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 528 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 515 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  26.3 
 
 		 516 aa  104  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 519 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  24.03 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  24.15 
 
 		 619 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 539 aa  103  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.08 
 
 		 516 aa  103  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 536 aa  103  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.93 
 
 		 526 aa  103  9e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  25.93 
 
 		 526 aa  103  9e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  23.73 
 
 		 509 aa  103  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 524 aa  103  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  25.25 
 
 		 575 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  25.32 
 
 		 524 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25 
 
 		 538 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>