More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4000 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_12890  lysyl-tRNA synthetase (class II)  63.51 
 
 		 502 aa  644    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0133257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0855  lysyl-tRNA synthetase  63.99 
 
 		 504 aa  636    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4277  lysyl-tRNA synthetase  62.73 
 
 		 502 aa  635    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.654573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2977  lysyl-tRNA synthetase  67.94 
 
 		 504 aa  688    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.120285  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4000  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 507 aa  1030    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1428  lysyl-tRNA synthetase  74.7 
 
 		 501 aa  742    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.680622  normal  0.318104 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0637  lysyl-tRNA synthetase  63.87 
 
 		 528 aa  639    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13631  lysyl-tRNA synthetase  69.7 
 
 		 505 aa  720    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.57395e-59  normal  0.0200312 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4758  lysyl-tRNA synthetase  73 
 
 		 512 aa  756    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.38099  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2092  lysyl-tRNA synthetase  65.49 
 
 		 515 aa  647    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4711  lysyl-tRNA synthetase  63.53 
 
 		 502 aa  639    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.243441  hitchhiker  0.000510854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0576  lysyl-tRNA synthetase  69.76 
 
 		 500 aa  704    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.1487  normal  0.0696554 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0720  lysyl-tRNA synthetase  64.87 
 
 		 503 aa  635    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.574509  normal  0.145533 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31970  lysyl-tRNA synthetase (class II)  66.33 
 
 		 510 aa  657    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0329  lysyl-tRNA synthetase  67.67 
 
 		 503 aa  696    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4844  lysyl-tRNA synthetase  73 
 
 		 512 aa  756    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.722103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5360  lysyl-tRNA synthetase  73.9 
 
 		 509 aa  767    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.370612  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5144  lysyl-tRNA synthetase  72.8 
 
 		 512 aa  755    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0641  lysyl-tRNA synthetase  63.86 
 
 		 495 aa  629  1e-179  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.15563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6309  lysyl-tRNA synthetase  61.6 
 
 		 501 aa  620  1e-176  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1777  lysyl-tRNA synthetase  59.56 
 
 		 560 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0105014  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0393  lysine--tRNA ligase  59.6 
 
 		 565 aa  600  1e-170  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4987  lysyl-tRNA synthetase  56.32 
 
 		 500 aa  565  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.771259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16450  lysyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 499 aa  564  1.0000000000000001e-159  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2881  lysyl-tRNA synthetase  56.45 
 
 		 496 aa  558  1e-157  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.075021  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4482  lysyl-tRNA synthetase  57.4 
 
 		 499 aa  558  1e-157  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4347  lysyl-tRNA synthetase  57.34 
 
 		 516 aa  556  1e-157  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8377  lysyl-tRNA synthetase  54.58 
 
 		 506 aa  550  1e-155  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3422  lysyl-tRNA synthetase  56.58 
 
 		 499 aa  547  1e-154  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0165  lysyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 		 510 aa  533  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9155  lysyl-tRNA synthetase  55.01 
 
 		 500 aa  530  1e-149  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01510  lysyl-tRNA synthetase  55.45 
 
 		 504 aa  526  1e-148  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0329  lysyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 		 512 aa  525  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24660  lysyl-tRNA synthetase  53.29 
 
 		 520 aa  512  1e-144  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0216  lysyl-tRNA synthetase  51.59 
 
 		 501 aa  500  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.404886  normal  0.127983 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3970  lysyl-tRNA synthetase  51.39 
 
 		 1113 aa  475  1e-133  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2661  Lysyl-tRNA synthetase (class II)-like protein  50.91 
 
 		 1098 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0688281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0064  lysyl-tRNA synthetase  47.7 
 
 		 1100 aa  451  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.9544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0906  lysyl-tRNA synthetase  48.18 
 
 		 1094 aa  444  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1737  lysyl-tRNA synthetase  46.98 
 
 		 1120 aa  437  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2998  lysyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 1111 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.604901  normal  0.107077 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2983  lysyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 1112 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3027  lysyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 1112 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3330  lysyl-tRNA synthetase  46.76 
 
 		 1100 aa  428  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.27282  normal  0.711465 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0127  lysyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 		 1138 aa  419  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3544  lysyl-tRNA synthetase  45.04 
 
 		 1101 aa  420  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.899884 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11780  lysyl-tRNA synthetase (class II)  45.92 
 
 		 1147 aa  416  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11657  lysyl-tRNA synthetase  46.08 
 
 		 1172 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.73947 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1357  lysyl-tRNA synthetase  43.68 
 
 		 501 aa  390  1e-107  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1176  lysyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 511 aa  386  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  43.5 
 
 		 489 aa  386  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1733  lysyl-tRNA synthetase  43.02 
 
 		 511 aa  385  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6390  lysyl-tRNA synthetase  42.36 
 
 		 583 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.163114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1601  lysyl-tRNA synthetase  45.07 
 
 		 577 aa  382  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000097302  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  43.08 
 
 		 503 aa  385  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 		 491 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19490  lysyl-tRNA synthetase (class II)  41.03 
 
 		 499 aa  379  1e-104  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00347128  unclonable  0.00000000087404 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3384  lysyl-tRNA synthetase  42.31 
 
 		 502 aa  381  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 		 491 aa  382  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  42.12 
 
 		 494 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2238  lysyl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 647 aa  379  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000093194  normal  0.362438 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  40.87 
 
 		 499 aa  376  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1586  lysyl-tRNA synthetase  41.98 
 
 		 507 aa  377  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  43.38 
 
 		 494 aa  378  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  43.46 
 
 		 491 aa  377  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  43 
 
 		 494 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  42.06 
 
 		 501 aa  378  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  41.87 
 
 		 501 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0302  lysyl-tRNA synthetase  44.01 
 
 		 523 aa  376  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  43.6 
 
 		 573 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1739  lysyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 509 aa  376  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.326281  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  40.89 
 
 		 510 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  41.72 
 
 		 494 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  42.8 
 
 		 492 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0883  lysyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 		 573 aa  372  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.158887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1642  lysyl-tRNA synthetase  43.09 
 
 		 498 aa  373  1e-102  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.573049  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0538  lysyl-tRNA synthetase  43.09 
 
 		 498 aa  373  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000249001  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0131  lysyl-tRNA synthetase  42.15 
 
 		 490 aa  373  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000275305  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  43 
 
 		 501 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 		 504 aa  375  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0968  lysyl-tRNA synthetase  41.78 
 
 		 515 aa  370  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.685874 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0345  lysyl-tRNA synthetase  42.41 
 
 		 573 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 		 505 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1508  lysyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 		 514 aa  369  1e-101  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.781573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0757  lysyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 		 492 aa  372  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0628  lysyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 		 631 aa  370  1e-101  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.350218  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0072  lysyl-tRNA synthetase  41.24 
 
 		 499 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.407963  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2341  lysyl-tRNA synthetase  41.98 
 
 		 508 aa  370  1e-101  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  42.4 
 
 		 492 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  42.25 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0398  lysyl-tRNA synthetase  43.93 
 
 		 506 aa  371  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.575675  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0888  lysyl-tRNA synthetase  41.9 
 
 		 501 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  41.4 
 
 		 505 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  40.54 
 
 		 505 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3150  lysyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 		 561 aa  368  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000153086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  40.54 
 
 		 505 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1217  protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  42.94 
 
 		 502 aa  365  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00071  lysyl-tRNA synthetase  43.75 
 
 		 505 aa  369  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.381624  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  40.32 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  41.4 
 
 		 505 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>