270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3066 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  100 
 
 
549 aa  1139    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0105  Cache type 2 domain protein  29.96 
 
 
315 aa  128  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1452  putative cache sensor protein  27.98 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1400  Cache type 2 domain protein  28.16 
 
 
308 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.457949  hitchhiker  0.000596162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  40 
 
 
169 aa  93.6  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2947  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.62 
 
 
749 aa  90.9  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.732257  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2734  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.73 
 
 
751 aa  87.8  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2286  cache type 2 domain-containing protein  29.12 
 
 
320 aa  87.4  6e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0762  putative cache sensor protein  25.06 
 
 
478 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.197038  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2473  cache type 2 domain-containing protein  30.77 
 
 
551 aa  82.8  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  25.27 
 
 
302 aa  80.9  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  30.16 
 
 
285 aa  80.1  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  37.5 
 
 
152 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  34.15 
 
 
152 aa  77.8  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0772  cache, type 2 domain protein  33.59 
 
 
151 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3277  Cache type 2 domain protein  34.96 
 
 
152 aa  77.8  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0890612  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  35.9 
 
 
146 aa  77.4  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  32.03 
 
 
153 aa  77  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  23.77 
 
 
305 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  31.5 
 
 
152 aa  73.9  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2847  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.48 
 
 
1089 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000851175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  43.48 
 
 
1088 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000517956 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1294  Signal transduction histidine kinase-like  27.37 
 
 
526 aa  72.8  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.212587  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  23.74 
 
 
580 aa  72  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  33.33 
 
 
188 aa  71.2  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2738  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.8 
 
 
562 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.809654  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2590  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
701 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000562313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  43.01 
 
 
661 aa  70.5  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3775  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.96 
 
 
526 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.268134  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  34.96 
 
 
526 aa  70.1  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1642  hypothetical protein  38.39 
 
 
521 aa  69.3  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6950  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  42.55 
 
 
661 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  29.01 
 
 
148 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3405  histidine kinase  25.27 
 
 
488 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352666  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2728  chemotaxis sensory transducer  37.23 
 
 
544 aa  68.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00837045  normal  0.306222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3718  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.77 
 
 
526 aa  68.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.734846  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2643  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.42 
 
 
541 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238907  normal  0.0164957 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.94 
 
 
585 aa  67  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.38945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3728  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
488 aa  67  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.93 
 
 
971 aa  67  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  25.1 
 
 
553 aa  66.6  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  35.64 
 
 
569 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0701  Cache sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
655 aa  66.6  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.831837  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1078  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.61 
 
 
587 aa  66.6  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 
478 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.304751 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
471 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  27.71 
 
 
565 aa  66.6  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1371  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  44.09 
 
 
544 aa  65.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.116754  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0021  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36 
 
 
487 aa  65.1  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130425  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4001  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  31.21 
 
 
585 aa  65.1  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0946714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  35.19 
 
 
456 aa  65.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2989  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.35 
 
 
1093 aa  65.1  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.653084  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0789  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
469 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3112  chemotaxis sensory transducer  36.89 
 
 
541 aa  64.7  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02702  histidine kinase  35.35 
 
 
456 aa  64.3  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.19 
 
 
515 aa  63.9  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  35.79 
 
 
603 aa  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0353  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  39.13 
 
 
564 aa  63.9  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.244374  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003135  sensor histidine kinase  37.37 
 
 
451 aa  63.5  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.291514  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3380  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.43 
 
 
567 aa  63.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  32.14 
 
 
129 aa  63.5  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0158  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.64 
 
 
561 aa  63.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2174  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.13 
 
 
544 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00506259 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7760  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
486 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3699  methyl-accepting chemotaxis protein  30.91 
 
 
543 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4018  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 
713 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000208845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0632  chemotaxis sensory transducer  30.53 
 
 
736 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.49 
 
 
548 aa  62.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.3 
 
 
563 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4941  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.43 
 
 
563 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.08 
 
 
615 aa  61.6  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2392  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
787 aa  61.6  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.467356  normal  0.0918963 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
787 aa  61.6  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000288595  normal  0.31948 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3522  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 
477 aa  61.2  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
449 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1413  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 
918 aa  60.8  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2874  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.04 
 
 
563 aa  60.5  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.872696  normal  0.485865 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1776  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  35.87 
 
 
543 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.363817 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2563  putative cache sensor protein  30.22 
 
 
189 aa  60.1  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.800793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2273  hypothetical protein  35.64 
 
 
148 aa  60.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104576  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3011  hypothetical protein  37.11 
 
 
148 aa  60.1  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438725  normal  0.345508 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0674  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
447 aa  60.1  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.504244  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0895  sensor histidine kinase  35.35 
 
 
451 aa  60.1  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.622783  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0673  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  40.21 
 
 
533 aa  60.1  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1044  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 
584 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1027  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.48 
 
 
456 aa  60.1  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.573227  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  29.52 
 
 
160 aa  59.7  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45810  hypothetical protein  29.33 
 
 
145 aa  60.1  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  33.7 
 
 
130 aa  60.1  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0400  methyl-accepting chemotaxis protein  34.78 
 
 
549 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.431065  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
471 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.629472  normal  0.491206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41030  Periplasmic sensory histidine protein kinase, two-component  35.64 
 
 
458 aa  59.3  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0649951  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3418  sensor histidine kinase  35.11 
 
 
481 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.986219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1840  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
641 aa  58.9  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.870294  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.22 
 
 
567 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03718  putative chemotaxis sensory protein  38.04 
 
 
540 aa  59.3  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3511  hypothetical protein  37.11 
 
 
148 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.751588  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3836  Cache, type 2  39.36 
 
 
661 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337162  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3575  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
475 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39 
 
 
668 aa  58.9  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000648214  normal  0.034513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>