101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3011 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3011  hypothetical protein  100 
 
 
148 aa  296  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438725  normal  0.345508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2273  hypothetical protein  87.84 
 
 
148 aa  246  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104576  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3511  hypothetical protein  89.19 
 
 
148 aa  230  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.751588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45810  hypothetical protein  70.34 
 
 
145 aa  209  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1769  hypothetical protein  61.74 
 
 
148 aa  191  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17793  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0164  hypothetical protein  68.89 
 
 
73 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  35.57 
 
 
152 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  34.78 
 
 
549 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  30.46 
 
 
285 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  33.06 
 
 
282 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  36.03 
 
 
146 aa  60.1  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  29.75 
 
 
305 aa  58.9  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  33.55 
 
 
153 aa  57.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1078  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.53 
 
 
587 aa  57  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2947  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.59 
 
 
749 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.732257  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.62 
 
 
585 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.38945  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
548 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  29.75 
 
 
148 aa  55.1  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2659  methyl-accepting chemotaxis protein  46.3 
 
 
556 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2174  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 
544 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00506259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  34.4 
 
 
160 aa  54.3  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2734  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.19 
 
 
751 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4018  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.12 
 
 
713 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000208845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
787 aa  51.2  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000288595  normal  0.31948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
544 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1776  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  29.1 
 
 
543 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.363817 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2392  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
787 aa  51.2  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.467356  normal  0.0918963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0353  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  46.3 
 
 
564 aa  50.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.244374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3699  methyl-accepting chemotaxis protein  28.36 
 
 
543 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3394  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.3 
 
 
664 aa  50.4  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000171268  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0777  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
712 aa  50.1  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2643  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
541 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238907  normal  0.0164957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2920  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
544 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
569 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  30.08 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  33.07 
 
 
152 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2861  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.71 
 
 
544 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.445183 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2728  chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 
544 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00837045  normal  0.306222 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3718  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.11 
 
 
526 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.734846  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  29.51 
 
 
169 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.11 
 
 
526 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.71 
 
 
668 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000648214  normal  0.034513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
544 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3775  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.11 
 
 
526 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.268134  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2847  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36 
 
 
1089 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000851175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6950  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  44.44 
 
 
661 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3836  Cache, type 2  46.3 
 
 
661 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337162  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  39.29 
 
 
661 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2874  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 
563 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.872696  normal  0.485865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.3 
 
 
499 aa  47  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.85 
 
 
554 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  32.41 
 
 
605 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 
560 aa  45.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196109  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
566 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03718  putative chemotaxis sensory protein  38.89 
 
 
540 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1044  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.37 
 
 
584 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.85 
 
 
487 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0691  hypothetical protein  32.2 
 
 
564 aa  45.4  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.526813  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
603 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0400  methyl-accepting chemotaxis protein  38.89 
 
 
549 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.431065  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  29.84 
 
 
302 aa  45.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2989  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.49 
 
 
1093 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.653084  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  33.33 
 
 
584 aa  44.7  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.480757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  28.97 
 
 
129 aa  44.7  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  30.51 
 
 
565 aa  44.7  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.35 
 
 
512 aa  44.3  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2181  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.48 
 
 
606 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.440189  normal  0.953277 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  33.33 
 
 
1088 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000517956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.19 
 
 
615 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.85 
 
 
971 aa  43.9  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1710  methyl-accepting chemotaxis protein  45.45 
 
 
517 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1623  methyl-accepting chemotaxis protein  45.45 
 
 
517 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.33 
 
 
518 aa  43.5  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530292  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 
678 aa  43.9  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.195593 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0212  methyl-accepting chemotaxis protein  45.45 
 
 
464 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.387539  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1198  methyl-accepting chemotaxis protein  43.64 
 
 
482 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.311579  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  27.15 
 
 
152 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2784  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.9 
 
 
542 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.46 
 
 
636 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 
566 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00082247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4964  methyl-accepting chemotaxis protein  38.89 
 
 
545 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.33 
 
 
908 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4001  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  36.23 
 
 
585 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0946714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.92 
 
 
515 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1985  methyl-accepting chemotaxis protein (MCP)  32.31 
 
 
715 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0881  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.2 
 
 
517 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0702  hypothetical protein  29.66 
 
 
564 aa  41.2  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1028  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  38.33 
 
 
532 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3901  cache type 2 domain-containing protein  32.43 
 
 
343 aa  41.2  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6769  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
519 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176172  normal  0.340215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4188  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.59 
 
 
566 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210427  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3547  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.71 
 
 
676 aa  41.2  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126617  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  31.78 
 
 
188 aa  40.8  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3544  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.98 
 
 
541 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256262  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4823  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.98 
 
 
541 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.8 
 
 
517 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.601436  normal  0.166688 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
1721 aa  40.4  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3823  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
513 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.793143 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4237  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.46 
 
 
513 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1400  Cache type 2 domain protein  26.85 
 
 
308 aa  40.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.457949  hitchhiker  0.000596162 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>