60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2364 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  100 
 
 		 160 aa  327  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1708  Cache, type 2  55.63 
 
 		 153 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  58.02 
 
 		 152 aa  168  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1715  hypothetical protein  58.46 
 
 		 151 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3582  Cache, type 2  60 
 
 		 151 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4272  Cache type 2 domain protein  58.4 
 
 		 151 aa  161  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.819687  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  43.97 
 
 		 152 aa  121  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3277  Cache type 2 domain protein  45.45 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0890612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  38.52 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  37.06 
 
 		 153 aa  100  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 		 1721 aa  97.8  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  35.37 
 
 		 152 aa  92.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  36.07 
 
 		 130 aa  92.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 302 aa  92.8  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.77 
 
 		 499 aa  84.3  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0772  cache, type 2 domain protein  33.06 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  33.61 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  35 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2563  putative cache sensor protein  31.16 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.800793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  32.64 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.07 
 
 		 515 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  28.08 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1908  cache type 2 domain-containing protein  30 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1445  putative cache sensor protein  31.75 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2486  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.52 
 
 		 504 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.961139  normal  0.110025 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1452  putative cache sensor protein  33.06 
 
 		 452 aa  61.2  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  29.52 
 
 		 549 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0349  Signal transduction histidine kinase-like  29.84 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.87 
 
 		 487 aa  57.8  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.7 
 
 		 508 aa  57.4  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10605  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.2 
 
 		 554 aa  57.4  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  34.07 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.87 
 
 		 632 aa  54.7  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45810  hypothetical protein  33.08 
 
 		 145 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1769  hypothetical protein  29.79 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2273  hypothetical protein  35.42 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104576  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 961 aa  50.1  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.48 
 
 		 512 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  26.97 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2286  cache type 2 domain-containing protein  28.33 
 
 		 320 aa  48.1  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3511  hypothetical protein  35 
 
 		 148 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.751588  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3011  hypothetical protein  36.56 
 
 		 148 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438725  normal  0.345508 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0166  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  32.61 
 
 		 601 aa  47  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  24.6 
 
 		 169 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2141  chemotaxis sensory transducer  29.22 
 
 		 708 aa  46.6  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2947  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.09 
 
 		 749 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.732257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.78 
 
 		 564 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.86 
 
 		 557 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.418138 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1294  Signal transduction histidine kinase-like  27.48 
 
 		 526 aa  46.2  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.212587  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0762  putative cache sensor protein  29.17 
 
 		 478 aa  45.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.197038  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  25.27 
 
 		 580 aa  45.4  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3112  chemotaxis sensory transducer  36.49 
 
 		 541 aa  43.9  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4388  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.38 
 
 		 553 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  26.98 
 
 		 553 aa  43.9  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1405  sensor histidine kinase  31.71 
 
 		 483 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0162  hypothetical protein  28.17 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.976262 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2590  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 701 aa  42  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000562313  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  30 
 
 		 569 aa  41.6  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30 
 
 		 567 aa  40.8  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1642  hypothetical protein  25.4 
 
 		 521 aa  40.8  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>