More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0393 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1777  lysyl-tRNA synthetase  84.84 
 
 		 560 aa  962    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0105014  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2977  lysyl-tRNA synthetase  63.15 
 
 		 504 aa  644    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.120285  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31970  lysyl-tRNA synthetase (class II)  64.69 
 
 		 510 aa  642    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0576  lysyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 		 500 aa  635    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.1487  normal  0.0696554 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0393  lysine--tRNA ligase  100 
 
 		 565 aa  1158    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0329  lysyl-tRNA synthetase  62.01 
 
 		 503 aa  627  1e-178  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2092  lysyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 		 515 aa  622  1e-177  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12890  lysyl-tRNA synthetase (class II)  61.19 
 
 		 502 aa  606  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0133257  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0720  lysyl-tRNA synthetase  62.09 
 
 		 503 aa  604  1.0000000000000001e-171  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.574509  normal  0.145533 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0641  lysyl-tRNA synthetase  61.63 
 
 		 495 aa  600  1e-170  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.15563 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4000  lysyl-tRNA synthetase  59.6 
 
 		 507 aa  593  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4758  lysyl-tRNA synthetase  59.22 
 
 		 512 aa  589  1e-167  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.38099  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4844  lysyl-tRNA synthetase  59.22 
 
 		 512 aa  589  1e-167  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.722103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5360  lysyl-tRNA synthetase  58.94 
 
 		 509 aa  590  1e-167  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.370612  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5144  lysyl-tRNA synthetase  59.02 
 
 		 512 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4277  lysyl-tRNA synthetase  58.73 
 
 		 502 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.654573 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4711  lysyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 502 aa  570  1e-161  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.243441  hitchhiker  0.000510854 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1428  lysyl-tRNA synthetase  59.15 
 
 		 501 aa  571  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.680622  normal  0.318104 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6309  lysyl-tRNA synthetase  56.06 
 
 		 501 aa  564  1.0000000000000001e-159  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0855  lysyl-tRNA synthetase  57.03 
 
 		 504 aa  559  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13631  lysyl-tRNA synthetase  56.8 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.57395e-59  normal  0.0200312 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0637  lysyl-tRNA synthetase  56.15 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4987  lysyl-tRNA synthetase  54.71 
 
 		 500 aa  530  1e-149  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.771259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2881  lysyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 		 496 aa  523  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.075021  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3422  lysyl-tRNA synthetase  52.76 
 
 		 499 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4482  lysyl-tRNA synthetase  52.35 
 
 		 499 aa  503  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4347  lysyl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 516 aa  505  1e-141  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16450  lysyl-tRNA synthetase  53.58 
 
 		 499 aa  500  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8377  lysyl-tRNA synthetase  50.81 
 
 		 506 aa  487  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3970  lysyl-tRNA synthetase  51.21 
 
 		 1113 aa  486  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9155  lysyl-tRNA synthetase  51.33 
 
 		 500 aa  485  1e-136  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0165  lysyl-tRNA synthetase  48.69 
 
 		 510 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24660  lysyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 		 520 aa  476  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0329  lysyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 512 aa  470  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0216  lysyl-tRNA synthetase  48.77 
 
 		 501 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.404886  normal  0.127983 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01510  lysyl-tRNA synthetase  49.19 
 
 		 504 aa  464  1e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1737  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 1120 aa  436  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0906  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 1094 aa  434  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2661  Lysyl-tRNA synthetase (class II)-like protein  46.86 
 
 		 1098 aa  433  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0688281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3544  lysyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 		 1101 aa  412  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.899884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0064  lysyl-tRNA synthetase  45.08 
 
 		 1100 aa  414  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.9544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11780  lysyl-tRNA synthetase (class II)  45.31 
 
 		 1147 aa  413  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3330  lysyl-tRNA synthetase  44.92 
 
 		 1100 aa  415  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.27282  normal  0.711465 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0127  lysyl-tRNA synthetase  44.62 
 
