More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1984 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  73.15 
 
 		 543 aa  847    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  72.05 
 
 		 558 aa  849    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  73.15 
 
 		 543 aa  847    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  62.41 
 
 		 545 aa  734    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  72.23 
 
 		 558 aa  851    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  74.68 
 
 		 545 aa  868    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  72.36 
 
 		 545 aa  832    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  95.5 
 
 		 556 aa  1112    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  77.91 
 
 		 543 aa  859    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  74.68 
 
 		 545 aa  869    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  80.88 
 
 		 545 aa  879    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  73.15 
 
 		 543 aa  847    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  73.15 
 
 		 543 aa  847    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  72.78 
 
 		 543 aa  843    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  76.12 
 
 		 543 aa  860    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  73.35 
 
 		 547 aa  861    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  72.41 
 
 		 558 aa  852    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  75.93 
 
 		 543 aa  857    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 556 aa  1154    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  76.39 
 
 		 525 aa  858    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  76.12 
 
 		 543 aa  860    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  72.23 
 
 		 558 aa  851    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  77.33 
 
 		 543 aa  854    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  82.98 
 
 		 545 aa  930    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  74.12 
 
 		 547 aa  871    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  73.38 
 
 		 544 aa  854    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  55.43 
 
 		 543 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  58.32 
 
 		 533 aa  602  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  54.81 
 
 		 558 aa  594  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  53.17 
 
 		 542 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  50 
 
 		 555 aa  587  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  53.39 
 
 		 554 aa  575  1.0000000000000001e-163  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  51.72 
 
 		 561 aa  572  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  51.56 
 
 		 539 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  49.82 
 
 		 558 aa  556  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  48.88 
 
 		 536 aa  549  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  49.54 
 
 		 544 aa  549  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  48.8 
 
 		 543 aa  550  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  51.08 
 
 		 537 aa  547  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  48.16 
 
 		 541 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  47.04 
 
 		 559 aa  527  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 544 aa  518  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.502409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  47.75 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  47.75 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  47.4 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  47.19 
 
 		 537 aa  495  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  47.4 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  47.21 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  47.21 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  46.63 
 
 		 560 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  47.57 
 
 		 537 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  47.21 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3263  extracellular solute-binding protein  46.01 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35798  normal  0.0152453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  48.16 
 
 		 538 aa  488  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2389  murein tripeptide ABC transporter periplasmic murein peptide-binding protein  45.9 
 
 		 538 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.536818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1906  extracellular solute-binding protein  45.9 
 
 		 538 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 538 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1798  murein tripeptide ABC transporter, periplasmic murein peptide-binding protein  45.54 
 
 		 538 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  46.07 
 
 		 538 aa  484  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4730  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 		 537 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0115  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  45.27 
 
 		 536 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5318  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 		 537 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5542  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 		 537 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.390888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5413  4-phytase  46.05 
 
 		 537 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4866  extracellular solute-binding protein  45.66 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  46.21 
 
 		 538 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4505  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 538 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.347947 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2219  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.8 
 
 		 550 aa  458  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4438  extracellular solute-binding protein family 5  43.33 
 
 		 538 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454229  normal  0.829261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02892  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.31 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.922865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0680  extracellular solute-binding protein family 5  43.31 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4331  putative binding protein  42.94 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0677  putative binding protein  43.31 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3198  putative binding protein  43.31 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3311  putative binding protein  43.31 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43332  normal  0.120975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0757  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  42.14 
 
 		 538 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  44.51 
 
 		 536 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02842  hypothetical protein  43.31 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.81173  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0351  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1534  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1724  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532344  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3019  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2903  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0385  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.51 
 
 		 554 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.918509  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1253  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  44.32 
 
 		 554 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3050  extracellular solute-binding protein  39.52 
 
 		 539 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.423075 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.85 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1328  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 534 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1569  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 534 aa  389  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199164  normal  0.0577205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  40.31 
 
 		 549 aa  382  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 533 aa  372  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  37.15 
 
 		 526 aa  356  7.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  36.64 
 
 		 526 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  37.4 
 
 		 532 aa  347  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  38.81 
 
 		 535 aa  340  4e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>