More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1361 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  72.17 
 
 
525 aa  798    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  99.45 
 
 
544 aa  1114    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  97.98 
 
 
544 aa  1100    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  99.45 
 
 
544 aa  1116    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  71.98 
 
 
515 aa  797    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  100 
 
 
544 aa  1122    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  72.17 
 
 
525 aa  798    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  97.61 
 
 
544 aa  1098    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  46.36 
 
 
547 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  45.8 
 
 
532 aa  434  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 
534 aa  390  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  38.68 
 
 
512 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  38.12 
 
 
510 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  35.81 
 
 
549 aa  353  5.9999999999999994e-96  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  38.43 
 
 
552 aa  350  5e-95  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 
544 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  34.23 
 
 
541 aa  321  1.9999999999999998e-86  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  38.18 
 
 
569 aa  321  3e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  35.14 
 
 
546 aa  311  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  33.2 
 
 
542 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  33.59 
 
 
533 aa  279  9e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 
542 aa  241  4e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2550  extracellular solute-binding protein family 5  31.89 
 
 
523 aa  240  5e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00133049  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  32.3 
 
 
518 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.69 
 
 
509 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 
519 aa  180  4.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 
526 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
525 aa  162  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 
528 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
532 aa  147  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
516 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.42 
 
 
548 aa  133  7.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.64 
 
 
511 aa  131  3e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 
551 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.57 
 
 
511 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
591 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.34 
 
 
540 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.74 
 
 
511 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  25.59 
 
 
605 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
538 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
565 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 
563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
501 aa  117  5e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.33 
 
 
534 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
538 aa  117  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.62 
 
 
511 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.28 
 
 
524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.99 
 
 
542 aa  114  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.36 
 
 
531 aa  113  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
539 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.24 
 
 
510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0190  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
533 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.46 
 
 
538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  25.67 
 
 
533 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  27.6 
 
 
619 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  30.18 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.13 
 
 
520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.06 
 
 
540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3311  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 
560 aa  111  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2258  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 
591 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000752385  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.37 
 
 
511 aa  110  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2492  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 
568 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000108616  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.91 
 
 
528 aa  110  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  26.79 
 
 
520 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
501 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 
531 aa  110  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  24.24 
 
 
575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.64 
 
 
520 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 
607 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  23.68 
 
 
575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.82 
 
 
530 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 
591 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
588 aa  109  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 
533 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
526 aa  108  3e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.81 
 
 
575 aa  108  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.66 
 
 
536 aa  108  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.22 
 
 
531 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.59 
 
 
559 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1897  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 
554 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.59 
 
 
555 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
508 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
545 aa  107  5e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.59 
 
 
575 aa  107  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.12 
 
 
534 aa  107  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
617 aa  107  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.32 
 
 
534 aa  106  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
511 aa  106  9e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0190  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.2 
 
 
536 aa  106  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0189  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.2 
 
 
536 aa  106  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.42 
 
 
626 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
540 aa  106  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  29.83 
 
 
502 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
530 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
510 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>