 		 1138 aa  408  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2983  lysyl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 1112 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3027  lysyl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 1112 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2998  lysyl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 1111 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.604901  normal  0.107077 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1739  lysyl-tRNA synthetase  41.88 
 
 		 509 aa  389  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.326281  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0345  lysyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 		 573 aa  389  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0968  lysyl-tRNA synthetase  41.73 
 
 		 515 aa  388  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.685874 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3150  lysyl-tRNA synthetase  42.16 
 
 		 561 aa  383  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000153086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1176  lysyl-tRNA synthetase  40.98 
 
 		 511 aa  382  1e-105  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1733  lysyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 		 511 aa  384  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1357  lysyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 		 501 aa  380  1e-104  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2415  lysyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 		 504 aa  382  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0221722 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2341  lysyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 508 aa  379  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2515  lysyl-tRNA synthetase  43.31 
 
 		 1118 aa  380  1e-104  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.889838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6390  lysyl-tRNA synthetase  41.49 
 
 		 583 aa  380  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.163114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1601  lysyl-tRNA synthetase  43.67 
 
 		 577 aa  381  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000097302  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0384  lysyl-tRNA synthetase  41.89 
 
 		 509 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.808438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 		 573 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19490  lysyl-tRNA synthetase (class II)  41.11 
 
 		 499 aa  378  1e-103  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00347128  unclonable  0.00000000087404 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1675  lysyl-tRNA synthetase  42.18 
 
 		 492 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100386  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0116  lysyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 493 aa  375  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0354257  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0883  lysyl-tRNA synthetase  42.33 
 
 		 573 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.158887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11657  lysyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 		 1172 aa  373  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.73947 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1586  lysyl-tRNA synthetase  39.88 
 
 		 507 aa  374  1e-102  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 497 aa  370  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1129  lysyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 502 aa  371  1e-101  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0254067  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1154  lysyl-tRNA synthetase  42.8 
 
 		 509 aa  369  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1667  lysyl-tRNA synthetase  43 
 
 		 515 aa  371  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.208313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1378  lysyl-tRNA synthetase  41.44 
 
 		 502 aa  372  1e-101  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1001  lysyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 502 aa  371  1e-101  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000393607  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2331  lysyl-tRNA synthetase  42.04 
 
 		 514 aa  369  1e-100  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17441  lysyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 503 aa  365  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.553165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1508  lysyl-tRNA synthetase  40.9 
 
 		 514 aa  366  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.781573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  41.48 
 
 		 505 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0302  lysyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 523 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1370  lysyl-tRNA synthetase  40.21 
 
 		 578 aa  365  1e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.394303 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 484 aa  364  2e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0888  lysyl-tRNA synthetase  41.75 
 
 		 501 aa  364  2e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  41.65 
 
 		 489 aa  363  3e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0110  lysyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 		 502 aa  363  3e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 499 aa  362  1e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2354  lysyl-tRNA synthetase  41.74 
 
 		 496 aa  361  2e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0808673  decreased coverage  0.00196891 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0225  lysyl-tRNA synthetase  41.34 
 
 		 503 aa  361  2e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  41.18 
 
 		 501 aa  360  4e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13230  lysyl-tRNA synthetase (class II)  39.71 
 
 		 771 aa  359  8e-98  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0295969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2238  lysyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 		 647 aa  357  1.9999999999999998e-97  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000093194  normal  0.362438 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  41.76 
 
 		 504 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  40.77 
 
 		 501 aa  358  1.9999999999999998e-97  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  41.19 
 
 		 494 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  40.86 
 
 		 505 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0009  lysyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 		 489 aa  356  7.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00617172  hitchhiker  0.00000378083 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1365  lysyl-tRNA synthetase  41.02 
 
 		 532 aa  355  7.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.040149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 		 505 aa  355  8.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0154  lysyl-tRNA synthetase  41.48 
 
 		 502 aa  355  8.999999999999999e-97  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0159  lysyl-tRNA synthetase  39.63 
 
 		 502 aa  355  1e-96  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0078  lysyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 		 489 aa  355  1e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00518607  normal  0.367083 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  38.7 
 
 		 501 aa  355  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>